More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0077 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0077  dihydrouridine synthase, DuS  100 
 
 		 333 aa  665    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.87 
 
 		 341 aa  197  3e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  36.59 
 
 		 347 aa  196  7e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  38.78 
 
 		 322 aa  195  9e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.72 
 
 		 328 aa  190  4e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.3 
 
 		 333 aa  189  4e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.57 
 
 		 320 aa  190  4e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  36.66 
 
 		 325 aa  188  1e-46  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.62 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  33.97 
 
 		 326 aa  182  6e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  33.97 
 
 		 326 aa  182  6e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.52 
 
 		 330 aa  181  2e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0800  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.8 
 
 		 363 aa  180  2.9999999999999997e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.873611  normal  0.99103 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.46 
 
 		 334 aa  180  2.9999999999999997e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  39.87 
 
 		 342 aa  179  4e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.87 
 
 		 324 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.63 
 
 		 328 aa  179  7e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.92 
 
 		 321 aa  178  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  38.05 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.77 
 
 		 322 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  38.24 
 
 		 324 aa  177  3e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1528  dihydrouridine synthase DuS  36.96 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000383307  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  37.17 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.25 
 
 		 321 aa  173  5e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  36.25 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  36.86 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.22 
 
 		 318 aa  172  9e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0533  NifR3 family protein  34.24 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.44 
 
 		 327 aa  170  3e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  40.13 
 
 		 388 aa  170  3e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 		 336 aa  169  4e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  36.14 
 
 		 306 aa  169  8e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  36.14 
 
 		 306 aa  169  8e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  33.66 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.1 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.66 
 
 		 354 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.36 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  37.16 
 
 		 346 aa  168  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.74 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  39.05 
 
 		 373 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  33.64 
 
 		 324 aa  166  4e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  33.54 
 
 		 332 aa  166  4e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  33.64 
 
 		 324 aa  166  4e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  33.64 
 
 		 332 aa  166  4e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  34.19 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.19 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  33.64 
 
 		 332 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  33.64 
 
 		 332 aa  165  8e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  33.54 
 
 		 332 aa  165  9e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.47 
 
 		 357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  33.64 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  35.43 
 
 		 330 aa  164  1.0000000000000001e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  35.2 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  36.36 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.54 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.23 
 
 		 398 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  36.36 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  37.09 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  37.25 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.33 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.95 
 
 		 330 aa  163  3e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  36.75 
 
 		 355 aa  164  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  34.06 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  32.62 
 
 		 332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  35.65 
 
 		 330 aa  162  6e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  37.68 
 
 		 329 aa  162  7e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.76 
 
 		 326 aa  162  1e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.3 
 
 		 337 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.46 
 
 		 331 aa  162  1e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  33 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.29 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.42 
 
 		 384 aa  161  1e-38  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.01 
 
 		 308 aa  162  1e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  35.26 
 
 		 335 aa  161  1e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  41.92 
 
 		 352 aa  162  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.55 
 
 		 321 aa  161  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  38.44 
 
 		 356 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  36.51 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.19 
 
 		 335 aa  161  2e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.15 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  36.71 
 
 		 327 aa  160  2e-38  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.58 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  36.75 
 
 		 354 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  36.75 
 
 		 354 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.75 
 
 		 354 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.75 
 
 		 354 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0400  nifR3 family TIM-barrel protein  36.51 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3625  nifR3 family TIM-barrel protein  36.51 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000178028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.75 
 
 		 354 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.75 
 
 		 354 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0399  nifR3 family TIM-barrel protein  36.51 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000108898  normal  0.147817 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.97 
 
 		 325 aa  160  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.28 
 
 		 329 aa  159  4e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.65 
 
 		 380 aa  159  4e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0330  nifR3 family TIM-barrel protein  37.01 
 
 		 322 aa  159  5e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000590766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.11 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  37.81 
 
 		 332 aa  159  8e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  35.24 
 
 		 357 aa  159  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  33.76 
 
 		 325 aa  159  8e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  40.87 
 
 		 386 aa  159  8e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>