215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5344 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_5344  PepSY-associated TM helix domain protein  100 
 
 
391 aa  806    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0817  PepSY-associated TM helix domain protein  55.15 
 
 
393 aa  412  1e-114  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  51.52 
 
 
386 aa  397  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3375  hypothetical protein  57.14 
 
 
383 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0248134  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39830  hypothetical protein  57.14 
 
 
383 aa  388  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.123723  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  50.55 
 
 
396 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  46.85 
 
 
377 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  46.85 
 
 
377 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  47.08 
 
 
370 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  46.41 
 
 
370 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  46.41 
 
 
370 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  47.53 
 
 
376 aa  350  2e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2069  PepSY-associated TM helix domain protein  49.59 
 
 
397 aa  351  2e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1737  hypothetical protein  50.27 
 
 
380 aa  350  2e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.396154  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3008  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  49.18 
 
 
399 aa  342  5e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.917647 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  46.43 
 
 
377 aa  342  9e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1877  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  49.59 
 
 
395 aa  330  3e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1435  PepSY-associated membrane protein  48.36 
 
 
376 aa  326  6e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  46.07 
 
 
382 aa  317  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7043  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  45.65 
 
 
377 aa  308  9e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3271  PepSY-associated TM helix  46.85 
 
 
373 aa  307  3e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.359337 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3894  PepSY-associated TM helix domain protein  48.21 
 
 
371 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2081  PepSY-associated TM helix domain protein  44.54 
 
 
381 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5956  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  32.86 
 
 
402 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52704  decreased coverage  0.00676622 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  26.75 
 
 
399 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  25.5 
 
 
398 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  26.28 
 
 
403 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  25.19 
 
 
397 aa  106  8e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  24.56 
 
 
397 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  25.13 
 
 
397 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  24.55 
 
 
397 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  24.94 
 
 
411 aa  99.8  8e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  26.01 
 
 
407 aa  99  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  24.49 
 
 
403 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  25.92 
 
 
371 aa  95.5  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  22.89 
 
 
361 aa  85.5  0.000000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1573  PepSY-associated TM helix domain protein  23.1 
 
 
351 aa  81.6  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0338986 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.37 
 
 
533 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.63 
 
 
385 aa  77.8  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.86 
 
 
385 aa  76.6  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  22.86 
 
 
389 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.81 
 
 
501 aa  75.1  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  23.37 
 
 
543 aa  74.7  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.93 
 
 
390 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.14 
 
 
374 aa  75.5  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  20.72 
 
 
380 aa  74.7  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0872  putative iron-regulated membrane protein  22.13 
 
 
348 aa  74.3  0.000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  22.74 
 
 
389 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  22.87 
 
 
410 aa  73.9  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.34 
 
 
389 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  22.4 
 
 
502 aa  73.2  0.000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.66 
 
 
389 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.93 
 
 
389 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  26.81 
 
 
504 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.35 
 
 
382 aa  70.5  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.47 
 
 
540 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  21.83 
 
 
496 aa  69.7  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.32 
 
 
389 aa  69.7  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.02 
 
 
389 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  22.55 
 
 
538 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.89 
 
 
369 aa  68.9  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.62 
 
 
575 aa  68.2  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  23.08 
 
 
385 aa  68.9  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  21.9 
 
 
388 aa  67.8  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.58 
 
 
387 aa  67.4  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2723  putative iron-regulated membrane protein  21.49 
 
 
372 aa  65.5  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454931  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  24.33 
 
 
371 aa  65.1  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0201  peptidase  26.32 
 
 
451 aa  64.7  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1911  hypothetical protein  23.21 
 
 
426 aa  64.3  0.000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.134613 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  23.62 
 
 
503 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  20.16 
 
 
366 aa  64.3  0.000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.62 
 
 
503 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  25.09 
 
 
410 aa  64.3  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  22.15 
 
 
503 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  25 
 
 
356 aa  63.9  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.81 
 
 
539 aa  63.2  0.000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.81 
 
 
539 aa  63.2  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.59 
 
 
369 aa  63.5  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  21.43 
 
 
394 aa  62.4  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  23.93 
 
 
627 aa  62.4  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  21.69 
 
 
497 aa  61.6  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.78 
 
 
525 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.58 
 
 
525 aa  61.2  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  21.2 
 
 
641 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  21.23 
 
 
366 aa  60.8  0.00000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1802  putative oxidoreductase  27.68 
 
 
385 aa  60.5  0.00000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  23.48 
 
 
506 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  23.9 
 
 
360 aa  60.5  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  22.63 
 
 
539 aa  60.5  0.00000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2157  putative iron-regulated membrane protein  22.76 
 
 
504 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.921249  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0795  hypothetical protein  22.76 
 
 
504 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0885  hypothetical protein  22.76 
 
 
504 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  23.53 
 
 
381 aa  59.7  0.00000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2403  PepSY-associated TM helix  18.69 
 
 
393 aa  59.7  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  23.42 
 
 
506 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  21.6 
 
 
381 aa  59.3  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  21.01 
 
 
539 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.49 
 
 
530 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.02 
 
 
530 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.59 
 
 
409 aa  58.2  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0909277  normal  0.103498 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>