More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4344 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4344  50S ribosomal protein L4  100 
 
 		 209 aa  422  1e-117  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000409516  normal  0.126717 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5786  ribosomal protein L4/L1e  69.86 
 
 		 209 aa  305  3e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.116422 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3161  50S ribosomal protein L4  67.31 
 
 		 208 aa  297  8e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.614669 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0603  ribosomal protein L4/L1e  64.71 
 
 		 209 aa  279  2e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1148  50S ribosomal protein L4  62.68 
 
 		 209 aa  276  1e-73  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000671055  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05720  50S ribosomal protein L4  62.32 
 
 		 208 aa  275  3e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.316206  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0196  50S ribosomal protein L4  62.5 
 
 		 210 aa  261  6.999999999999999e-69  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.371225 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0396  50S ribosomal protein L4  57.42 
 
 		 209 aa  259  3e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1937  50S ribosomal protein L4  57.64 
 
 		 209 aa  255  3e-67  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1616  ribosomal protein L4/L1e  51.22 
 
 		 212 aa  225  4e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2422  50S ribosomal protein L4  53.14 
 
 		 208 aa  220  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00578828  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1850  50S ribosomal protein L4  53.62 
 
 		 208 aa  219  3e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264817  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0843  ribosomal protein L4/L1e  51.69 
 
 		 214 aa  215  5e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2228  50S ribosomal protein L4  50.24 
 
 		 208 aa  207  8e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169782  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0290  50S ribosomal protein L4  50.72 
 
 		 212 aa  203  2e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2295  50S ribosomal protein L4  50.72 
 
 		 208 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0333756  hitchhiker  0.00351228 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0181  50S ribosomal protein L4  48.31 
 
 		 208 aa  194  8.000000000000001e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000196789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2063  50S ribosomal protein L4  45.41 
 
 		 208 aa  191  9e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000340203  normal  0.385687 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  45.63 
 
 		 207 aa  187  7e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  45.63 
 
 		 207 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  46.8 
 
 		 207 aa  180  1e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  46.8 
 
 		 207 aa  180  1e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  44.33 
 
 		 206 aa  178  4.999999999999999e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  45.15 
 
 		 206 aa  172  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 		 206 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0290  ribosomal protein L4/L1e  43.96 
 
 		 208 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00437959  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  47.24 
 
 		 208 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000599505  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  43.69 
 
 		 207 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  44.33 
 
 		 207 aa  170  1e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  43.69 
 
 		 207 aa  171  1e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  43.69 
 
 		 207 aa  171  1e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  43.69 
 
 		 207 aa  171  1e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  43.69 
 
 		 207 aa  171  1e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  43.69 
 
 		 207 aa  171  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  43.69 
 
 		 207 aa  171  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  43.69 
 
 		 207 aa  171  1e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  43.69 
 
 		 207 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  43.69 
 
 		 207 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  42.57 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  43.2 
 
 		 207 aa  169  3e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  42.16 
 
 		 209 aa  169  3e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  46.53 
 
 		 209 aa  167  9e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  43.2 
 
 		 207 aa  165  4e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  43.35 
 
 		 207 aa  164  1.0000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000847375  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  44 
 
 		 207 aa  162  3e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  42.11 
 
 		 209 aa  161  5.0000000000000005e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  43.23 
 
 		 207 aa  160  1e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  41.38 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  43.07 
 
 		 206 aa  159  2e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3447  50S ribosomal protein L4  40.87 
 
 		 206 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.628566 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  44 
 
 		 207 aa  159  2e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000335339  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  44.97 
 
 		 206 aa  158  6e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  41.55 
 
 		 207 aa  158  6e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  41.46 
 
 		 207 aa  158  6e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  0.0000000146284 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  41.63 
 
 		 214 aa  157  8e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  42.93 
 
 		 207 aa  157  1e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  38.89 
 
 		 221 aa  157  1e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0695  50S ribosomal protein L4  43.9 
 
 		 208 aa  156  2e-37  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  40.49 
 
 		 207 aa  156  2e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  39.73 
 
 		 221 aa  155  4e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000111144  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5069  50S ribosomal protein L4  40.67 
 
 		 206 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.312873  normal  0.444752 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3666  50S ribosomal protein L4  40.19 
 
 		 206 aa  154  9e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  40.39 
 
 		 207 aa  153  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  38.92 
 
 		 207 aa  154  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1680  50S ribosomal protein L4  37.8 
 
 		 206 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.097299  hitchhiker  0.0000499421 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  41.38 
 
 		 204 aa  154  1e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3023  ribosomal protein L4/L1e  38.21 
 
 		 222 aa  153  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.443321  normal  0.0189884 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1837  ribosomal protein L4/L1e  40.19 
 
 		 215 aa  152  2.9999999999999998e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00300997  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  38.92 
 
 		 208 aa  152  2.9999999999999998e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000318286  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3183  50S ribosomal protein L4  39.23 
 
 		 206 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.611189 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  40.98 
 
 		 207 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  40.89 
 
 		 204 aa  152  5e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  39.71 
 
 		 221 aa  151  5e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000717748 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  44.39 
 
 		 207 aa  151  8e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000045126  hitchhiker  0.00000000148432 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  42.36 
 
 		 207 aa  150  8.999999999999999e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  39.23 
 
 		 223 aa  150  8.999999999999999e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2296  50S ribosomal protein L4  38.76 
 
 		 206 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3011  50S ribosomal protein L4  39.61 
 
 		 212 aa  150  1e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00787083 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl124  50S ribosomal protein L4  41.46 
 
 		 208 aa  149  2e-35  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000604234  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0266  50S ribosomal protein L4  41.24 
 
 		 200 aa  149  2e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000651042  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  40.58 
 
 		 208 aa  150  2e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0987  50S ribosomal protein L4  39.71 
 
 		 206 aa  149  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114211  normal  0.0168487 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1431  50S ribosomal protein L4  38.65 
 
 		 206 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112454  normal  0.0117604 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  41.15 
 
 		 207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000475036  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1333  50S ribosomal protein L4  38.65 
 
 		 206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.177589 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0352  50S ribosomal protein L4  37.32 
 
 		 206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1909  50S ribosomal protein L4  37.32 
 
 		 206 aa  145  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00049189  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1841  50S ribosomal protein L4  39.71 
 
 		 206 aa  145  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00656496  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  36.59 
 
 		 205 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  40.87 
 
 		 207 aa  145  4.0000000000000006e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000403747  hitchhiker  0.0000000000267396 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3142  ribosomal protein L4/L1e  39.5 
 
 		 221 aa  144  8.000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.083105  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2856  50S ribosomal protein L4  40.74 
 
 		 207 aa  144  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.400345  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2560  50S ribosomal protein L4/L1e  40.58 
 
 		 210 aa  144  1e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0559575  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1365  50S ribosomal protein L4  37.98 
 
 		 206 aa  143  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.65413  normal  0.580974 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1137  50S ribosomal protein L4  36.94 
 
 		 223 aa  143  2e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000824266  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0579  50S ribosomal protein L4  37.32 
 
 		 206 aa  143  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  38.73 
 
 		 223 aa  142  4e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  37.56 
 
 		 205 aa  142  4e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000472593  unclonable  1.9716100000000001e-28 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0681  50S ribosomal protein L4  32.85 
 
 		 207 aa  142  5e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.486374  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0848  50S ribosomal protein L4P  41.8 
 
 		 207 aa  141  7e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000392239  decreased coverage  0.0000122182 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>