More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0896 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0896  pseudouridine synthase  100 
 
 		 251 aa  501  1e-141  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.925257 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1441  pseudouridine synthase  40.42 
 
 		 258 aa  170  2e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0301733  normal  0.808281 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  43.5 
 
 		 350 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  42.31 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2644  pseudouridine synthase  39.68 
 
 		 279 aa  145  4.0000000000000006e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  41.88 
 
 		 318 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  41.88 
 
 		 323 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  40.08 
 
 		 369 aa  136  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.66 
 
 		 316 aa  125  7e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1352  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  31.62 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000522959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  31.22 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  34.01 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  32.67 
 
 		 325 aa  111  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  35.68 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  36 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  34.18 
 
 		 306 aa  109  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3759  pseudouridine synthase  36.13 
 
 		 255 aa  109  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.437728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.74 
 
 		 304 aa  108  6e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  33.19 
 
 		 304 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1741  RNA pseudouridine synthase  30.9 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  29.06 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  30.23 
 
 		 347 aa  106  4e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  32.11 
 
 		 311 aa  105  5e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  30.83 
 
 		 305 aa  105  6e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  31.93 
 
 		 376 aa  105  6e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  29.02 
 
 		 306 aa  105  9e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  44 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.41 
 
 		 350 aa  104  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  32.11 
 
 		 311 aa  104  1e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  31.52 
 
 		 305 aa  103  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  33.46 
 
 		 354 aa  104  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  34.21 
 
 		 211 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  35.8 
 
 		 309 aa  103  2e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  31.52 
 
 		 305 aa  103  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  30.3 
 
 		 244 aa  103  3e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.71 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  33.77 
 
 		 211 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  35.12 
 
 		 320 aa  102  4e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  35.27 
 
 		 310 aa  102  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  35.08 
 
 		 346 aa  102  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  31.65 
 
 		 323 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.65 
 
 		 308 aa  102  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.69 
 
 		 303 aa  102  6e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  30.3 
 
 		 306 aa  102  8e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  34.03 
 
 		 325 aa  101  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  33.75 
 
 		 331 aa  101  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2521  pseudouridine synthase  31.2 
 
 		 240 aa  101  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1202  pseudouridine synthase  31.17 
 
 		 247 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.90311  normal  0.0231079 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  30.3 
 
 		 306 aa  101  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.2 
 
 		 313 aa  101  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  39.36 
 
 		 264 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  35.23 
 
 		 363 aa  100  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  36.02 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.82 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  29.57 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.3 
 
 		 312 aa  100  2e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.75 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.6 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  34.21 
 
 		 211 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  34.72 
 
 		 354 aa  99.8  4e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  33.6 
 
 		 353 aa  99.4  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0049  RNA pseudouridine synthase family protein  28.07 
 
 		 300 aa  99.4  5e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.92 
 
 		 332 aa  99.4  5e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.46 
 
 		 211 aa  99  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  33.87 
 
 		 316 aa  99  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.81 
 
 		 309 aa  99  7e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  30.47 
 
 		 304 aa  98.6  8e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  32.91 
 
 		 327 aa  98.6  9e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.33 
 
 		 300 aa  97.8  1e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  34.88 
 
 		 211 aa  97.8  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.05 
 
 		 309 aa  98.2  1e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  28.57 
 
 		 303 aa  98.2  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  39.61 
 
 		 250 aa  98.2  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.19 
 
 		 296 aa  97.1  2e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  30.47 
 
 		 305 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.64 
 
 		 323 aa  97.4  2e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  33.06 
 
 		 342 aa  97.4  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.2 
 
 		 325 aa  97.4  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.82 
 
 		 308 aa  97.1  2e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  27.43 
 
 		 298 aa  97.1  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  35.23 
 
 		 296 aa  96.7  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.16 
 
 		 307 aa  96.7  3e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  31.82 
 
 		 329 aa  96.7  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  32.49 
 
 		 319 aa  97.1  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.37 
 
 		 321 aa  97.1  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  32.47 
 
 		 304 aa  96.7  3e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.51 
 
 		 321 aa  96.3  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  29.83 
 
 		 341 aa  96.3  4e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  33.91 
 
 		 310 aa  96.3  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  30.64 
 
 		 321 aa  96.7  4e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  31.67 
 
 		 313 aa  96.3  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  36.72 
 
 		 560 aa  95.9  5e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.48 
 
 		 319 aa  96.3  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  26.91 
 
 		 305 aa  96.3  5e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  28.99 
 
 		 298 aa  95.5  6e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2917  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.47 
 
 		 477 aa  95.9  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00370322  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.18 
 
 		 306 aa  95.5  6e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  38.51 
 
 		 309 aa  95.5  7e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  31.3 
 
 		 303 aa  95.5  7e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  33.06 
 
 		 334 aa  95.5  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>