More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0032 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0032  ribonuclease II  100 
 
 		 469 aa  916    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.011152  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3367  hypothetical protein  49.01 
 
 		 602 aa  349  8e-95  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.140616  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1371  RNB-like family protein  32.6 
 
 		 623 aa  251  2e-65  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5174  exoribonuclease II  33.63 
 
 		 683 aa  203  6e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1322  ribonuclease II  32.74 
 
 		 686 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000561831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  33.18 
 
 		 671 aa  200  5e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  32.95 
 
 		 671 aa  199  7.999999999999999e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  33.92 
 
 		 670 aa  197  2.0000000000000003e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  32.27 
 
 		 671 aa  195  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  34.31 
 
 		 676 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  33.58 
 
 		 674 aa  189  1e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  30.6 
 
 		 666 aa  182  1e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09941  ribonuclease II  25.77 
 
 		 394 aa  181  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09921  ribonuclease II  25.64 
 
 		 394 aa  179  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0933  putative ribonuclease II  25.51 
 
 		 394 aa  177  4e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0603579  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09491  ribonuclease II  24.6 
 
 		 394 aa  164  3e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.595683  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  33.76 
 
 		 676 aa  163  5.0000000000000005e-39  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1138  exoribonuclease II  33.33 
 
 		 674 aa  161  2e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0570115  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14771  ribonuclease II  33.78 
 
 		 683 aa  159  9e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0883756 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34816  predicted protein  30.19 
 
 		 645 aa  151  3e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0611822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08961  ribonuclease II  27.82 
 
 		 427 aa  147  5e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000321128 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  36.29 
 
 		 659 aa  145  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  28.44 
 
 		 680 aa  142  9e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10141  ribonuclease II  25.71 
 
 		 424 aa  139  1e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.192096  hitchhiker  0.0013759 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0341  exoribonuclease R/ribonuclease II  25.07 
 
 		 424 aa  138  2e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0618885  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  28.24 
 
 		 718 aa  136  7.000000000000001e-31  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  29.75 
 
 		 805 aa  136  8e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  27.05 
 
 		 770 aa  126  7e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0215  ribonuclease II  29.26 
 
 		 676 aa  126  8.000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  32.07 
 
 		 706 aa  126  8.000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  29.21 
 
 		 906 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2420  ribonuclease R  28.23 
 
 		 770 aa  125  2e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.173356  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1095  ribonuclease R  27.03 
 
 		 701 aa  124  4e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  27.92 
 
 		 819 aa  123  7e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  28.93 
 
 		 907 aa  123  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  26.17 
 
 		 795 aa  122  9e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  23.82 
 
 		 751 aa  123  9e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  25.99 
 
 		 702 aa  122  9.999999999999999e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  27.98 
 
 		 757 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  26.92 
 
 		 771 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  26.01 
 
 		 788 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  23.82 
 
 		 751 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  29.68 
 
 		 822 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1019  ribonuclease R  26.16 
 
 		 694 aa  120  4.9999999999999996e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000144778  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  27.43 
 
 		 736 aa  120  7e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  28.42 
 
 		 810 aa  120  7e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  28.85 
 
 		 755 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  26.58 
 
 		 749 aa  119  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  30.53 
 
 		 754 aa  119  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  29.1 
 
 		 842 aa  119  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2994  RNAse R  29.95 
 
 		 761 aa  118  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.390398 
 
 
-
 
NC_002620  TC0676  VacB/Rnb family exoribonuclease  24.69 
 
 		 692 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  24.34 
 
 		 716 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  29.5 
 
 		 863 aa  117  5e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1009  Exoribonuclease II  24.5 
 
 		 581 aa  117  6e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0967775  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  28.61 
 
 		 842 aa  116  7.999999999999999e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  28.15 
 
 		 818 aa  116  8.999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  28.61 
 
 		 844 aa  116  8.999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  28.61 
 
 		 844 aa  116  8.999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  28.61 
 
 		 844 aa  116  8.999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  28.66 
 
 		 824 aa  115  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  30.21 
 
 		 838 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  25.94 
 
 		 791 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  24.42 
 
 		 705 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  33.43 
 
 		 910 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  27.78 
 
 		 762 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf396  VacB-like exoribonuclease II  25.14 
 
 		 718 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  29.92 
 
 		 715 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  26.52 
 
 		 801 aa  114  3e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  28.49 
 
 		 758 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  28.24 
 
 		 818 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  27.27 
 
 		 737 aa  114  4.0000000000000004e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  32.18 
 
 		 745 aa  114  5e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  29.5 
 
 		 836 aa  114  5e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  29.25 
 
 		 807 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  28.69 
 
 		 840 aa  114  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  29.25 
 
 		 807 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  29.25 
 
 		 807 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  29.27 
 
 		 824 aa  114  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0236  ribonuclease II  28.78 
 
 		 680 aa  113  6e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  29.41 
 
 		 689 aa  113  6e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  27.94 
 
 		 826 aa  113  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  27.36 
 
 		 795 aa  113  7.000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  25.83 
 
 		 812 aa  113  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  27.89 
 
 		 812 aa  113  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  28.82 
 
 		 833 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1526  ribonuclease R  31.72 
 
 		 857 aa  113  9e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.420237  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  27.3 
 
 		 813 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  27.3 
 
 		 813 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2136  ribonuclease R  28.68 
 
 		 714 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.101446  normal  0.136172 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  27.3 
 
 		 813 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  27.06 
 
 		 749 aa  112  1.0000000000000001e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  24.31 
 
 		 750 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  24.63 
 
 		 810 aa  112  1.0000000000000001e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  25.88 
 
 		 716 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  28.74 
 
 		 808 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  28.95 
 
 		 828 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  27.3 
 
 		 813 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  27.59 
 
 		 818 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  27.3 
 
 		 813 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>