More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5455 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_5455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
292 aa  596  1e-169  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.980475  normal  0.163061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4684  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.11 
 
 
291 aa  248  7e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.387596  hitchhiker  0.000782233 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
307 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
307 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.958738  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
307 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
287 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
297 aa  151  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000449491  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000847254  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5812  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 
299 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  0.148731 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
329 aa  139  7e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.821163 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
338 aa  137  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3107  short-chain alcohol-related dehydrogenase  39.25 
 
 
272 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0796  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.71 
 
 
281 aa  136  5e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
301 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.194706  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37 
 
 
272 aa  134  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.49 
 
 
271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  37.44 
 
 
291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  37.44 
 
 
291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  37.44 
 
 
291 aa  132  5e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  37.44 
 
 
281 aa  132  5e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2693  putative short chain oxidoreductase  36.15 
 
 
299 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  37.09 
 
 
286 aa  132  9e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  33.48 
 
 
275 aa  132  9e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  37.07 
 
 
270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  36 
 
 
304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 
299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.337193  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.16 
 
 
285 aa  131  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 
287 aa  130  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.43 
 
 
306 aa  129  8.000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
269 aa  127  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0942  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
268 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.875416  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00179214  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37 
 
 
245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.137743 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.2 
 
 
284 aa  126  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.329601  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.91 
 
 
300 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0553918 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
302 aa  126  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.182755 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
247 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.104553  normal  0.448539 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2541  short chain dehydrogenase  35.62 
 
 
291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000142979  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
276 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
267 aa  126  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
299 aa  126  5e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
297 aa  125  6e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.335118 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
286 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  33.96 
 
 
268 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  35.62 
 
 
291 aa  125  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4664  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
308 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.200803  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3541  short chain dehydrogenase  36.21 
 
 
270 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100637  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
272 aa  124  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
267 aa  124  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  36.63 
 
 
271 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2827  short chain dehydrogenase  34.25 
 
 
291 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1950  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
284 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.417893  normal  0.0791039 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28960  Short-chain dehydrogenase/reductase, SDR family  35.03 
 
 
244 aa  123  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
272 aa  123  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
242 aa  123  5e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.967418  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3013  putative oxidoreductase, short- chain dehydrogenase/reductase  32.47 
 
 
321 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  38.5 
 
 
272 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2787  short chain dehydrogenase  34.7 
 
 
291 aa  122  8e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2582  short chain dehydrogenase  33.6 
 
 
291 aa  122  9e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0166341  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2806  short chain dehydrogenase  34.25 
 
 
291 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.928497  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.8 
 
 
265 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
249 aa  122  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.184253  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
276 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
272 aa  121  9.999999999999999e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.87 
 
 
314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
276 aa  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.57 
 
 
276 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4537  short chain dehydrogenase  32.93 
 
 
277 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.791689 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1451  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 
277 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7041  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 
277 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.198805  normal  0.204999 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  33.79 
 
 
268 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918039  hitchhiker  0.00000172259 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6377  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 
277 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
272 aa  120  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32520  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR protein  33.86 
 
 
278 aa  120  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0526  short chain dehydrogenase  32.94 
 
 
279 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.928222  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5725  short chain dehydrogenase  35.45 
 
 
277 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519964  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
256 aa  119  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3209  short chain dehydrogenase  34.06 
 
 
268 aa  119  7e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3322  short chain dehydrogenase  34.98 
 
 
268 aa  119  7e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0896668  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 
276 aa  119  7e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.32 
 
 
266 aa  119  7.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6919  short chain dehydrogenase  35.14 
 
 
276 aa  118  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
282 aa  118  9e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.556145  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.85 
 
 
273 aa  118  9.999999999999999e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5364  short chain dehydrogenase  37.44 
 
 
270 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.778802  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  35.6 
 
 
344 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
273 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.180623  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.65 
 
 
279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3278  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.1 
 
 
276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
268 aa  117  3e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.710903  normal  0.301955 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1905  short chain dehydrogenase  37.44 
 
 
280 aa  116  5e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0945301  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.7 
 
 
276 aa  116  5e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000215509 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  38.3 
 
 
276 aa  116  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>