61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4057 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4057  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 193 aa  389  1e-107  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000796256  hitchhiker  0.000000255237 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  60.47 
 
 		 178 aa  193  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00127684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1428  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.06 
 
 		 197 aa  143  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.770563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4088  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.42 
 
 		 179 aa  123  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1003  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.2 
 
 		 176 aa  121  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0491  hypothetical protein  41.71 
 
 		 184 aa  117  9e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.46585  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2764  hypothetical protein  35.06 
 
 		 175 aa  100  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.720369  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2016  hypothetical protein  41.1 
 
 		 175 aa  100  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2763  hypothetical protein  35.06 
 
 		 174 aa  98.6  5e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.861823  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3099  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.53 
 
 		 169 aa  95.9  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.422914  normal  0.197974 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0731  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.95 
 
 		 174 aa  82.4  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1961  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.19 
 
 		 174 aa  77  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00643734  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0572  hypothetical protein  27.22 
 
 		 188 aa  76.3  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.316463 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0590  hypothetical protein  27.06 
 
 		 188 aa  75.5  0.0000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.583994  normal  0.972517 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.05 
 
 		 174 aa  74.7  0.0000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.946686  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1586  hypothetical protein  29.17 
 
 		 174 aa  72  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.345573  normal  0.0169562 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0635  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.75 
 
 		 182 aa  67.4  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0589  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.78 
 
 		 177 aa  60.5  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.768385  normal  0.646896 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0551  hypothetical protein  28.93 
 
 		 179 aa  60.8  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0634  hypothetical protein  35.96 
 
 		 177 aa  58.9  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4648  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.91 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.030471  normal  0.671776 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0730  hypothetical protein  32.95 
 
 		 177 aa  57  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1587  hypothetical protein  31.82 
 
 		 177 aa  57  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0166263 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0571  hypothetical protein  35.63 
 
 		 177 aa  56.2  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.487342 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1962  hypothetical protein  34.83 
 
 		 177 aa  56.2  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0548542  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0550  hypothetical protein  34.67 
 
 		 177 aa  53.5  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0604  hypothetical protein  34.83 
 
 		 177 aa  52  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1719  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.88 
 
 		 184 aa  48.5  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00014535  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.51 
 
 		 141 aa  47.8  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0492  hypothetical protein  40.74 
 
 		 208 aa  46.6  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.717698  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.91 
 
 		 137 aa  47  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5088  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.94 
 
 		 208 aa  46.2  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00337979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2017  hypothetical protein  40.38 
 
 		 201 aa  45.8  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.991999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.3 
 
 		 205 aa  45.4  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.44 
 
 		 133 aa  44.3  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1427  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.73 
 
 		 218 aa  43.9  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4056  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.44 
 
 		 204 aa  43.5  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.022799  hitchhiker  0.00000194913 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.09 
 
 		 134 aa  43.5  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.09 
 
 		 134 aa  43.5  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.66 
 
 		 135 aa  43.1  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1977  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.79 
 
 		 128 aa  43.5  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.727297  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  40.48 
 
 		 143 aa  43.1  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  33.33 
 
 		 134 aa  42.7  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02760  hypothetical protein  28.95 
 
 		 204 aa  43.1  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 134 aa  42.7  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 134 aa  42.7  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 134 aa  42.7  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34 
 
 		 140 aa  42.7  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 134 aa  42.7  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 134 aa  42.7  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 134 aa  42.7  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 134 aa  42.7  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 134 aa  42.7  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 134 aa  42.7  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 134 aa  42.7  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.49 
 
 		 141 aa  42.4  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.61 
 
 		 134 aa  42.4  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  33.33 
 
 		 132 aa  42.4  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0453  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.49 
 
 		 134 aa  41.6  0.007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00775346  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  41.86 
 
 		 136 aa  41.6  0.007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.07 
 
 		 142 aa  41.2  0.009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>