More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0534 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 293 aa  588  1e-167  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  41.3 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  37.67 
 
 		 303 aa  211  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  38.49 
 
 		 325 aa  206  3e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  37.73 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  39.3 
 
 		 346 aa  199  6e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  39.18 
 
 		 353 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  36.12 
 
 		 371 aa  195  9e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  36.63 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  38.98 
 
 		 291 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1999  periplasmic solute binding protein  39.52 
 
 		 292 aa  193  3e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.870733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1470  periplasmic solute binding protein  40.21 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0700113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  37 
 
 		 325 aa  191  1e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  36.49 
 
 		 344 aa  189  2.9999999999999997e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  36.36 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  34.12 
 
 		 292 aa  186  5e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  36.69 
 
 		 313 aa  185  7e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  36.43 
 
 		 309 aa  185  8e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  36.18 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  36 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3625  periplasmic solute binding protein  36.9 
 
 		 326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  36.5 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2575  Mn transporter MntC  35.74 
 
 		 313 aa  182  4.0000000000000006e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  35.86 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  35.37 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  36.06 
 
 		 319 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  36.16 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  35.15 
 
 		 317 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  35.9 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1532  periplasmic solute binding protein  35.74 
 
 		 346 aa  181  2e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  34.59 
 
 		 292 aa  179  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  32.62 
 
 		 327 aa  178  9e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3046  periplasmic solute binding protein  35.25 
 
 		 336 aa  177  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0205239  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  35.42 
 
 		 292 aa  175  7e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  36.63 
 
 		 307 aa  175  9e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  33.92 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  34.93 
 
 		 292 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  34.94 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  34.69 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  38.04 
 
 		 291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  34.44 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  37.68 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  37.68 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  36.21 
 
 		 321 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  34.71 
 
 		 292 aa  169  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  36.61 
 
 		 339 aa  168  8e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1591  periplasmic solute binding protein  44.89 
 
 		 497 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  34.85 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  33.12 
 
 		 333 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  35.74 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1258  periplasmic solute binding protein  43.68 
 
 		 494 aa  161  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00438687  decreased coverage  0.000164305 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  33.99 
 
 		 311 aa  161  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  29.28 
 
 		 328 aa  160  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  38.91 
 
 		 320 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  36.59 
 
 		 309 aa  159  7e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  34.24 
 
 		 316 aa  158  9e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0030  periplasmic solute binding protein  31.49 
 
 		 313 aa  158  9e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  30.95 
 
 		 313 aa  157  1e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  32.99 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1397  periplasmic solute binding protein  29.69 
 
 		 299 aa  156  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.682117  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2176  periplasmic solute binding protein  34.29 
 
 		 320 aa  157  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  32.64 
 
 		 322 aa  156  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2805  periplasmic solute binding protein  29.96 
 
 		 326 aa  157  3e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  37.88 
 
 		 289 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  32.64 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1141  periplasmic solute binding protein  35.59 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1102  periplasmic solute binding protein  33.11 
 
 		 282 aa  156  4e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  32.64 
 
 		 322 aa  155  5.0000000000000005e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  27.24 
 
 		 303 aa  155  5.0000000000000005e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5324  periplasmic solute binding protein  32.31 
 
 		 302 aa  155  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.04 
 
 		 315 aa  155  6e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  32.99 
 
 		 301 aa  155  9e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  29.14 
 
 		 311 aa  154  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  32.31 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0053  periplasmic solute binding protein  29.55 
 
 		 313 aa  153  4e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0166309  normal  0.103773 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  31.96 
 
 		 304 aa  152  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  31.6 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1207  periplasmic solute binding protein  33.7 
 
 		 324 aa  152  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.773922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  32.45 
 
 		 341 aa  152  5e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000710757  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  28.11 
 
 		 311 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2149  periplasmic solute binding protein  31.42 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  28.47 
 
 		 311 aa  152  7e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  31.85 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  31.16 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2836  periplasmic solute binding protein  38.79 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  28.11 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  28.11 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4030  periplasmic solute binding protein  33.22 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0298524  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0822  periplasmic solute binding protein  30.41 
 
 		 356 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000237297  normal  0.0439411 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  31.73 
 
 		 311 aa  150  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0625  periplasmic solute binding protein  32.65 
 
 		 321 aa  149  5e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0313744  normal  0.289666 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  30.74 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0290  ABC transporter, substrate-binding protein  27.85 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  31.65 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  33.44 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1010  ABC transporter substrate-binding protein  32.08 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172647  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0328  chelated iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  29.02 
 
 		 286 aa  146  3e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000651268  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3452  periplasmic solute binding protein  30.17 
 
 		 310 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593558  normal  0.669669 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1164  periplasmic solute binding protein  30.93 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.231796 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2133  periplasmic solute binding protein  33.96 
 
 		 314 aa  146  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.501771 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>