107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0316 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0316  beta-lactamase  100 
 
 
315 aa  610  9.999999999999999e-175  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00360568 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2043  beta-lactamase  41.73 
 
 
271 aa  166  2.9999999999999998e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0136357  normal  0.676262 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4151  beta-lactamase  32.82 
 
 
300 aa  122  7e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.433565 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1388  putative beta-lactamase  26.14 
 
 
259 aa  113  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1202  beta-lactamase, putative  26.14 
 
 
259 aa  113  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.291582  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0602  beta-lactamase  32.13 
 
 
274 aa  103  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1712  beta-lactamase  34.32 
 
 
576 aa  102  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4436  beta-lactamase class A-like protein  36.16 
 
 
293 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0101027  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2815  beta-lactamase  36.52 
 
 
296 aa  99.8  5e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4774  beta-lactamase  30.22 
 
 
442 aa  89.7  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00167145 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2343  beta-lactamase  25.51 
 
 
803 aa  87.4  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.23617 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6642  putative beta-lactamase precursor protein  33.62 
 
 
287 aa  82.4  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.156711 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5194  beta-lactamase  27.6 
 
 
323 aa  82  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2092  penicillin-binding protein, transpeptidase  27.51 
 
 
424 aa  81.3  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00783255  hitchhiker  0.00000266476 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2055  peptidoglycan-binding LysM  29.96 
 
 
333 aa  77.4  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000227262  normal  0.0328069 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4223  beta-lactamase  30.26 
 
 
508 aa  76.3  0.0000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3876  beta-lactamase  29.11 
 
 
468 aa  75.9  0.0000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0589748 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1603  beta-lactamase  30.67 
 
 
375 aa  73.9  0.000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.955317  normal  0.378927 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1443  beta-lactamase  30.95 
 
 
283 aa  73.6  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.69594  normal  0.126584 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1408  penicillin-binding protein, transpeptidase  27.54 
 
 
504 aa  71.6  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1147  putative beta-lactamase  30.61 
 
 
423 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0725  Beta-lactamase class A-like protein  24.79 
 
 
370 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.725916  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1856  Beta-lactamase class A  26.13 
 
 
243 aa  70.9  0.00000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000412045 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0280  Beta-lactamase  30.54 
 
 
353 aa  68.6  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11351  Beta-lactamase class A  33.16 
 
 
356 aa  67.4  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.470021  normal  0.82694 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0491  putative beta-lactamase protein  25.49 
 
 
440 aa  67.4  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1634  beta-lactamase  30 
 
 
425 aa  67.4  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.54925  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2437  putative beta-lactamase precursor protein  31.07 
 
 
290 aa  67  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.651142  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3334  Beta-lactamase  28.46 
 
 
349 aa  66.2  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3023  Beta-lactamase class A-like protein  28.52 
 
 
277 aa  66.2  0.0000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0538064  normal  0.499976 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0182  beta-lactamase  35.25 
 
 
327 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.689531 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1608  beta-lactamase  29.57 
 
 
425 aa  65.1  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1169  Beta-lactamase class A-like protein  24.28 
 
 
383 aa  64.7  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6176  beta-lactamase  23.48 
 
 
286 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0566092 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03900  beta-lactamase class A  32.39 
 
 
273 aa  64.7  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3104  beta-lactamase  23.6 
 
 
292 aa  63.5  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0156614  normal  0.401813 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08971  putative beta-lactamase  30.92 
 
 
386 aa  62  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.712716 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5574  Beta-lactamase class A-like protein  33.18 
 
 
266 aa  62.4  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0183  beta-lactamase  29.5 
 
 
436 aa  59.3  0.00000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.975829 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1950  beta-lactamase family protein  30.77 
 
 
381 aa  58.5  0.0000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15311  putative beta-lactamase  27.82 
 
 
357 aa  58.5  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.709796  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0954  peptidoglycan binding domain-containing protein  25 
 
 
422 aa  58.9  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1446  beta-lactamase related protein  27.1 
 
 
320 aa  57.4  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0715  beta-lactamase family protein  29.92 
 
 
388 aa  56.6  0.0000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3960  hypothetical protein  28.75 
 
 
295 aa  56.2  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3212  beta-lactamase  24.9 
 
 
304 aa  55.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184009 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0697  putative beta-lactamase  27.44 
 
 
357 aa  55.1  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1067  Beta-lactamase class A  24.43 
 
 
253 aa  54.3  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.771599  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3441  Beta-lactamase class A-like protein  24.71 
 
 
347 aa  55.1  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000016591  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5713  beta-lactamase  32.2 
 
 
292 aa  54.3  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716912  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1434  beta-lactamase  37.5 
 
 
452 aa  53.5  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.685838 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1607  Beta-lactamase  28.07 
 
 
291 aa  53.1  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1646  beta lactamase-related protein, putative  35.14 
 
 
399 aa  52.4  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1000  putative beta-lactamase  31.36 
 
 
390 aa  52.4  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.358949  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1291  beta-lactamase, putative  28.38 
 
 
387 aa  50.8  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2063  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  28.47 
 
 
392 aa  50.4  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0436268  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3133  beta-lactamase  28.98 
 
 
283 aa  49.7  0.00006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33460  hypothetical protein  34.41 
 
 
424 aa  49.7  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.316123 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5353  beta-lactamase  31.25 
 
 
454 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3723  Beta-lactamase class A-like  23.14 
 
 
255 aa  48.5  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000939313  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3523  Beta-lactamase  28.57 
 
 
338 aa  48.5  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.500037  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2386  beta-lactamase  26.78 
 
 
302 aa  48.9  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.721784 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0978  Beta-lactamase  28.51 
 
 
304 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.518614  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1769  Beta-lactamase class A  25.69 
 
 
253 aa  47.8  0.0002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000145715  hitchhiker  0.000508947 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1041  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.81 
 
 
258 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5341  hypothetical protein  27.48 
 
 
350 aa  48.1  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6760  Beta-lactamase class A-like protein  30.94 
 
 
271 aa  47.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0689983  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0855  Beta-lactamase  27.35 
 
 
296 aa  47  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.689397  normal  0.580537 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1080  Beta-lactamase  30 
 
 
301 aa  46.6  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0392714  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3253  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  28.68 
 
 
369 aa  47  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.309405  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0130  beta-lactamase TEM  35.29 
 
 
286 aa  46.2  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1580  beta-lactamase TEM  35.29 
 
 
286 aa  46.2  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.262835  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0046  beta-lactamase TEM  35.29 
 
 
286 aa  46.2  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00171312  normal  0.356541 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1460  Beta-lactamase  25.86 
 
 
334 aa  46.2  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00829053 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7688  putative beta-lactamase  28.91 
 
 
458 aa  45.8  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0011  hypothetical protein  21.43 
 
 
430 aa  45.8  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1748  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  28.3 
 
 
414 aa  45.4  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4752  putative lipoprotein LpqF  33.33 
 
 
443 aa  45.1  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.164946  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4838  putative lipoprotein LpqF  33.33 
 
 
443 aa  45.1  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2328  Beta-lactamase  28.85 
 
 
296 aa  44.7  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5138  putative lipoprotein LpqF  33.33 
 
 
443 aa  45.1  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0788  beta-lactamase  24.72 
 
 
418 aa  44.7  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3972  beta-lactamase  33.93 
 
 
305 aa  44.7  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0506092  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1458  beta-lactamase  25.88 
 
 
306 aa  44.3  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.755992  normal  0.236565 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0088  Beta-lactamase  26.78 
 
 
291 aa  44.3  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.748085 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2389  Beta-lactamase  27.01 
 
 
317 aa  44.3  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0172194  normal  0.719008 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1255  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.78 
 
 
451 aa  44.3  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.743344  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0003  beta-lactamase  27.5 
 
 
281 aa  43.5  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000347481  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2774  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  24.71 
 
 
392 aa  43.9  0.004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.627135  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4145  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  23.98 
 
 
396 aa  43.5  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3986  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  23.98 
 
 
396 aa  43.5  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.997885  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3816  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  23.98 
 
 
396 aa  43.5  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3832  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  23.98 
 
 
396 aa  43.5  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4297  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  23.98 
 
 
396 aa  43.5  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.715052  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2225  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  26.47 
 
 
369 aa  43.5  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0645654  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4208  serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase DacF  23.98 
 
 
396 aa  43.5  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4097  serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase DacF  23.98 
 
 
396 aa  43.5  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.2769e-26 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0750  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.81 
 
 
407 aa  43.5  0.005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.0000000167123  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0594  Beta-lactamase  25.43 
 
 
296 aa  43.1  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.272363  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3906  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  23.98 
 
 
396 aa  43.1  0.006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>