More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4343 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4343  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
206 aa  415  1e-115  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0239943  normal  0.123527 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5787  50S ribosomal protein L3  80.58 
 
 
220 aa  355  3e-97  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0786499 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3162  50S ribosomal protein L3  75.73 
 
 
206 aa  332  2e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.596382 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0602  ribosomal protein L3  68.93 
 
 
205 aa  305  3e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0197  50S ribosomal protein L3  65.71 
 
 
210 aa  295  3e-79  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.555383 
 
 
-
 
NC_002950  PG1938  50S ribosomal protein L3  65.53 
 
 
205 aa  291  7e-78  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05715  50S ribosomal protein L3  65.05 
 
 
205 aa  289  2e-77  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.499117  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0397  50S ribosomal protein L3  65.53 
 
 
205 aa  286  2e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1147  50S ribosomal protein L3  61.17 
 
 
205 aa  274  6e-73  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  5.30687e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0842  ribosomal protein L3  57.49 
 
 
210 aa  256  2e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1615  ribosomal protein L3  57.28 
 
 
205 aa  251  4e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0180  50S ribosomal protein L3  54.85 
 
 
209 aa  237  1e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00021825  normal  0.996112 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2064  50S ribosomal protein L3  54.85 
 
 
209 aa  232  2e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  7.17701e-06  normal  0.401636 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2229  50S ribosomal protein L3  55.34 
 
 
209 aa  233  2e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  7.90762e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0289  50S ribosomal protein L3  55.83 
 
 
209 aa  232  3e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2423  50S ribosomal protein L3  53.4 
 
 
209 aa  232  3e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00498434  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2296  50S ribosomal protein L3  56.31 
 
 
209 aa  229  2e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00600066  hitchhiker  0.00331239 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1851  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 
209 aa  218  7e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.132189  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
210 aa  217  1e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  48.79 
 
 
210 aa  212  2e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  7.29954e-06 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  47.57 
 
 
218 aa  212  3e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
212 aa  211  5e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
210 aa  207  8e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  47.06 
 
 
216 aa  207  1e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  45.15 
 
 
217 aa  203  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23810  LSU ribosomal protein L3P  48.29 
 
 
226 aa  201  4e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  45.63 
 
 
222 aa  202  4e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  45.1 
 
 
219 aa  199  3e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1836  50S ribosomal protein L3  48.28 
 
 
217 aa  199  3e-50  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00718997  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17160  50S ribosomal protein L3  46.83 
 
 
216 aa  198  5e-50  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  48.54 
 
 
212 aa  197  1e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6614  ribosomal protein L3  44.17 
 
 
216 aa  196  2e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  43.33 
 
 
218 aa  194  6e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3905  50S ribosomal protein L3  45.63 
 
 
223 aa  194  6e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2975  50S ribosomal protein L3  45.37 
 
 
216 aa  193  1e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.454423  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1907  50S ribosomal protein L3  49.26 
 
 
208 aa  192  2e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  3.2853e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29740  LSU ribosomal protein L3P  46.83 
 
 
219 aa  192  2e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.378005 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2646  50S ribosomal protein L3  44.66 
 
 
216 aa  192  3e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  43.2 
 
 
215 aa  192  3e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  45.63 
 
 
213 aa  192  3e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0058  50S ribosomal protein L3  49.26 
 
 
208 aa  192  3e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00491271  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20870  LSU ribosomal protein L3P  43.9 
 
 
219 aa  191  4e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.235842  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3143  ribosomal protein L3  45.15 
 
 
220 aa  192  4e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0896196  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  50.25 
 
 
210 aa  191  5e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  9.81122e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  45.85 
 
 
210 aa  191  6e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.81863e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2687  50S ribosomal protein L3  44.66 
 
 
216 aa  191  8e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.740328 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
209 aa  190  1e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  49.01 
 
 
211 aa  190  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.94381e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1123  ribosomal protein L3  43.2 
 
 
220 aa  190  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  46.34 
 
 
209 aa  189  2e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  2.70125e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1555  ribosomal protein L3  45.41 
 
 
210 aa  188  5e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00791107  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6049  50S ribosomal protein L3  43.63 
 
 
236 aa  188  6e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.185718  normal  0.220559 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10715  50S ribosomal protein L3  42.03 
 
 
217 aa  187  8e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.249834 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0627  ribosomal protein L3  45.15 
 
 
217 aa  187  8e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0688  ribosomal protein L3  43.14 
 
 
219 aa  187  1e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.409644 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
210 aa  186  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  7.29631e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  41.75 
 
 
218 aa  186  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  48.79 
 
 
209 aa  186  2e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5049  50S ribosomal protein L3  41.83 
 
 
218 aa  186  2e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.399218 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  48.29 
 
 
211 aa  186  2e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  3.99657e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  45 
 
 
206 aa  185  3e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  2.66904e-09  hitchhiker  5.67921e-07 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4315  50S ribosomal protein L3  43.2 
 
 
219 aa  185  3e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00341518 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3923  50S ribosomal protein L3  43.2 
 
 
219 aa  186  3e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0708  50S ribosomal protein L3  47.6 
 
 
208 aa  185  4e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00455924  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5124  50S ribosomal protein L3  42.23 
 
 
216 aa  184  8e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1340  50S ribosomal protein L3  45.96 
 
 
205 aa  184  8e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0291  50S ribosomal protein L3  46.34 
 
 
226 aa  184  9e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0279726  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0141  50S ribosomal protein L3  48.04 
 
 
210 aa  183  1e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  5.51418e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0131  50S ribosomal protein L3  48.04 
 
 
210 aa  183  1e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.41135e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0111  50S ribosomal protein L3  48.53 
 
 
211 aa  184  1e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.51121e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0122  50S ribosomal protein L3  48.04 
 
 
210 aa  183  1e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.05997e-61 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4507  50S ribosomal protein L3  44.83 
 
 
221 aa  184  1e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.787031  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0110  50S ribosomal protein L3  48.04 
 
 
210 aa  183  1e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  5.28056e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0110  50S ribosomal protein L3  48.04 
 
 
210 aa  183  1e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  2.46604e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0110  50S ribosomal protein L3  48.04 
 
 
210 aa  183  1e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  9.86131e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0106  50S ribosomal protein L3  48.04 
 
 
210 aa  183  1e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.67077e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0104  50S ribosomal protein L3  48.04 
 
 
210 aa  183  1e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  1.68091e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2659  50S ribosomal protein L3  45.15 
 
 
219 aa  183  1e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0587  ribosomal protein L3  42.23 
 
 
219 aa  183  2e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.295272  normal  0.46094 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0715  ribosomal protein L3  48.79 
 
 
204 aa  182  4e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5195  50S ribosomal protein L3  47.55 
 
 
210 aa  181  5e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  8.42867e-10  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0105  50S ribosomal protein L3  47.55 
 
 
210 aa  181  5e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  7.75669e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1707  50S ribosomal protein L3  44.06 
 
 
213 aa  181  6e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00287886  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0582  50S ribosomal protein L3  43.63 
 
 
235 aa  181  9e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1013  50S ribosomal protein L3  40.1 
 
 
217 aa  180  1e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1030  50S ribosomal protein L3  40.1 
 
 
217 aa  180  1e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1185  50S ribosomal protein L3  44.66 
 
 
220 aa  180  1e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.108943 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0691  50S ribosomal protein L3  45.81 
 
 
211 aa  180  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00208666  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1040  50S ribosomal protein L3  40.1 
 
 
217 aa  180  1e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  44.61 
 
 
207 aa  180  2e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2857  50S ribosomal protein L3  43.63 
 
 
210 aa  179  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  45.85 
 
 
214 aa  179  3e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  6.58885e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0107  50S ribosomal protein L3  48.51 
 
 
213 aa  179  3e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2619  50S ribosomal protein L3  45.63 
 
 
214 aa  177  7e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0132285  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0474  50S ribosomal protein L3  44.6 
 
 
205 aa  177  7e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00148542  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_417  ribosomal protein L3  44.6 
 
 
205 aa  177  8e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  3.6263e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2257  50S ribosomal protein L3  45.37 
 
 
209 aa  177  8e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  1.17498e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1226  50S ribosomal protein L3  46.73 
 
 
244 aa  177  9e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0600156  unclonable  9.85108e-06 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2774  ribosomal protein L3  45.37 
 
 
210 aa  176  1e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.039291  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0451  50S ribosomal protein L3  44.6 
 
 
205 aa  177  1e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000154888  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>