More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4321 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4321  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 		 257 aa  535  1e-151  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000245663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0705  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  58.06 
 
 		 247 aa  290  2e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681902  normal  0.688441 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0006  shikimate dehydrogenase  53.78 
 
 		 246 aa  280  2e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.171843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1671  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  52.59 
 
 		 244 aa  258  4e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  50.6 
 
 		 244 aa  255  6e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.434063  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4157  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  46.61 
 
 		 247 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000985519 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2589  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  47.76 
 
 		 249 aa  226  3e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.62342  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  44.53 
 
 		 244 aa  224  1e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0978  shikimate 5-dehydrogenase  44.27 
 
 		 249 aa  194  1e-48  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2525  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  41.7 
 
 		 256 aa  163  3e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.721385  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  39.39 
 
 		 271 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  35.88 
 
 		 278 aa  142  4e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 		 279 aa  138  7e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  34.34 
 
 		 288 aa  137  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.53 
 
 		 284 aa  138  1e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  34.22 
 
 		 280 aa  135  5e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  37 
 
 		 271 aa  132  7.999999999999999e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  34.57 
 
 		 286 aa  129  3e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 277 aa  128  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  34.42 
 
 		 289 aa  128  8.000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 280 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  35.9 
 
 		 271 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  31.9 
 
 		 298 aa  126  3e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  32.34 
 
 		 286 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 286 aa  124  1e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 284 aa  124  1e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  35.32 
 
 		 279 aa  123  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 290 aa  123  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 277 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 273 aa  123  4e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 277 aa  122  8e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 277 aa  122  8e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  34.35 
 
 		 273 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  32.6 
 
 		 291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  35.46 
 
 		 296 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 		 279 aa  118  7e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  32.34 
 
 		 286 aa  115  5e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  30.68 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 297 aa  112  5e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  32.84 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 276 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 289 aa  109  5e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  30.91 
 
 		 286 aa  109  5e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 		 286 aa  107  1e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  30.53 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.23 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 293 aa  106  3e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  30.97 
 
 		 285 aa  105  5e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  30.48 
 
 		 301 aa  105  6e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 		 269 aa  105  7e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  30.88 
 
 		 288 aa  105  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  30.29 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 289 aa  105  8e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0660  shikimate kinase  34.98 
 
 		 436 aa  104  1e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.737166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  29.41 
 
 		 283 aa  103  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  31.87 
 
 		 295 aa  103  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  30.88 
 
 		 287 aa  102  4e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  27.04 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  29.89 
 
 		 283 aa  102  5e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  29.17 
 
 		 293 aa  102  7e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 298 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  31.45 
 
 		 298 aa  101  9e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 283 aa  101  9e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  27.44 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  32.73 
 
 		 275 aa  100  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  31.11 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  36.29 
 
 		 271 aa  100  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  31.07 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0492  shikimate 5-dehydrogenase  31.4 
 
 		 261 aa  100  3e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  30.43 
 
 		 315 aa  99  6e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  28.21 
 
 		 280 aa  98.6  9e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0805  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  31.2 
 
 		 269 aa  98.2  1e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.108748  normal  0.164141 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  32.32 
 
 		 289 aa  98.2  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  29 
 
 		 287 aa  97.4  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  28.99 
 
 		 311 aa  97.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  32.12 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  29.71 
 
 		 311 aa  97.1  3e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  29.23 
 
 		 292 aa  96.7  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  29.63 
 
 		 286 aa  96.7  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.12 
 
 		 268 aa  95.9  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.12 
 
 		 268 aa  95.9  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 292 aa  95.5  7e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  30.85 
 
 		 283 aa  95.5  8e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  30.4 
 
 		 289 aa  95.5  8e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  29.93 
 
 		 278 aa  95.1  9e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 		 296 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 289 aa  94  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 288 aa  93.6  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 288 aa  93.6  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>