More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5779 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_5779  FeS assembly protein SufD  100 
 
 
439 aa  918    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0174  FeS assembly protein SufD  61.4 
 
 
441 aa  562  1.0000000000000001e-159  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000908978 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3038  FeS assembly protein SufD  42.65 
 
 
436 aa  362  1e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0292386 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0976  iron-regulated ABC transporter, membrane-spanning permease  43.06 
 
 
425 aa  358  9e-98  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.307053  normal  0.223995 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2024  FeS assembly protein SufD  38.37 
 
 
444 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.554026  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1180  FeS assembly protein SufD  38.94 
 
 
438 aa  315  8e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04460  FeS assembly protein SufD  38.8 
 
 
437 aa  315  9e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.934772  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2488  FeS assembly protein SufD  37.7 
 
 
446 aa  301  1e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1237  FeS assembly protein SufD  41.22 
 
 
433 aa  300  2e-80  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0242  hypothetical protein  38.02 
 
 
439 aa  293  5e-78  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1235  FeS assembly protein SufD  36.95 
 
 
445 aa  292  1e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.722398  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4271  FeS assembly protein SufD  34.62 
 
 
447 aa  281  1e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.707837  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3353  FeS assembly protein SufD  39.31 
 
 
439 aa  279  7e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0845  FeS assembly protein SufD  36.76 
 
 
437 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.431893  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0895  FeS assembly protein SufD  36.67 
 
 
437 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0891  FeS assembly protein SufD  36.83 
 
 
439 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0905  FeS assembly protein SufD  36.22 
 
 
437 aa  272  7e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.915641 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1446  SufD  35.77 
 
 
426 aa  270  2.9999999999999997e-71  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1513  FeS assembly protein SufD  35.52 
 
 
426 aa  269  8e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1506  FeS assembly protein SufD  32.44 
 
 
475 aa  265  1e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.187123  normal  0.203513 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0654  hypothetical protein  35.51 
 
 
428 aa  261  2e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0638  hypothetical protein  35.51 
 
 
428 aa  261  3e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0698  FeS assembly protein SufD  34.47 
 
 
440 aa  259  1e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2571  FeS assembly protein SufD  34.69 
 
 
447 aa  258  2e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.993498  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1862  FeS assembly protein SufD  31.34 
 
 
442 aa  245  9e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4357  FeS assembly protein SufD  31.28 
 
 
453 aa  243  5e-63  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.352914 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0426  FeS assembly protein SufD  35.99 
 
 
454 aa  243  7e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0693377 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1416  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  33.71 
 
 
439 aa  241  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.199083  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0727  FeS assembly protein SufD  31.28 
 
 
441 aa  239  8e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0259  hypothetical protein  33.49 
 
 
447 aa  238  2e-61  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3443  FeS assembly protein SufD  32.21 
 
 
451 aa  238  2e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  hitchhiker  0.0000000788125 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0417  FeS assembly protein SufD  31.02 
 
 
455 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1897  FeS assembly protein SufD  31.13 
 
 
454 aa  231  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0428  FeS assembly protein SufD  31.02 
 
 
455 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4731  FeS assembly protein SufD  31.98 
 
 
454 aa  231  3e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0798  FeS assembly protein SufD  34.11 
 
 
448 aa  229  8e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0990  FeS assembly protein SufD  35.84 
 
 
434 aa  229  1e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3260  FeS assembly protein SufD  33.65 
 
 
437 aa  227  4e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.854773 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3153  FeS assembly protein SufD  34.41 
 
 
428 aa  220  3e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1737  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  31.24 
 
 
442 aa  219  5e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0537  FeS assembly protein SufD  29.83 
 
 
445 aa  213  4.9999999999999996e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1697  FeS assembly protein SufD  29.35 
 
 
434 aa  209  9e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0168  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  32.15 
 
 
453 aa  206  5e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1850  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.58 
 
 
441 aa  205  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0513191  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1194  FeS assembly protein SufD  31.26 
 
 
426 aa  205  2e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0412715  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1779  FeS assembly protein SufD  30.3 
 
 
422 aa  204  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.377637  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2447  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.9 
 
 
448 aa  203  6e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0918237  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2749  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.73 
 
 
448 aa  202  8e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0636938  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2591  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.32 
 
 
441 aa  202  9.999999999999999e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01359  Cysteine desulfurase activator SufB  29.56 
 
 
418 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.043139  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2104  FeS assembly protein SufD  30.25 
 
 
424 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.111297 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3282  FeS assembly protein SufD  29.14 
 
 
467 aa  201  3e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534903  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0100  FeS assembly protein SufD  29.59 
 
 
444 aa  199  6e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.993052 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2182  FeS assembly protein SufD  31.32 
 
 
430 aa  199  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00372384  hitchhiker  0.000585375 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2326  FeS assembly protein SufD  29.85 
 
 
441 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.254342  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0812  FeS assembly protein SufD  29.29 
 
 
421 aa  197  3e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0156327  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4467  FeS assembly protein SufD  31.6 
 
 
446 aa  195  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0086  FeS assembly protein SufD  31.63 
 
 
446 aa  194  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902249  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1744  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.99 
 
 
441 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000189062  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0998  FeS assembly protein SufD  30.86 
 
 
420 aa  194  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.364227  normal  0.129171 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1346  FeS assembly protein SufD  29.13 
 
 
419 aa  192  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.641587  hitchhiker  0.00000000191252 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1662  FeS assembly protein SufD  30.77 
 
 
440 aa  191  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.1269  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2458  FeS assembly protein SufD  28.64 
 
 
437 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.833793  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1697  FeS assembly protein SufD  29.03 
 
 
430 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294615  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2359  SufBD protein  31.74 
 
 
427 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.421889  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2270  FeS assembly protein SufD  31.52 
 
 
399 aa  189  1e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2744  FeS assembly protein SufD  29.3 
 
 
437 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2838  FeS assembly protein SufD  30.7 
 
 
459 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0458271  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1466  FeS assembly protein SufD  30.61 
 
 
425 aa  187  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.269271  normal  0.0505489 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3979  FeS assembly protein SufD  30.6 
 
 
440 aa  186  5e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.557806  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0472  FeS assembly protein SufD  33.89 
 
 
450 aa  186  6e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337092  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2091  SufBD protein  32.37 
 
 
427 aa  186  8e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.781657 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2395  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.09 
 
 
423 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.087197  hitchhiker  0.000115041 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4170  FeS assembly protein SufD  30.91 
 
 
445 aa  185  1.0000000000000001e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4347  FeS assembly protein SufD  30.6 
 
 
440 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.964279 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1626  sufD  33.58 
 
 
427 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00443555 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1897  FeS assembly protein SufD  28.93 
 
 
424 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00363376 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2991  FeS assembly protein SufD  28.33 
 
 
437 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.109505 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2358  SufBD  30.39 
 
 
430 aa  183  6e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.14407 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5929  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  30.58 
 
 
441 aa  183  6e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3967  SufBD protein  29.05 
 
 
448 aa  182  7e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.835948  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01650  component of SufBCD complex  29.88 
 
 
423 aa  182  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000917299  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01640  hypothetical protein  29.88 
 
 
423 aa  182  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000779694  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1950  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.88 
 
 
423 aa  182  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0520002  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1762  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.88 
 
 
423 aa  182  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0210181  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1897  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.88 
 
 
423 aa  181  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00143509  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0816  ABC transporter membrane protein  30.23 
 
 
422 aa  181  2e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1515  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.88 
 
 
423 aa  181  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.252227  hitchhiker  0.00000429728 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3311  FeS assembly protein SufD  29.69 
 
 
430 aa  179  5.999999999999999e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0379424 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1005  FeS assembly protein SufD  29.33 
 
 
435 aa  179  5.999999999999999e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.868893 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4459  FeS assembly protein SufD  29.16 
 
 
440 aa  179  7e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.2712 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0581  FeS assembly protein SufD  27.84 
 
 
434 aa  179  1e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.19168  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0781  FeS assembly protein SufD  29.95 
 
 
444 aa  179  1e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0590112  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1961  FeS assembly protein SufD  30.52 
 
 
423 aa  177  3e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0846147  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1882  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.35 
 
 
423 aa  177  3e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.077757  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0727  FeS assembly protein SufD  28.94 
 
 
422 aa  176  6e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1485  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.43 
 
 
423 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000206713 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5846  FeS assembly protein SufD  28.57 
 
 
439 aa  176  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00798373  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1246  SufBD  33.25 
 
 
426 aa  176  9e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1799  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.43 
 
 
423 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.024835  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>