291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4701 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
290 aa  596  1e-169  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.07 
 
 
281 aa  204  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  38.63 
 
 
290 aa  198  7e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  38.68 
 
 
288 aa  189  5.999999999999999e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.88 
 
 
290 aa  189  7e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.48 
 
 
289 aa  185  9e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  36.36 
 
 
295 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  36 
 
 
295 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.62 
 
 
285 aa  172  7.999999999999999e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 
289 aa  167  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.21 
 
 
283 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.73 
 
 
275 aa  157  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  31.94 
 
 
293 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  32.49 
 
 
283 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.69 
 
 
283 aa  149  4e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.97 
 
 
293 aa  149  5e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  31.56 
 
 
297 aa  142  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  30.69 
 
 
295 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.32 
 
 
292 aa  141  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.8 
 
 
297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.64 
 
 
294 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.96 
 
 
283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.06 
 
 
282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  29.03 
 
 
283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.78 
 
 
282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.34 
 
 
282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.22 
 
 
288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.14 
 
 
279 aa  126  5e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.06 
 
 
282 aa  125  7e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.18 
 
 
294 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  32.16 
 
 
282 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  31.54 
 
 
270 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  36.16 
 
 
268 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  27.02 
 
 
282 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  43.08 
 
 
278 aa  105  1e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  35.22 
 
 
295 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.91 
 
 
264 aa  101  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.78 
 
 
295 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.53 
 
 
262 aa  90.9  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 
274 aa  87.8  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.09 
 
 
264 aa  83.2  0.000000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.09 
 
 
303 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  35.54 
 
 
262 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  35.54 
 
 
262 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.54 
 
 
262 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  35.54 
 
 
262 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  35.54 
 
 
262 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  35.54 
 
 
262 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.83 
 
 
270 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  34.71 
 
 
262 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  35.54 
 
 
262 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.59 
 
 
260 aa  75.9  0.0000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  37.17 
 
 
262 aa  75.5  0.0000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  30.64 
 
 
299 aa  74.3  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  35.77 
 
 
264 aa  73.9  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  37.27 
 
 
257 aa  71.6  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  30.82 
 
 
271 aa  71.2  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2228  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.48 
 
 
287 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498591  normal  0.437814 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  28.67 
 
 
262 aa  66.6  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  29.56 
 
 
250 aa  65.9  0.0000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.95 
 
 
256 aa  65.9  0.0000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  33.8 
 
 
264 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0649  xylose isomerase domain-containing protein  28.66 
 
 
304 aa  64.7  0.000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.0000488201  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5018  hydroxypyruvate isomerase  32.8 
 
 
258 aa  62.4  0.000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  29.22 
 
 
260 aa  62.4  0.000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  29.09 
 
 
254 aa  62.4  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.92 
 
 
282 aa  62  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  29.22 
 
 
271 aa  62  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  29.41 
 
 
256 aa  61.6  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  32.54 
 
 
267 aa  60.8  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  30.25 
 
 
259 aa  60.8  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.34 
 
 
630 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  32.82 
 
 
266 aa  60.1  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  29.41 
 
 
262 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2682  xylose isomerase domain-containing protein  29.69 
 
 
258 aa  59.3  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  29.37 
 
 
263 aa  58.9  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  25.1 
 
 
280 aa  58.9  0.00000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  25.86 
 
 
261 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.26 
 
 
275 aa  58.9  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  25.58 
 
 
262 aa  58.5  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.82 
 
 
310 aa  58.5  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  27.32 
 
 
262 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  29.63 
 
 
278 aa  57.8  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2978  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.55 
 
 
335 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.856422 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3141  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.55 
 
 
335 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  27.75 
 
 
256 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  26.74 
 
 
257 aa  57  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5488  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.62 
 
 
285 aa  57.4  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.479008 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2365  hydroxypyruvate isomerase  30.17 
 
 
266 aa  57.4  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  22.01 
 
 
256 aa  57  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.436698  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.93 
 
 
630 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  26.53 
 
 
259 aa  57.4  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2201  xylose isomerase domain-containing protein  25.9 
 
 
258 aa  57  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.586932  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  34.96 
 
 
260 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  27.5 
 
 
285 aa  57  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0797  xylose isomerase domain-containing protein  22.69 
 
 
268 aa  57  0.0000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0606735  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  30.65 
 
 
263 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  23.75 
 
 
265 aa  57  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1112  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.34 
 
 
259 aa  57  0.0000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4459  xylose isomerase-like TIM barrel  27.7 
 
 
255 aa  56.6  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>