More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0460 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  43.22 
 
 		 863 aa  658    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  100 
 
 		 1182 aa  2352    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  45.07 
 
 		 813 aa  622  1e-176  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  42.73 
 
 		 770 aa  500  1e-140  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  39.09 
 
 		 716 aa  493  9.999999999999999e-139  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  38.11 
 
 		 806 aa  490  1e-137  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  37.84 
 
 		 808 aa  487  1e-136  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  37.84 
 
 		 804 aa  486  1e-136  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  37.98 
 
 		 810 aa  487  1e-136  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  37.84 
 
 		 808 aa  487  1e-136  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  37.84 
 
 		 808 aa  487  1e-136  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  37.98 
 
 		 806 aa  487  1e-136  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  37.98 
 
 		 806 aa  489  1e-136  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  37.84 
 
 		 812 aa  485  1e-135  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  37.7 
 
 		 814 aa  484  1e-135  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  38.24 
 
 		 758 aa  481  1e-134  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  39.61 
 
 		 759 aa  478  1e-133  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  38.28 
 
 		 792 aa  478  1e-133  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  37.91 
 
 		 762 aa  474  1e-132  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  39.14 
 
 		 763 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  39.1 
 
 		 706 aa  471  1.0000000000000001e-131  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  39.72 
 
 		 706 aa  472  1.0000000000000001e-131  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  39.53 
 
 		 715 aa  467  9.999999999999999e-131  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  38.3 
 
 		 709 aa  469  9.999999999999999e-131  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  37.75 
 
 		 757 aa  461  9.999999999999999e-129  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  39.95 
 
 		 777 aa  461  9.999999999999999e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  38.71 
 
 		 705 aa  459  1e-127  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  37.02 
 
 		 788 aa  451  1e-125  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  36.3 
 
 		 840 aa  450  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  34.95 
 
 		 818 aa  440  9.999999999999999e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  37.22 
 
 		 763 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  36.53 
 
 		 792 aa  437  1e-121  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  34.84 
 
 		 758 aa  440  1e-121  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  35.89 
 
 		 801 aa  437  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  36.67 
 
 		 755 aa  434  1e-120  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  33.79 
 
 		 804 aa  434  1e-120  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  35.23 
 
 		 810 aa  434  1e-120  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  37.1 
 
 		 842 aa  431  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  36.98 
 
 		 886 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  36.98 
 
 		 896 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  36.85 
 
 		 790 aa  432  1e-119  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  36.85 
 
 		 790 aa  432  1e-119  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  34.6 
 
 		 828 aa  431  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  39.88 
 
 		 752 aa  431  1e-119  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  37.32 
 
 		 838 aa  431  1e-119  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  35.22 
 
 		 736 aa  430  1e-119  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  36.98 
 
 		 896 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  36.98 
 
 		 838 aa  429  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  36.98 
 
 		 812 aa  429  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  36.98 
 
 		 838 aa  429  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  36.17 
 
 		 828 aa  429  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  35.8 
 
 		 827 aa  429  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  36.72 
 
 		 895 aa  429  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  36.98 
 
 		 838 aa  429  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  37.04 
 
 		 836 aa  428  1e-118  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  35.08 
 
 		 749 aa  427  1e-118  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  36.44 
 
 		 827 aa  429  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  36.12 
 
 		 808 aa  428  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  35.98 
 
 		 808 aa  426  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  36.44 
 
 		 827 aa  429  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  36.39 
 
 		 809 aa  429  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  36.25 
 
 		 808 aa  426  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  35.7 
 
 		 861 aa  424  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  37.84 
 
 		 903 aa  423  1e-117  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  35.69 
 
 		 817 aa  424  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  37.99 
 
 		 710 aa  425  1e-117  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  36.57 
 
 		 817 aa  425  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  34.99 
 
 		 857 aa  426  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  36.57 
 
 		 817 aa  425  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  35.56 
 
 		 819 aa  424  1e-117  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  37.89 
 
 		 803 aa  425  1e-117  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  34.78 
 
 		 857 aa  423  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  36.98 
 
 		 818 aa  422  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  35.72 
 
 		 807 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  35.72 
 
 		 807 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  37.7 
 
 		 710 aa  422  1e-116  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  36.68 
 
 		 864 aa  422  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  35.72 
 
 		 807 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  35.72 
 
 		 807 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  35.65 
 
 		 751 aa  420  1e-116  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  35.8 
 
 		 751 aa  422  1e-116  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  34.78 
 
 		 857 aa  423  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  39.32 
 
 		 737 aa  420  1e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  34.9 
 
 		 812 aa  419  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  36.15 
 
 		 871 aa  418  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  35.03 
 
 		 812 aa  420  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  35.48 
 
 		 807 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  35.54 
 
 		 726 aa  419  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  35.27 
 
 		 726 aa  417  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  36.8 
 
 		 848 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  36.36 
 
 		 805 aa  418  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  35.58 
 
 		 870 aa  418  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  34.45 
 
 		 859 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  36.09 
 
 		 906 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  38.64 
 
 		 801 aa  418  9.999999999999999e-116  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  33.49 
 
 		 937 aa  418  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  38.75 
 
 		 737 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  34.9 
 
 		 812 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  34.36 
 
 		 829 aa  419  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  34.9 
 
 		 812 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>