More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4652 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 272 aa  559  1e-158  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  34.35 
 
 		 269 aa  132  5e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 271 aa  131  9e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 271 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  30.34 
 
 		 269 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  29.66 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  28.2 
 
 		 279 aa  102  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 257 aa  101  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 271 aa  100  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 261 aa  96.3  4e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 271 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 327 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 260 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  30.2 
 
 		 281 aa  93.6  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.85 
 
 		 260 aa  93.6  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 278 aa  91.3  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  27.01 
 
 		 271 aa  90.5  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  25.49 
 
 		 272 aa  90.5  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 271 aa  89.7  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 253 aa  89.4  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  24.41 
 
 		 271 aa  89.4  6e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 257 aa  89  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 256 aa  89  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 287 aa  88.2  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 259 aa  88.2  1e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  29.91 
 
 		 277 aa  87  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 		 273 aa  86.3  5e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  28.63 
 
 		 274 aa  85.5  9e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  29.15 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 256 aa  83.2  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.14 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  23.9 
 
 		 280 aa  81.6  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 287 aa  79.3  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 273 aa  78.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.42 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  24.42 
 
 		 254 aa  76.3  0.0000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 275 aa  75.1  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 277 aa  74.7  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  23.91 
 
 		 271 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 278 aa  72  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6449  AraC family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 239 aa  70.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0160185 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 282 aa  70.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 310 aa  71.2  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 281 aa  70.1  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 253 aa  70.1  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  24.21 
 
 		 271 aa  70.5  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  26.22 
 
 		 257 aa  70.1  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 274 aa  69.3  0.00000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  24.23 
 
 		 272 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2597  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 253 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00366269  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 264 aa  68.6  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 275 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 292 aa  66.6  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1969  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 282 aa  65.9  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0909841  normal  0.074502 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.93 
 
 		 288 aa  65.9  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  22 
 
 		 279 aa  65.5  0.0000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  26.23 
 
 		 273 aa  65.5  0.0000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0145  Helix-turn-helix, AraC domain protein  23.28 
 
 		 276 aa  64.3  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  26.74 
 
 		 277 aa  63.9  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 252 aa  63.2  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 272 aa  63.2  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  26.16 
 
 		 275 aa  63.2  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  37.08 
 
 		 289 aa  63.5  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4242  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 267 aa  63.2  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2143  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.19 
 
 		 269 aa  62.8  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  35.79 
 
 		 261 aa  62.4  0.000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8641  transcriptional regulator  28.92 
 
 		 266 aa  62  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.57 
 
 		 248 aa  62  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6058  transcriptional regulator, AraC family  22.78 
 
 		 291 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  30.64 
 
 		 229 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0651  transcriptional regulator, AraC family  29.35 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  30.87 
 
 		 244 aa  61.6  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0979  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 279 aa  62  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.560002  normal  0.0613388 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 285 aa  60.5  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 360 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 360 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  23.4 
 
 		 304 aa  60.5  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  37.18 
 
 		 356 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 357 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  25.11 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1671  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.4 
 
 		 261 aa  60.1  0.00000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0678  AraC family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.364827 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 357 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 357 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4529  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.1 
 
 		 303 aa  58.9  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 309 aa  58.9  0.00000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  25.25 
 
 		 306 aa  58.9  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 272 aa  58.5  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  35.9 
 
 		 396 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0073  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 237 aa  58.2  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  35.9 
 
 		 396 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 410 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>