244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4876 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4876  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 127 aa  261  3e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.26776 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0998  ribosome-binding factor A  64.8 
 
 		 126 aa  175  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00108919  normal  0.25507 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4166  ribosome-binding factor A  48.18 
 
 		 127 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00000106795  hitchhiker  0.00000000804111 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3629  ribosome-binding factor A  43.2 
 
 		 133 aa  112  2.0000000000000002e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0923  ribosome-binding factor A  48.18 
 
 		 111 aa  107  4.0000000000000004e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.816784 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1069  ribosome-binding factor A  43.75 
 
 		 130 aa  95.5  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0393  ribosome-binding factor A  41.28 
 
 		 124 aa  94  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.147401 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0368  ribosome-binding factor A  36.07 
 
 		 122 aa  84.3  6e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159363  normal  0.435945 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0781  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1778  ribosome-binding factor A  36.7 
 
 		 119 aa  77  0.00000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00495715  normal  0.155999 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1461  ribosome-binding factor A  36.61 
 
 		 123 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00371256  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  34.92 
 
 		 128 aa  76.3  0.0000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0403  ribosome-binding factor A  37.38 
 
 		 116 aa  74.7  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000114311  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03290  ribosome-binding factor A  35.43 
 
 		 132 aa  73.9  0.0000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.441975  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  31.67 
 
 		 123 aa  72.8  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0301  ribosome-binding factor A  30.83 
 
 		 119 aa  72  0.000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000015742  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0399  ribosome-binding factor A  34.21 
 
 		 119 aa  70.9  0.000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000842232  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  38.32 
 
 		 127 aa  69.7  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  34.38 
 
 		 130 aa  67.4  0.00000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  34.62 
 
 		 130 aa  67  0.00000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  34.62 
 
 		 145 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 118 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 118 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 118 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0370  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 		 116 aa  66.2  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000258707  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  31.03 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  31.03 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  34.62 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 118 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 118 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  31.03 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  34.62 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  31.03 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  36.45 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  31.03 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  31.03 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  31.03 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  31.03 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  31.03 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 118 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 118 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  34.21 
 
 		 116 aa  64.7  0.0000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  30.17 
 
 		 133 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  30.17 
 
 		 133 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 118 aa  63.9  0.0000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 127 aa  63.5  0.0000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  33.91 
 
 		 131 aa  63.5  0.0000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  35.09 
 
 		 130 aa  63.5  0.0000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  35.09 
 
 		 116 aa  63.5  0.0000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  29.31 
 
 		 133 aa  63.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  29.31 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  29.31 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  32.54 
 
 		 142 aa  62  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  33.93 
 
 		 142 aa  62  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  34.21 
 
 		 119 aa  62.8  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  30.16 
 
 		 137 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  30.4 
 
 		 131 aa  62.8  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1310  ribosome-binding factor A  36.94 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.03706  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  33.06 
 
 		 129 aa  62.4  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  29.31 
 
 		 133 aa  62  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 		 136 aa  61.6  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  31.67 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2488  ribosome-binding factor A  30.4 
 
 		 135 aa  61.6  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.266682  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 		 139 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  34.75 
 
 		 121 aa  60.8  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0599  ribosome-binding factor A  32.17 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.369509  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  29.37 
 
 		 137 aa  60.5  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  30.17 
 
 		 148 aa  60.1  0.000000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  27.27 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  29.51 
 
 		 123 aa  59.3  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  29.51 
 
 		 123 aa  59.3  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  28.35 
 
 		 136 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  30.83 
 
 		 133 aa  58.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  29.09 
 
 		 151 aa  58.5  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2749  ribosome-binding factor A  36.44 
 
 		 123 aa  58.2  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  30.91 
 
 		 135 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  27.42 
 
 		 123 aa  58.5  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  27.93 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  26.36 
 
 		 150 aa  57.8  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  27.27 
 
 		 133 aa  57.8  0.00000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  31.48 
 
 		 119 aa  57.8  0.00000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  31.48 
 
 		 119 aa  57.8  0.00000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  28.07 
 
 		 141 aa  57  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  28.18 
 
 		 134 aa  57  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  29.03 
 
 		 125 aa  57  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  30.28 
 
 		 117 aa  57  0.00000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  26.4 
 
 		 136 aa  57  0.00000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0180  ribosome-binding factor A  30.33 
 
 		 125 aa  57  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.708366  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0601  ribosome-binding factor A  29.09 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  31.58 
 
 		 136 aa  56.6  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  26.36 
 
 		 134 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0243  hypothetical protein  27.1 
 
 		 125 aa  56.2  0.0000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2427  ribosome-binding factor A  35.59 
 
 		 122 aa  55.8  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.224227  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  26.98 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>