More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4511 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
339 aa  708  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  54.94 
 
 
332 aa  391  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  57.05 
 
 
324 aa  389  1e-107  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  45.91 
 
 
320 aa  307  1e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.56 
 
 
327 aa  244  2e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.94 
 
 
327 aa  238  1e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.62 
 
 
326 aa  234  1e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 
326 aa  234  2e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  38.16 
 
 
324 aa  232  7e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  38.44 
 
 
321 aa  232  8e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 
326 aa  223  4e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 
326 aa  218  8e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  36.7 
 
 
326 aa  213  4e-54  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.86 
 
 
293 aa  208  1e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 
322 aa  207  2e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.16 
 
 
325 aa  202  8e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  38.15 
 
 
324 aa  197  2e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  9.34033e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.29 
 
 
323 aa  192  7e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  34.19 
 
 
329 aa  181  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  32.51 
 
 
325 aa  178  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 
324 aa  175  1e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 
330 aa  172  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  38.67 
 
 
330 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 
328 aa  169  6e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  33.44 
 
 
336 aa  167  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 
306 aa  166  7e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  32.5 
 
 
334 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  31.14 
 
 
336 aa  164  1e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 
332 aa  165  1e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  2.78765e-05 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  33.82 
 
 
348 aa  165  1e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 
334 aa  165  1e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 
334 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  32.86 
 
 
331 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
341 aa  162  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  29.97 
 
 
327 aa  162  6e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  29.01 
 
 
331 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  31.76 
 
 
336 aa  161  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  35.68 
 
 
345 aa  160  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  30.99 
 
 
334 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 
337 aa  158  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  30.45 
 
 
331 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 
335 aa  158  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  35.04 
 
 
326 aa  157  3e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.6714e-05 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  31.93 
 
 
335 aa  155  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  32.14 
 
 
332 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 
299 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 
332 aa  154  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 
335 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  31.42 
 
 
342 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  30.58 
 
 
344 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 
285 aa  153  5e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  35.43 
 
 
343 aa  152  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  33.46 
 
 
361 aa  151  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  33.04 
 
 
337 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  29.5 
 
 
347 aa  149  7e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  37 
 
 
347 aa  149  7e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  29.62 
 
 
347 aa  149  8e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  29.2 
 
 
347 aa  148  2e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.58985e-06 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  32.46 
 
 
319 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 
331 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 
341 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  31.33 
 
 
320 aa  142  7e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  27.83 
 
 
351 aa  142  7e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  29.83 
 
 
340 aa  142  9e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  34.36 
 
 
360 aa  142  1e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  31.7 
 
 
333 aa  141  2e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  31.41 
 
 
341 aa  141  2e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  28.71 
 
 
319 aa  139  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 
322 aa  137  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 
322 aa  137  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5155  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 
348 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.976904 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 
316 aa  136  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5245  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 
328 aa  134  2e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.608948  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  27.94 
 
 
334 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1956  transcriptional regulator  27.74 
 
 
316 aa  133  4e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2856  AraC family transcriptional regulator  34.05 
 
 
314 aa  132  6e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  25.71 
 
 
361 aa  132  8e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 
336 aa  132  9e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  26.86 
 
 
327 aa  132  1e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  29.77 
 
 
321 aa  132  1e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  26.05 
 
 
327 aa  132  1e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  32.41 
 
 
320 aa  130  2e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2808  transcriptional regulator, AraC family  30.13 
 
 
330 aa  130  2e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.627946  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 
324 aa  130  4e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 
324 aa  130  4e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1844  transcriptional regulator, AraC family  25.45 
 
 
326 aa  130  4e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 
324 aa  130  4e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 
330 aa  129  5e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0573  transcriptional regulator  26.6 
 
 
342 aa  129  6e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0972711  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4246  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 
319 aa  129  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 
333 aa  128  1e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4495  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 
340 aa  128  2e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 
338 aa  127  2e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  24.27 
 
 
344 aa  128  2e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 
322 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 
314 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  27.92 
 
 
319 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 
344 aa  127  4e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2453  transcriptional regulator  29.08 
 
 
339 aa  127  4e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 
320 aa  126  4e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.59349 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>