122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_2016 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
417 aa  862  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  63.08 
 
 
416 aa  520  1e-146  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  43.59 
 
 
419 aa  326  5e-88  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  35.38 
 
 
418 aa  231  2e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  35.38 
 
 
418 aa  231  2e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.16 
 
 
428 aa  209  1e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  32.86 
 
 
415 aa  207  3e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  38.15 
 
 
549 aa  203  6e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  41.2 
 
 
425 aa  198  1e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  37.72 
 
 
430 aa  199  1e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  32.11 
 
 
422 aa  198  1e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  46.47 
 
 
351 aa  168  2e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  32.57 
 
 
428 aa  164  2e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  41.43 
 
 
373 aa  164  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  28.95 
 
 
397 aa  161  2e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  32.97 
 
 
447 aa  160  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  37.84 
 
 
398 aa  153  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  28.08 
 
 
385 aa  143  5e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  33.92 
 
 
412 aa  142  1e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.62 
 
 
442 aa  136  8e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  30.57 
 
 
424 aa  133  7e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  31.2 
 
 
436 aa  132  8e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  36.4 
 
 
392 aa  131  2e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  28.16 
 
 
390 aa  131  3e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  33.97 
 
 
451 aa  130  4e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  31.44 
 
 
453 aa  128  2e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  30.59 
 
 
364 aa  126  7e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.03 
 
 
378 aa  125  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  31.21 
 
 
438 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.12 
 
 
413 aa  123  7e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.65 
 
 
428 aa  122  1e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.76 
 
 
429 aa  120  4e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  30.61 
 
 
440 aa  118  2e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  28.41 
 
 
416 aa  115  1e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  40.67 
 
 
386 aa  115  1e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  29.71 
 
 
483 aa  115  2e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  38.79 
 
 
374 aa  112  1e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  42.96 
 
 
363 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  37.65 
 
 
360 aa  109  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  28.66 
 
 
438 aa  108  2e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  48.06 
 
 
444 aa  108  2e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  33.33 
 
 
411 aa  107  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  25.7 
 
 
371 aa  106  6e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  25.61 
 
 
485 aa  103  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.39 
 
 
205 aa  103  8e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  24 
 
 
412 aa  99.8  8e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.61 
 
 
493 aa  99.8  9e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  34.52 
 
 
364 aa  99.8  9e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  36.76 
 
 
415 aa  95.9  1e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  29.9 
 
 
413 aa  95.5  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  31.58 
 
 
363 aa  95.1  2e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  28.12 
 
 
432 aa  94.4  3e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.97 
 
 
388 aa  93.6  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  33.56 
 
 
414 aa  92  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.76 
 
 
471 aa  86.7  7e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.4 
 
 
532 aa  85.9  1e-15  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  26.34 
 
 
419 aa  83.6  7e-15  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  4.06123e-05 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  25.09 
 
 
420 aa  81.6  3e-14  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  24.8 
 
 
412 aa  79.3  1e-13  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  23.1 
 
 
422 aa  78.2  2e-13  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  22.81 
 
 
380 aa  77.8  4e-13  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  27.27 
 
 
412 aa  73.9  5e-12  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  28.08 
 
 
427 aa  73.6  6e-12  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  26.04 
 
 
446 aa  72  2e-11  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  28.14 
 
 
402 aa  71.2  3e-11  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  29.05 
 
 
175 aa  71.2  3e-11  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  28.26 
 
 
477 aa  70.9  4e-11  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  23.99 
 
 
413 aa  70.5  5e-11  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  29.01 
 
 
405 aa  70.1  7e-11  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  27.06 
 
 
393 aa  70.1  7e-11  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  23.47 
 
 
285 aa  70.1  7e-11  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 
423 aa  68.9  2e-10  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  36.15 
 
 
388 aa  68.6  2e-10  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.5 
 
 
620 aa  68.6  2e-10  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  22.22 
 
 
400 aa  67.4  4e-10  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  40 
 
 
401 aa  65.5  2e-09  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  36.07 
 
 
411 aa  64.7  3e-09  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  36.07 
 
 
411 aa  64.7  3e-09  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  28.24 
 
 
354 aa  64.3  4e-09  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  24.54 
 
 
412 aa  63.2  8e-09  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12768  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS.1  40 
 
 
91 aa  62.4  1e-08  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  29.19 
 
 
303 aa  61.2  3e-08  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  5.13186e-05  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  19.93 
 
 
433 aa  60.8  4e-08  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  23.48 
 
 
434 aa  60.1  7e-08  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  22.73 
 
 
290 aa  59.7  9e-08  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  24.53 
 
 
388 aa  58.9  2e-07  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  24.7 
 
 
430 aa  58.2  2e-07  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  31.01 
 
 
439 aa  58.9  2e-07  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  23.62 
 
 
441 aa  57.8  3e-07  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  21.32 
 
 
417 aa  55.8  1e-06  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  22.43 
 
 
387 aa  55.8  1e-06  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  25.52 
 
 
429 aa  55.5  2e-06  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.88 
 
 
400 aa  53.1  8e-06  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  27.33 
 
 
340 aa  52.8  1e-05  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  27.97 
 
 
401 aa  52.8  1e-05  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  28 
 
 
394 aa  52  2e-05  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.33 
 
 
415 aa  51.6  3e-05  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  28.99 
 
 
413 aa  51.2  3e-05  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  23.15 
 
 
435 aa  51.2  4e-05  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  23.93 
 
 
404 aa  50.4  6e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>