More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4463 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 		 498 aa  1042    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  50.1 
 
 		 523 aa  484  1e-135  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  40.61 
 
 		 495 aa  352  1e-95  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  33.07 
 
 		 523 aa  265  1e-69  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  32.22 
 
 		 610 aa  258  1e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  31.69 
 
 		 570 aa  256  9e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  32.18 
 
 		 596 aa  248  3e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  31.14 
 
 		 650 aa  241  2e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  33.55 
 
 		 661 aa  238  2e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  34.09 
 
 		 440 aa  238  2e-61  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  29.8 
 
 		 556 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  32.56 
 
 		 522 aa  226  1e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  30.1 
 
 		 638 aa  224  3e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  33.07 
 
 		 451 aa  218  2e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  29.83 
 
 		 561 aa  216  9e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  34.18 
 
 		 405 aa  213  9e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  33.77 
 
 		 447 aa  208  2e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  32.21 
 
 		 620 aa  204  3e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  30.35 
 
 		 544 aa  204  4e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  31.31 
 
 		 476 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.34 
 
 		 617 aa  189  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  29.3 
 
 		 499 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  29.52 
 
 		 506 aa  184  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  30.19 
 
 		 476 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  29.45 
 
 		 498 aa  184  5.0000000000000004e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  30.34 
 
 		 534 aa  183  6e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  30.19 
 
 		 476 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  28.12 
 
 		 587 aa  182  9.000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  29.05 
 
 		 487 aa  182  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  28.63 
 
 		 507 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  28.92 
 
 		 547 aa  181  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  29.81 
 
 		 556 aa  181  4e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  29.5 
 
 		 492 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  29.48 
 
 		 473 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.93 
 
 		 530 aa  179  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  30.65 
 
 		 499 aa  178  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.65 
 
 		 515 aa  178  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  37.94 
 
 		 733 aa  177  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  30.09 
 
 		 543 aa  177  4e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  28.04 
 
 		 518 aa  177  5e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  27.12 
 
 		 595 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  28.19 
 
 		 552 aa  175  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  29.56 
 
 		 484 aa  171  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  29.36 
 
 		 539 aa  171  4e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  28.07 
 
 		 554 aa  169  9e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  28.8 
 
 		 548 aa  168  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.07 
 
 		 534 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1895  Lytic transglycosylase catalytic  30.03 
 
 		 693 aa  167  4e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  32.45 
 
 		 564 aa  167  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  28.42 
 
 		 580 aa  166  8e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  31.23 
 
 		 515 aa  164  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  31.68 
 
 		 525 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  31.69 
 
 		 528 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  31.24 
 
 		 511 aa  163  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  31.93 
 
 		 564 aa  163  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  28.76 
 
 		 448 aa  163  7e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  28.51 
 
 		 498 aa  162  9e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  31.5 
 
 		 525 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  31.28 
 
 		 446 aa  162  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  28.95 
 
 		 553 aa  162  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  31.41 
 
 		 525 aa  162  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  29.05 
 
 		 517 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  29.58 
 
 		 544 aa  160  6e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  27.08 
 
 		 519 aa  157  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1677  lytic transglycosylase, catalytic  30.48 
 
 		 524 aa  157  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.728963 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  28.7 
 
 		 467 aa  156  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  30.77 
 
 		 514 aa  155  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.012845 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2337  Lytic transglycosylase catalytic  31.49 
 
 		 538 aa  155  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.627607  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  26.39 
 
 		 511 aa  155  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  26.28 
 
 		 415 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  30.73 
 
 		 504 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1973  lytic transglycosylase catalytic  32.29 
 
 		 578 aa  154  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.203467 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  30.24 
 
 		 504 aa  153  7e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  30.53 
 
 		 561 aa  153  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  28.66 
 
 		 546 aa  153  8e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.43 
 
 		 532 aa  153  8.999999999999999e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  27.88 
 
 		 524 aa  152  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0077  Lytic transglycosylase catalytic  35.81 
 
 		 322 aa  152  2e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  29.6 
 
 		 516 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  26.45 
 
 		 517 aa  152  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  31.36 
 
 		 524 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  31.75 
 
 		 529 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  29.6 
 
 		 516 aa  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  31.75 
 
 		 529 aa  151  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.02 
 
 		 452 aa  150  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.02 
 
 		 452 aa  150  4e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.02 
 
 		 452 aa  150  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.02 
 
 		 452 aa  150  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  27.02 
 
 		 452 aa  150  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.02 
 
 		 452 aa  150  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.02 
 
 		 406 aa  150  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.02 
 
 		 406 aa  150  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  30.75 
 
 		 570 aa  149  9e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  28.12 
 
 		 479 aa  149  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  26.84 
 
 		 527 aa  148  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.02 
 
 		 455 aa  146  7.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  26.5 
 
 		 455 aa  146  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  27.86 
 
 		 479 aa  146  9e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  28.41 
 
 		 519 aa  145  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  25.55 
 
 		 499 aa  146  1e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>