More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0037 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0037  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 266 aa  531  1e-150  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.848154 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  46.22 
 
 		 278 aa  181  1e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2273  tRNA pseudouridine synthase A  41.9 
 
 		 263 aa  175  6e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000217948 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  35.46 
 
 		 245 aa  173  2.9999999999999996e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  42.4 
 
 		 253 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  32.94 
 
 		 248 aa  166  4e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 		 244 aa  166  4e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  38.19 
 
 		 262 aa  165  5.9999999999999996e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  40.78 
 
 		 270 aa  165  6.9999999999999995e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  32.94 
 
 		 248 aa  165  8e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  41.43 
 
 		 244 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  42.06 
 
 		 259 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  35.2 
 
 		 244 aa  163  3e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  42.97 
 
 		 246 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2726  tRNA pseudouridine synthase A  42.41 
 
 		 259 aa  161  8.000000000000001e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  42.52 
 
 		 246 aa  160  3e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  40.48 
 
 		 247 aa  159  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  34.26 
 
 		 246 aa  159  6e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  34.26 
 
 		 246 aa  159  6e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 245 aa  158  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  41.86 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  41.86 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4942  tRNA pseudouridine synthase ACD  41.43 
 
 		 272 aa  156  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  40.23 
 
 		 249 aa  155  5.0000000000000005e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  37.2 
 
 		 252 aa  155  8e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  40.48 
 
 		 250 aa  155  9e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  43.53 
 
 		 250 aa  154  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  34.26 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  40.8 
 
 		 250 aa  153  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  38.71 
 
 		 256 aa  154  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 		 245 aa  153  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  34.26 
 
 		 244 aa  153  2e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  41.43 
 
 		 259 aa  152  4e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 261 aa  152  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2707  tRNA pseudouridine synthase A  39.49 
 
 		 278 aa  152  5e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.580118  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.44 
 
 		 245 aa  152  5e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.44 
 
 		 245 aa  152  5e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  42.01 
 
 		 282 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 250 aa  152  8e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 244 aa  151  8.999999999999999e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  36 
 
 		 258 aa  150  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  35.46 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  41.27 
 
 		 260 aa  150  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 250 aa  150  2e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 249 aa  150  3e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  39.2 
 
 		 255 aa  149  4e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 271 aa  149  7e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  43.87 
 
 		 274 aa  148  7e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 		 245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  39.29 
 
 		 272 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 252 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 265 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 302 aa  147  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  43.31 
 
 		 268 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.14 
 
 		 244 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  44.22 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2073  tRNA pseudouridine synthase A  35.99 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0650804 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  38.43 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  33.07 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  39.2 
 
 		 252 aa  146  3e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.76 
 
 		 270 aa  146  3e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 261 aa  146  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  41.94 
 
 		 245 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  39.04 
 
 		 246 aa  145  5e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  38.22 
 
 		 289 aa  145  5e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.76 
 
 		 270 aa  145  5e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  30.28 
 
 		 245 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 268 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 248 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 244 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  38.71 
 
 		 245 aa  145  9e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  44 
 
 		 254 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  30.47 
 
 		 260 aa  144  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  43.25 
 
 		 254 aa  144  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  39.31 
 
 		 261 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  42.07 
 
 		 294 aa  143  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  41.13 
 
 		 245 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 267 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 262 aa  142  4e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 245 aa  142  4e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 259 aa  142  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  38.96 
 
 		 262 aa  142  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1217  tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 278 aa  142  5e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0106552 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1408  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 276 aa  142  6e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1568  tRNA pseudouridine synthase A  35.08 
 
 		 280 aa  142  6e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.952303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 		 284 aa  142  6e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  32 
 
 		 247 aa  142  6e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  38.98 
 
 		 251 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 246 aa  141  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 		 264 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  39.85 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  44.14 
 
 		 275 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 259 aa  141  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>