More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5137 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_5137  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
367 aa  732    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.5 
 
 
362 aa  242  6e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.13 
 
 
390 aa  237  3e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.32 
 
 
357 aa  231  1e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.51 
 
 
362 aa  227  2e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1145  hypothetical protein  38.56 
 
 
371 aa  222  8e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.01 
 
 
351 aa  204  2e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  37.13 
 
 
357 aa  188  1e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.56 
 
 
353 aa  187  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  35.16 
 
 
352 aa  187  2e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  32.16 
 
 
390 aa  172  7.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.44 
 
 
380 aa  161  2e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  30.55 
 
 
360 aa  160  4e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.94 
 
 
388 aa  158  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  30.13 
 
 
340 aa  151  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  30.87 
 
 
361 aa  151  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  30.55 
 
 
361 aa  147  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  30.32 
 
 
360 aa  144  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  31.37 
 
 
467 aa  142  9e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  30.82 
 
 
361 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  33.01 
 
 
374 aa  140  4.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  29.61 
 
 
360 aa  138  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  29.14 
 
 
360 aa  138  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  29.37 
 
 
434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  30.33 
 
 
382 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  30.52 
 
 
415 aa  136  6.0000000000000005e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  27.88 
 
 
361 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  29.14 
 
 
406 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  29.14 
 
 
382 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  30.69 
 
 
358 aa  132  6.999999999999999e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  31.06 
 
 
385 aa  132  9e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 
392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 
360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 
360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  28.8 
 
 
360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  25.87 
 
 
349 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  30.38 
 
 
376 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  28.29 
 
 
360 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  29.28 
 
 
379 aa  127  3e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  28.08 
 
 
365 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.28 
 
 
368 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  27.96 
 
 
360 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  27.41 
 
 
354 aa  125  9e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  31.03 
 
 
381 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 
360 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.11 
 
 
365 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  27.84 
 
 
360 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  30.47 
 
 
365 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 
361 aa  124  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 
365 aa  123  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  30.11 
 
 
365 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.39 
 
 
360 aa  123  5e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.39 
 
 
360 aa  123  5e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29 
 
 
356 aa  122  8e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0623416  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  30.52 
 
 
360 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  30.19 
 
 
372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  30.57 
 
 
382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  31.17 
 
 
394 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.04 
 
 
363 aa  119  7e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.04 
 
 
363 aa  119  7e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.42 
 
 
374 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.67 
 
 
383 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.83 
 
 
375 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  30.82 
 
 
370 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 
366 aa  118  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  28.53 
 
 
376 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  29.08 
 
 
373 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  27.71 
 
 
371 aa  116  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  28.78 
 
 
365 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  26.14 
 
 
380 aa  115  8.999999999999998e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.06 
 
 
370 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  29.44 
 
 
379 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 
355 aa  114  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 
365 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 
365 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  28.71 
 
 
366 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 
365 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 
365 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 
365 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 
365 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 
365 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.11 
 
 
422 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  28.66 
 
 
351 aa  113  5e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  29.22 
 
 
397 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.54 
 
 
370 aa  113  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  28.66 
 
 
351 aa  113  5e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  29.64 
 
 
372 aa  113  5e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  30.64 
 
 
378 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  29.93 
 
 
368 aa  113  7.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 
433 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  26.68 
 
 
395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.79 
 
 
395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  29.7 
 
 
383 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.22 
 
 
397 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  29.09 
 
 
367 aa  110  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  27.41 
 
 
376 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  29.47 
 
 
372 aa  110  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.52 
 
 
372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  29.64 
 
 
348 aa  110  5e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.81 
 
 
396 aa  109  9.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>