More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0763 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0763  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 253 aa  496  1e-139  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2751  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.04 
 
 		 295 aa  233  3e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3005  RNA-binding S4 domain protein  54.95 
 
 		 369 aa  226  2e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.07 
 
 		 237 aa  193  2e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  48.51 
 
 		 255 aa  193  3e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.45 
 
 		 240 aa  192  5e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  49.34 
 
 		 253 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  48.07 
 
 		 309 aa  185  8e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  48.54 
 
 		 243 aa  184  9e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  43.85 
 
 		 245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  50.21 
 
 		 251 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.42 
 
 		 243 aa  182  6e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  46.15 
 
 		 243 aa  181  9.000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  46.15 
 
 		 242 aa  180  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  45.73 
 
 		 242 aa  177  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  45.73 
 
 		 242 aa  176  5e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  50.21 
 
 		 238 aa  175  5e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.64 
 
 		 328 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.73 
 
 		 242 aa  176  5e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.73 
 
 		 242 aa  176  5e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.73 
 
 		 242 aa  175  7e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.73 
 
 		 242 aa  175  7e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  45.73 
 
 		 242 aa  175  8e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  47.28 
 
 		 274 aa  174  8e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.81 
 
 		 239 aa  174  9e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.46 
 
 		 249 aa  174  9e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  47.64 
 
 		 329 aa  174  9e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  45.3 
 
 		 242 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.3 
 
 		 242 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  47.64 
 
 		 324 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.87 
 
 		 242 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  43.04 
 
 		 264 aa  172  5e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.48 
 
 		 236 aa  172  5.999999999999999e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  46.78 
 
 		 239 aa  171  1e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1616  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.64 
 
 		 250 aa  171  1e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  0.0569453 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 235 aa  171  1e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1377  pseudouridine synthase, Rsu  46.38 
 
 		 247 aa  169  3e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  43.56 
 
 		 282 aa  169  4e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  48.12 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.83 
 
 		 245 aa  169  5e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.83 
 
 		 245 aa  169  5e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  44.21 
 
 		 266 aa  168  9e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  44.21 
 
 		 266 aa  168  9e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.44 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 271 aa  167  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50 
 
 		 269 aa  165  5e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  47.56 
 
 		 268 aa  165  5e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.03 
 
 		 237 aa  165  5.9999999999999996e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.35 
 
 		 247 aa  165  8e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  39.22 
 
 		 236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  42.36 
 
 		 238 aa  164  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 238 aa  162  4.0000000000000004e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  42.21 
 
 		 680 aa  162  4.0000000000000004e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09831  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  42.98 
 
 		 244 aa  162  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  41.03 
 
 		 241 aa  162  6e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  48.47 
 
 		 273 aa  161  8.000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.11 
 
 		 236 aa  161  9e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0394  pseudouridine synthase  43.27 
 
 		 261 aa  160  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490996  normal  0.734579 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  46.58 
 
 		 354 aa  160  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.93 
 
 		 249 aa  160  1e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  45.76 
 
 		 233 aa  158  7e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  41 
 
 		 245 aa  157  1e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  41.44 
 
 		 230 aa  157  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  41.42 
 
 		 248 aa  156  2e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  43.59 
 
 		 554 aa  157  2e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  45.34 
 
 		 322 aa  156  3e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  47.64 
 
 		 256 aa  155  7e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  44.96 
 
 		 556 aa  155  8e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  46.22 
 
 		 624 aa  154  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.98 
 
 		 251 aa  154  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  44.12 
 
 		 274 aa  153  2e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  37.12 
 
 		 239 aa  154  2e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.66 
 
 		 288 aa  152  2.9999999999999998e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4316  pseudouridine synthase  41.6 
 
 		 259 aa  152  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  39.83 
 
 		 239 aa  153  2.9999999999999998e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11041  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  38.46 
 
 		 237 aa  153  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0249401  normal  0.321161 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  44.68 
 
 		 306 aa  152  4e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  47.46 
 
 		 245 aa  151  8.999999999999999e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0723  pseudouridine synthase  43.2 
 
 		 279 aa  150  1e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0159498  normal  0.0828355 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  39.66 
 
 		 387 aa  150  1e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  42.52 
 
 		 380 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  39.58 
 
 		 251 aa  150  2e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.44 
 
 		 236 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4425  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.223617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  42.52 
 
 		 554 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  44.81 
 
 		 262 aa  150  3e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  42.52 
 
 		 554 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  42.52 
 
 		 513 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  45.11 
 
 		 263 aa  149  3e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  42.52 
 
 		 554 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.21 
 
 		 268 aa  149  3e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15310  pseudouridine synthase family protein  46.64 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.226125  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  40.16 
 
 		 289 aa  149  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  42.52 
 
 		 554 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1356  pseudouridine synthase  45.73 
 
 		 254 aa  149  3e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  44.44 
 
 		 291 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000521291 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  44.44 
 
 		 291 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  0.0000324002 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  42.52 
 
 		 502 aa  149  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  44.44 
 
 		 291 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  44.44 
 
 		 291 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000305854 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>