More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5332 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2188  cytochrome c class I  42.5 
 
 		 1151 aa  677    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5332  PKD domain containing protein  100 
 
 		 909 aa  1873    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0649636  normal  0.493539 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4398  PKD domain containing protein  43.11 
 
 		 1142 aa  684    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0061097  normal  0.588694 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3440  PKD domain containing protein  41.02 
 
 		 1143 aa  664    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4672  PKD domain containing protein  45.2 
 
 		 941 aa  716    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612479  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5054  PKD domain containing protein  39.71 
 
 		 1135 aa  624  1e-177  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0335  PKD domain containing protein  38.62 
 
 		 984 aa  611  1e-173  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.16291  normal  0.953666 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1484  PKD domain containing protein  38.17 
 
 		 918 aa  609  1e-173  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.287223 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7275  PKD domain containing protein  40.9 
 
 		 1138 aa  603  1.0000000000000001e-171  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000186518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4030  PKD domain containing protein  38.59 
 
 		 1182 aa  589  1e-167  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.775047 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2208  PKD domain containing protein  37.73 
 
 		 908 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0778173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1903  Carbohydrate binding family 6  37.24 
 
 		 918 aa  567  1e-160  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.602156  normal  0.263579 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12340  glucose/sorbosone dehydrogenase  42.34 
 
 		 1200 aa  447  1.0000000000000001e-124  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.217847 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11080  glucose/sorbosone dehydrogenase  38.96 
 
 		 1505 aa  419  1e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.120578  normal  0.319442 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2322  protein of unknown function DUF1080  41.6 
 
 		 1444 aa  387  1e-106  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.205839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0722  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 800 aa  349  1e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7912  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  37.23 
 
 		 953 aa  341  4e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.241269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3787  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  38.18 
 
 		 945 aa  335  3e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.339008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21190  protein of Unknown Function (DUF1080)  30.57 
 
 		 1194 aa  214  7e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.900923  normal  0.894931 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2965  PKD domain-containing protein  27.96 
 
 		 1029 aa  130  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.651624  normal  0.0385802 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1221  glucose/sorbosone dehydrogenase-related  23.42 
 
 		 1657 aa  108  4e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.141757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36860  glucose/sorbosone dehydrogenase  24.6 
 
 		 892 aa  108  6e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.095894  normal  0.0512972 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4878  PKD domain containing protein  23.52 
 
 		 1081 aa  105  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.846856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0775  PKD domain-containing protein  25.93 
 
 		 999 aa  105  5e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.482876  normal  0.807579 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0779  PKD domain-containing protein  25.75 
 
 		 999 aa  103  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0794  PKD domain-containing protein  25.75 
 
 		 999 aa  103  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.135837  normal  0.0870072 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1791  hypothetical protein  31.6 
 
 		 411 aa  100  1e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00386684 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2870  hypothetical protein  30.5 
 
 		 408 aa  100  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5117  Carbohydrate binding family 6  24.03 
 
 		 1132 aa  98.6  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.17685 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0363  glucose sorbosone dehydrogenase  29.26 
 
 		 422 aa  95.5  4e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.510495  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5245  glucose/sorbosone dehydrogenases-like protein  30.08 
 
 		 585 aa  94  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1715  hypothetical protein  31.12 
 
 		 394 aa  94.4  1e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.296099  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0474  glucose/sorbosone dehydrogenase  30.82 
 
 		 369 aa  94  1e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2887  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  34.88 
 
 		 396 aa  92.8  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0670261 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0542  glucose sorbosone dehydrogenase  31.82 
 
 		 385 aa  91.3  7e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0538  glucose sorbosone dehydrogenase  31.44 
 
 		 385 aa  90.9  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0509  glucose sorbosone dehydrogenase  30.48 
 
 		 385 aa  89.7  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.760601  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0417  glucose sorbosone dehydrogenase  24.58 
 
 		 376 aa  90.1  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000311026  hitchhiker  0.00936904 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0521  PA14 domain protein  24.66 
 
 		 841 aa  88.6  5e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.387199  hitchhiker  0.000185661 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0989  glucose sorbosone dehydrogenase  28.2 
 
 		 382 aa  88.6  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1010  PKD domain-containing protein  28.52 
 
 		 342 aa  88.6  5e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.740866  normal  0.234047 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7278  cytochrome c class I  52.78 
 
 		 138 aa  87  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6303  glucose sorbosone dehydrogenase  30.18 
 
 		 377 aa  87  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3324  carbohydrate-binding family 6 protein  24.1 
 
 		 972 aa  86.3  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2262  glucose sorbosone dehydrogenase  26.04 
 
 		 386 aa  87  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561856  normal  0.0609661 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0485  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.33 
 
 		 387 aa  86.3  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.335617  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2489  hypothetical protein  29.46 
 
 		 371 aa  84.7  0.000000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.234547 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2694  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  36.84 
 
 		 520 aa  84.7  0.000000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.439378  normal  0.199707 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2602  glucose sorbosone dehydrogenase  24.7 
 
 		 418 aa  84  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.436161  normal  0.21704 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1830  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  26.26 
 
 		 442 aa  84.3  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.922433  normal  0.747295 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0137  glucose sorbosone dehydrogenase  26.74 
 
 		 386 aa  84.3  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0391  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.92 
 
 		 455 aa  83.2  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.101157 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4458  glucose sorbosone dehydrogenase  30.15 
 
 		 430 aa  83.6  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4892  sulfite:cytochrome c oxidoreductase subunit B  45.45 
 
 		 218 aa  82.4  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474093 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0140  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  33.9 
 
 		 451 aa  82.8  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.5933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1249  PKD domain-containing protein  22.44 
 
 		 712 aa  82  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.8229  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6513  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  30.04 
 
 		 392 aa  81.3  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.576185  normal  0.706231 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2468  cytochrome c, class I  45.68 
 
 		 115 aa  80.5  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.202233  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2375  glucose/sorbosone dehydrogenases-like  27.71 
 
 		 2172 aa  80.9  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.842796  normal  0.181989 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1937  carbohydrate-binding family 6 protein  29.41 
 
 		 263 aa  80.9  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.214257 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2726  cytochrome C transmembrane protein  47.89 
 
 		 106 aa  80.1  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2315  glucose/sorbosone dehydrogenase  26.55 
 
 		 412 aa  79.3  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.702038 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2405  cytochrome c family protein  40.74 
 
 		 105 aa  78.6  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0158  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.48 
 
 		 450 aa  79  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4181  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.49 
 
 		 570 aa  79  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.100139  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12748  hypothetical protein  29.74 
 
 		 461 aa  78.2  0.0000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.895209  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2521  glucose sorbosone dehydrogenase  24.33 
 
 		 395 aa  78.2  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.21854  normal  0.577738 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0760  glucose sorbosone dehydrogenase  25.97 
 
 		 387 aa  78.2  0.0000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0733756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1322  glucose sorbosone dehydrogenase  28.62 
 
 		 399 aa  77.8  0.0000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0828348  normal  0.2304 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3593  glucose sorbosone dehydrogenase  28.73 
 
 		 395 aa  77.8  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3257  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 344 aa  77.8  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225415  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3156  glucose sorbosone dehydrogenase  23.89 
 
 		 376 aa  77.8  0.0000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1783  cytochrome c, class I  47.89 
 
 		 106 aa  77.4  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434687  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2528  cytochrome c class I  43.04 
 
 		 101 aa  77.4  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0814  glucose sorbosone dehydrogenase  27.14 
 
 		 462 aa  77.8  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00498666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0985  cytochrome c class I  43.21 
 
 		 101 aa  77  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0959  hypothetical protein  27.86 
 
 		 419 aa  76.3  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4807  glucose sorbosone dehydrogenase  27.17 
 
 		 392 aa  76.6  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.916412  normal  0.104055 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1142  glucose sorbosone dehydrogenase  26.32 
 
 		 382 aa  76.6  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.320436  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4405  HHIPL1; HHIP-like 1  31.51 
 
 		 471 aa  77  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0608136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1069  cytochrome c, class I  43.21 
 
 		 101 aa  77  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1240  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  26.72 
 
 		 809 aa  75.9  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167459 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1286  blue (type1) copper domain-containing protein  30.8 
 
 		 482 aa  75.9  0.000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.185523  normal  0.569108 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0825  glucose sorbosone dehydrogenase  26.04 
 
 		 405 aa  76.3  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2766  glucose sorbosone dehydrogenase  26.81 
 
 		 357 aa  76.3  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00360  Cytochrome c-551  42.86 
 
 		 104 aa  76.3  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.66895  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2493  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 110 aa  75.5  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.291916  normal  0.0913133 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2196  cytochrome c, class I  44.83 
 
 		 106 aa  75.5  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.252301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2646  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.27 
 
 		 367 aa  75.1  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0744943  normal  0.337363 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2749  cytochrome c class I  41.98 
 
 		 102 aa  75.1  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.210292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0802  cytochrome c, class I  36 
 
 		 360 aa  75.1  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.641735  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2099  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 110 aa  75.1  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2792  cytochrome c, class I  44.44 
 
 		 249 aa  75.1  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.52873  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12328  hypothetical protein  27.35 
 
 		 392 aa  75.1  0.000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1678  glucose sorbosone dehydrogenase  24.57 
 
 		 388 aa  74.7  0.000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0214207  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1315  glucose sorbosone dehydrogenase  27.2 
 
 		 374 aa  74.3  0.000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1511  glucose sorbosone dehydrogenase  27.2 
 
 		 374 aa  74.3  0.000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1945  glucose sorbosone dehydrogenase  25.25 
 
 		 388 aa  73.9  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.404392  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0989  hypothetical protein  27.8 
 
 		 475 aa  73.9  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3171  cytochrome c, class I  41.98 
 
 		 101 aa  73.6  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>