More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4301 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
286 aa  597  1e-170  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0508  transcriptional regulator, AraC family  54.79 
 
 
295 aa  313  1.9999999999999998e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.3342  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  42.38 
 
 
291 aa  251  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  40.85 
 
 
290 aa  239  2.9999999999999997e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5736  transcriptional regulator, AraC family  36.26 
 
 
302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.458087  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 
289 aa  209  3e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  39.35 
 
 
291 aa  207  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2939  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.27 
 
 
289 aa  202  4e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0806864  normal  0.433201 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  34.27 
 
 
288 aa  193  3e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.8 
 
 
290 aa  192  5e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2701  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.45 
 
 
292 aa  191  8e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.485012  normal  0.370839 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4043  transcriptional regulator, AraC family  32.17 
 
 
303 aa  189  4e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 
291 aa  187  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  33.08 
 
 
339 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.85 
 
 
289 aa  177  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  35.83 
 
 
303 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  32.31 
 
 
325 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  35.04 
 
 
290 aa  175  8e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5280  transcriptional regulator, AraC family  34.63 
 
 
280 aa  174  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1667  transcriptional regulator, AraC family  32.34 
 
 
281 aa  174  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  31.72 
 
 
288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0731  AraC family transcriptional regulator  31.92 
 
 
328 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.617247  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.98 
 
 
290 aa  167  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2310  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.42 
 
 
299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.120361  normal  0.040249 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  31.92 
 
 
329 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  31.92 
 
 
329 aa  165  9e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  31.92 
 
 
329 aa  165  9e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  31.92 
 
 
321 aa  164  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4283  transcriptional regulator, AraC family  30.42 
 
 
290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  31.92 
 
 
329 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 
322 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 
319 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 
319 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 
319 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 
298 aa  162  6e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 
319 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 
319 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 
329 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 
329 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 
329 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 
329 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5587  transcriptional regulator, AraC family  30.66 
 
 
291 aa  157  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.425806  normal  0.825086 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  30.92 
 
 
292 aa  158  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  31.42 
 
 
319 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  32.82 
 
 
301 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  32.51 
 
 
303 aa  155  6e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  30.27 
 
 
332 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  30.27 
 
 
332 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  30.27 
 
 
332 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  30.27 
 
 
318 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  30.27 
 
 
339 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  30.27 
 
 
350 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  30.27 
 
 
350 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 
311 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  30.27 
 
 
330 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 
312 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 
312 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 
312 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3586  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.82 
 
 
294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.700608 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  29.34 
 
 
294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  32.81 
 
 
298 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  31.4 
 
 
324 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 
289 aa  149  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20280  transcriptional regulator, AraC family  34.24 
 
 
309 aa  149  7e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0229385  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 
324 aa  148  8e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4811  helix-turn-helix, AraC type  30.15 
 
 
315 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0365  transcriptional regulator, AraC family  29.01 
 
 
299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 
324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4378  transcriptional regulator, AraC family  32.68 
 
 
281 aa  147  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0103943  hitchhiker  0.00146244 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  31.06 
 
 
324 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  30.25 
 
 
311 aa  146  5e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 
301 aa  145  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  29.12 
 
 
297 aa  146  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  31.89 
 
 
310 aa  143  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2711  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.84 
 
 
319 aa  142  4e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  28.79 
 
 
301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2193  AraC family transcriptional regulator  29.21 
 
 
323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00215033 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  30.26 
 
 
326 aa  140  3e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4594  transcriptional regulator, AraC family  27.97 
 
 
294 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571926  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  32.03 
 
 
287 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  28.4 
 
 
307 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0345  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 
296 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6320  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 
294 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.636258  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 
315 aa  136  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  31.25 
 
 
301 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  29.96 
 
 
299 aa  136  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0862  transcriptional regulator, AraC family  29.35 
 
 
318 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000330517  normal  0.0669751 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
301 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0251  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 
309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3229  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 
326 aa  133  3.9999999999999996e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.382079  normal  0.686696 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0787  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 
324 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0185188  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0666  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 
322 aa  129  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00660506  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1743  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 
324 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0505  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 
324 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.66204  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1627  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 
324 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0192166  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1835  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 
324 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00187488  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2466  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 
324 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000149064  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6330  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 
318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.361086 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 
301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>