292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4173 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_4973  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  62.57 
 
 
699 aa  863    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000476148 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4173  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  100 
 
 
721 aa  1464    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000359793  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3474  thiol:disulfide interchange protein  54.49 
 
 
558 aa  563  1.0000000000000001e-159  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.149531  normal  0.120308 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7115  Protein-disulfide reductase  41.76 
 
 
658 aa  537  1e-151  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2139  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  43.79 
 
 
695 aa  523  1e-147  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2013  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  41.94 
 
 
666 aa  515  1e-144  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1546  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  41.51 
 
 
673 aa  498  1e-139  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.632916  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1704  thiol:disulfide interchange protein dsbD, putative  41.2 
 
 
682 aa  478  1e-133  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.286832 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2255  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  50.52 
 
 
565 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1610  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  50.31 
 
 
567 aa  452  1e-125  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.073861  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7029  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.16 
 
 
658 aa  406  1.0000000000000001e-112  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09878  putative exported cytochrome C biogenesis-related protein  37.38 
 
 
663 aa  405  1e-111  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0715161  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0603  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.95 
 
 
672 aa  380  1e-104  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.827983  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0535  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.68 
 
 
948 aa  296  1e-78  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0285  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.56 
 
 
789 aa  126  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.352123  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3475  hypothetical protein  41.61 
 
 
225 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.172021  normal  0.106248 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0669  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.17 
 
 
810 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0696  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.33 
 
 
610 aa  114  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.56 
 
 
619 aa  109  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.06 
 
 
613 aa  109  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.78 
 
 
619 aa  109  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.06 
 
 
613 aa  108  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0237355 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0546  thiol:disulfide interchange protein precursor  23.67 
 
 
613 aa  108  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0488882  normal  0.137935 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002212  cytochrome c-type biogenesis protein DsbD protein-disulfide reductase  26.95 
 
 
603 aa  107  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.16 
 
 
619 aa  108  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.17 
 
 
619 aa  107  8e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03921  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.43 
 
 
631 aa  106  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0084  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.54 
 
 
592 aa  104  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0145  cytochrome C biogenesis protein transmembrane region  27.12 
 
 
570 aa  103  1e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1778  protein-disulfide reductase  27.07 
 
 
629 aa  103  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2683  protein-disulfide reductase  26.1 
 
 
654 aa  102  3e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0372  Protein-disulfide reductase  26.49 
 
 
750 aa  102  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.754802  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0583  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.89 
 
 
610 aa  102  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1568  protein-disulfide reductase  25.68 
 
 
622 aa  101  5e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.314287  normal  0.0195641 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1683  thiol:disulfide interchange protein DsbD  26.91 
 
 
624 aa  101  5e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.424941  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4015  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.54 
 
 
611 aa  100  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000287322 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2056  divalent cation transporter  27.49 
 
 
575 aa  99.4  2e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000288452  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4158  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.3 
 
 
609 aa  99  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0953  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.7 
 
 
608 aa  98.6  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447642  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  23.44 
 
 
604 aa  97.1  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2274  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.49 
 
 
600 aa  96.3  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0701  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  23.85 
 
 
616 aa  96.3  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0529075  hitchhiker  0.000000140832 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3666  thiol:disulfide interchange protein precursor  23.99 
 
 
628 aa  96.3  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.162085  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0545  thiol:disulfide interchange protein DsbD  23.85 
 
 
616 aa  96.3  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.221768  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0538  thiol:disulfide interchange protein precursor  23.94 
 
 
607 aa  96.7  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.126162  decreased coverage  0.00471183 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2010  protein-disulfide reductase  23.82 
 
 
649 aa  95.9  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231364 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3266  thiol:disulfide interchange protein precursor  23.45 
 
 
602 aa  95.5  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00603996 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2382  Protein-disulfide reductase  24.69 
 
 
581 aa  94.4  7e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  7.870920000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00156  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.18 
 
 
592 aa  94.4  7e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0898  protein-disulfide reductase  23.88 
 
 
589 aa  94  9e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0416  thiol:disulfide interchange protein precursor  23.52 
 
 
624 aa  93.6  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136243  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4167  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  25.65 
 
 
586 aa  93.2  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4244  protein-disulfide reductase  27.18 
 
 
600 aa  92.8  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0281  thiol:disulfide interchange protein  24.03 
 
 
630 aa  92.8  2e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0906  thiol:disulfide interchange protein DsbD  25.83 
 
 
563 aa  92.4  3e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.664459  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1055  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.28 
 
 
626 aa  92  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000114598  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1087  thiol:disulfide interchange protein DsbD  23.41 
 
 
582 aa  91.3  5e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524195  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2773  Protein-disulfide reductase  28.08 
 
 
632 aa  91.3  6e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0520  protein-disulfide reductase  30.24 
 
 
610 aa  91.3  6e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00644414  normal  0.263509 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0980  thiol:disulfide interchange protein DsbD (protein-disulfide reductase) (disulfide reductase)  24.88 
 
 
574 aa  91.3  6e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0446  protein-disulfide reductase  24.76 
 
 
731 aa  90.9  7e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4360  thiol:disulfide interchange protein  24.4 
 
 
603 aa  90.9  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0322676  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4684  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.57 
 
 
567 aa  90.1  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4593  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.57 
 
 
567 aa  90.1  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.610696 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0741  hypothetical protein  25.06 
 
 
586 aa  89.4  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4741  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.57 
 
 
567 aa  89.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4719  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.57 
 
 
567 aa  89.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0129572  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3615  Protein-disulfide reductase  22.84 
 
 
626 aa  89.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0573017  hitchhiker  0.0000000193428 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02847  hypothetical protein  24.77 
 
 
703 aa  89.7  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4601  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.57 
 
 
567 aa  89.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.506654  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0472  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.37 
 
 
605 aa  89  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.566049  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3415  disulfide reductase  27.3 
 
 
623 aa  87.8  6e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.189847 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2329  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  24.7 
 
 
606 aa  87.4  8e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0733929  normal  0.104839 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0722  hypothetical protein  24.03 
 
 
586 aa  87.4  9e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1312  Protein-disulfide reductase  26.94 
 
 
625 aa  87  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0091784  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2990  thiol:disulfide interchange transmembrane protein  22.01 
 
 
608 aa  86.7  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1357  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  25.73 
 
 
612 aa  86.3  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.669889  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3288  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  24.14 
 
 
624 aa  86.3  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2811  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.58 
 
 
624 aa  85.9  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0636  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.51 
 
 
466 aa  85.5  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.619274 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0897  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  23.8 
 
 
745 aa  85.1  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.588085 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3681  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.46 
 
 
595 aa  84.3  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.576987  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3828  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.46 
 
 
595 aa  84.3  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.368823  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0728  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.46 
 
 
595 aa  84.3  0.000000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2810  protein-disulfide reductase  26.13 
 
 
618 aa  84.3  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.126387  normal  0.451155 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0712  thiol:disulfide interchange protein precursor  32.02 
 
 
570 aa  84.3  0.000000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.642209  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4907  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  24.87 
 
 
602 aa  83.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.955907 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2980  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  24.84 
 
 
611 aa  83.2  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702235  normal  0.0981242 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0123  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  24.81 
 
 
591 aa  82.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0310589 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2790  thiol:disulfide interchange protein DsbD  24.87 
 
 
589 aa  82.4  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003038  membrane protein suppressor for copper-sensitivity ScsB  25.85 
 
 
703 aa  82.4  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3506  protein-disulfide reductase  23.98 
 
 
642 aa  80.5  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2256  hypothetical protein  36.36 
 
 
148 aa  80.5  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.910096  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1355  Thioredoxin domain protein  23.98 
 
 
577 aa  80.1  0.0000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4142  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25 
 
 
581 aa  79.3  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2592  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  25 
 
 
654 aa  79.3  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3779  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  24.47 
 
 
709 aa  79  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0403  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.81 
 
 
561 aa  79  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.471471  hitchhiker  0.00764608 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4055  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  24.47 
 
 
709 aa  79  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2394  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  24.14 
 
 
612 aa  78.6  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000654714  hitchhiker  0.0000354348 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>