More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0003 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0003  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
360 aa  714  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  1.03313e-08  normal 
 
 
 
NC_013946  Mrub_0002  DNA polymerase III subunit beta  48.76 
 
 
361 aa  328  8e-89  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  3.20383e-06  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.2 
 
 
366 aa  317  2e-85  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00540998  normal  0.944506 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3063  DNA polymerase III, beta subunit  38.48 
 
 
367 aa  203  4e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  30.4 
 
 
372 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.32 
 
 
365 aa  154  3e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  30.68 
 
 
398 aa  153  4e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.91 
 
 
372 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.65 
 
 
372 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.14 
 
 
398 aa  150  3e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  30.13 
 
 
372 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.47 
 
 
372 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  29.62 
 
 
366 aa  149  9e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.91 
 
 
372 aa  149  1e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.1 
 
 
367 aa  149  1e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  29.79 
 
 
372 aa  148  2e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.59 
 
 
373 aa  147  4e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.38 
 
 
372 aa  146  4e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  31.27 
 
 
373 aa  146  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.32 
 
 
372 aa  145  7e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  2.75643e-08  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.52 
 
 
373 aa  145  7e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  9.29484e-07 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.32 
 
 
398 aa  145  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.29 
 
 
366 aa  145  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.46 
 
 
367 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  3.48538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.29 
 
 
366 aa  145  1e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.51 
 
 
373 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.32 
 
 
398 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  29.32 
 
 
398 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.28 
 
 
373 aa  142  7e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  31.03 
 
 
373 aa  142  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  30 
 
 
373 aa  141  2e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  26.05 
 
 
374 aa  140  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  27.37 
 
 
366 aa  140  3e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.87 
 
 
370 aa  140  4e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  28.39 
 
 
412 aa  140  4e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  30.66 
 
 
396 aa  139  7e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  27.64 
 
 
366 aa  139  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  3.26321e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.17 
 
 
372 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.73 
 
 
366 aa  136  5e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  4.66477e-06  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  28.13 
 
 
402 aa  136  5e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.28 
 
 
408 aa  136  6e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.14 
 
 
366 aa  136  7e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.75 
 
 
388 aa  135  1e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  28.39 
 
 
397 aa  135  1e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.39 
 
 
397 aa  135  1e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  28.91 
 
 
385 aa  134  2e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  29.43 
 
 
372 aa  134  2e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  29.86 
 
 
376 aa  134  3e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  28.72 
 
 
371 aa  134  3e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  29.02 
 
 
366 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  30.75 
 
 
372 aa  134  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  29.02 
 
 
366 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  29.13 
 
 
379 aa  134  3e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  27.79 
 
 
376 aa  134  3e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  27.94 
 
 
373 aa  134  3e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  32.11 
 
 
372 aa  134  4e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.61 
 
 
370 aa  133  5e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  7.29086e-06  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  31.23 
 
 
384 aa  133  6e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  28.74 
 
 
366 aa  132  8e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  28.74 
 
 
366 aa  132  8e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  28.74 
 
 
366 aa  132  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  27.22 
 
 
366 aa  131  1e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.93 
 
 
376 aa  131  2e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  8.49521e-07  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.13 
 
 
372 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1513  DNA polymerase III, beta subunit  29.17 
 
 
381 aa  129  5e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  1.66783e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  28.53 
 
 
365 aa  129  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2699  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 
376 aa  129  7e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0623e-09 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  28.18 
 
 
366 aa  129  8e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.17824e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  26.93 
 
 
372 aa  129  8e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.18 
 
 
366 aa  129  8e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  28.18 
 
 
366 aa  129  8e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.11 
 
 
367 aa  128  1e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  28.16 
 
 
366 aa  127  2e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.99842e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  28.16 
 
 
366 aa  127  2e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.53421e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  28.16 
 
 
366 aa  127  2e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  28 
 
 
372 aa  127  2e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.16 
 
 
366 aa  127  2e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  28.16 
 
 
366 aa  127  2e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  28.16 
 
 
366 aa  127  2e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.33889e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.47 
 
 
372 aa  128  2e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.81 
 
 
379 aa  128  2e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  28.16 
 
 
366 aa  127  2e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  28.16 
 
 
366 aa  127  2e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.16 
 
 
366 aa  127  2e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2430  DNA polymerase III subunit beta  24.52 
 
 
376 aa  128  2e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  8.41235e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.27 
 
 
378 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.85 
 
 
396 aa  127  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  23.45 
 
 
367 aa  127  4e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.41 
 
 
378 aa  126  5e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  27.81 
 
 
367 aa  126  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.48 
 
 
366 aa  126  6e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  28.23 
 
 
366 aa  126  6e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  1.08126e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2684  DNA polymerase III subunit beta  24.14 
 
 
376 aa  126  6e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2499  DNA polymerase III subunit beta  24.14 
 
 
376 aa  126  6e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000103767  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  29.26 
 
 
370 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  26.65 
 
 
362 aa  125  1e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.61 
 
 
374 aa  125  1e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  3.74529e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.64 
 
 
367 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  29.64 
 
 
379 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.48 
 
 
366 aa  125  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>