More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0674 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0674  RNA binding S1  100 
 
 
127 aa  253  4e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.175739 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0066  RNA binding S1 domain protein  64.42 
 
 
129 aa  147  4e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0265  RNA binding S1 domain-containing protein  65.38 
 
 
125 aa  146  1.0000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.383538  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.21 
 
 
722 aa  98.2  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2662  RNA binding S1  42.24 
 
 
140 aa  97.1  7e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000144376  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0696  hypothetical protein  42.86 
 
 
140 aa  95.1  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000983919  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00520  RNA binding S1 domain protein  38.18 
 
 
124 aa  92.4  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.85433e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3080  RNA binding S1 domain protein  42.02 
 
 
144 aa  92  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000220475  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0058  hypothetical protein  39.29 
 
 
132 aa  89.4  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000238948  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0142  RNA binding S1 domain protein  44.34 
 
 
128 aa  89.4  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000417569  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0092  RNA binding S1  46.79 
 
 
130 aa  88.2  4e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000304617  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2797  hypothetical protein  36.52 
 
 
134 aa  87.4  6e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000000939181  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2483  hypothetical protein  36.52 
 
 
134 aa  87.4  6e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000579369  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.56 
 
 
703 aa  86.3  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141024  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0146  hypothetical protein  37.39 
 
 
133 aa  85.5  2e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0066  hypothetical protein  38.76 
 
 
161 aa  84.7  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000157952  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.15 
 
 
703 aa  85.1  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0845346  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3260  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.38 
 
 
707 aa  84.7  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5250  hypothetical protein  38.76 
 
 
161 aa  84.7  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000341067  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0059  hypothetical protein  39.06 
 
 
160 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000000544172  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0060  hypothetical protein  39.06 
 
 
160 aa  84.7  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201317  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0056  hypothetical protein  39.06 
 
 
160 aa  84.7  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.61011e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0056  hypothetical protein  39.06 
 
 
160 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000079318  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0067  hypothetical protein  39.06 
 
 
160 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0060  hypothetical protein  39.06 
 
 
160 aa  84.7  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000119651  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0070  hypothetical protein  39.06 
 
 
160 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000137683  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0653  RNA binding S1 domain protein  40 
 
 
120 aa  84.7  4e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000131287  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01817  Polynucleotide phosphorylase  50.63 
 
 
353 aa  84.7  4e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00061601  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0122  RNA-binding S1 domain-containing protein  38.18 
 
 
126 aa  84.3  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1399  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.94 
 
 
751 aa  83.6  8e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.104449  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0056  hypothetical protein  42.2 
 
 
152 aa  83.6  8e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000148596  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0056  hypothetical protein  37.5 
 
 
132 aa  83.6  8e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0981  RNA-binding S1 domain-containing protein  34.55 
 
 
124 aa  83.2  0.000000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000445297  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1149  RNA-binding S1 domain-containing protein  34.55 
 
 
124 aa  82.8  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000879414  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.1 
 
 
706 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.622753  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0056  hypothetical protein  37.98 
 
 
161 aa  82  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000117621  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1696  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.28 
 
 
699 aa  81.3  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00000649299  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0543  hypothetical protein  35.09 
 
 
133 aa  81.3  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000100816  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0530  hypothetical protein  35.09 
 
 
133 aa  81.3  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000417558  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0868  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.1 
 
 
727 aa  80.9  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1259  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.84 
 
 
758 aa  80.9  0.000000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.140666 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1301  RNA binding S1 domain protein  38.89 
 
 
140 aa  80.5  0.000000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000152887  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0953  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.84 
 
 
727 aa  80.5  0.000000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000928829 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0693  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.63 
 
 
706 aa  80.1  0.000000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0464736  normal  0.106902 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3514  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.1 
 
 
772 aa  80.1  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1497  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 
767 aa  79.3  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00694451 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5184  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.05 
 
 
753 aa  79  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161227  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1805  RNA-binding S1 domain-containing protein  35.19 
 
 
123 aa  78.6  0.00000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000194904  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.1 
 
 
721 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000283556  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.35 
 
 
701 aa  78.6  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2817  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.84 
 
 
757 aa  78.2  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.280342 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.68 
 
 
712 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339212  normal  0.44313 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  54.76 
 
 
387 aa  77.8  0.00000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3344  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.67 
 
 
722 aa  77.8  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3461  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.15 
 
 
706 aa  77.4  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2170  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.84 
 
 
714 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0402548  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.84 
 
 
714 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0089  RNA binding S1  43.21 
 
 
152 aa  77  0.00000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3006  general stress protein 13  39.47 
 
 
124 aa  77  0.00000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0812  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.98 
 
 
706 aa  76.3  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2264  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3511  general stress protein 13  42.39 
 
 
133 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.3 
 
 
718 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0982499  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.15 
 
 
715 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0589  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.98 
 
 
706 aa  75.9  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119802  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.15 
 
 
713 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1292  SSU ribosomal protein S1P  55.41 
 
 
396 aa  75.5  0.0000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00025498  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 
698 aa  75.9  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0159879 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0742  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.15 
 
 
713 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1834  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.15 
 
 
713 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03393  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.91 
 
 
710 aa  75.5  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.05 
 
 
692 aa  75.5  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.15 
 
 
713 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.15 
 
 
713 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.05 
 
 
690 aa  75.5  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48 
 
 
696 aa  75.1  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3218  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.22 
 
 
716 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634558  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2245  RNA-binding S1 domain-containing protein  53.16 
 
 
798 aa  75.1  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.659597  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48 
 
 
696 aa  75.1  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1294  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.15 
 
 
713 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0739218  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0408  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.15 
 
 
713 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.98 
 
 
705 aa  75.1  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1125  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.15 
 
 
713 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412735  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01307  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.56 
 
 
704 aa  74.7  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.624183  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.65 
 
 
695 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.33 
 
 
714 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0168  RNA-binding S1 domain-containing protein  40.51 
 
 
119 aa  74.7  0.0000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000107676  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.68 
 
 
720 aa  74.7  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.7 
 
 
707 aa  74.7  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5039  general stress protein 13  50 
 
 
114 aa  73.9  0.0000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2448  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.68 
 
 
715 aa  73.9  0.0000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.257146  normal  0.977179 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5044  general stress protein 13  50 
 
 
114 aa  73.9  0.0000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4722  general stress protein 13  50 
 
 
114 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4770  general stress protein 13  50 
 
 
114 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4610  general stress protein 13  50 
 
 
114 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4632  general stress protein 13  50 
 
 
114 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5132  general stress protein 13  50 
 
 
114 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5032  general stress protein 13  50 
 
 
114 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0608546  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3342  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.12 
 
 
722 aa  73.9  0.0000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5011  general stress protein 13  50 
 
 
114 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0615  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.25 
 
 
711 aa  73.9  0.0000000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>