35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4056 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4056  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
204 aa  416  9.999999999999999e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.022799  hitchhiker  0.00000194913 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5088  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  62.5 
 
 
208 aa  263  2e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00337979  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0492  hypothetical protein  42.86 
 
 
208 aa  162  4.0000000000000004e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.717698  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.38 
 
 
205 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1303  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.38 
 
 
211 aa  141  5e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1427  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37 
 
 
218 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2017  hypothetical protein  36.32 
 
 
201 aa  124  7e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.991999  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0634  hypothetical protein  31.86 
 
 
177 aa  88.6  5e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0589  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.53 
 
 
177 aa  85.1  6e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.768385  normal  0.646896 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0571  hypothetical protein  31.31 
 
 
177 aa  84.7  7e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.487342 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0730  hypothetical protein  28.92 
 
 
177 aa  79.7  0.00000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0604  hypothetical protein  30.3 
 
 
177 aa  77.8  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1587  hypothetical protein  28.92 
 
 
177 aa  76.6  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0166263 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1962  hypothetical protein  26.96 
 
 
177 aa  76.6  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0548542  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1961  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.04 
 
 
174 aa  68.6  0.00000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00643734  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0572  hypothetical protein  40.23 
 
 
188 aa  66.6  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.316463 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0590  hypothetical protein  40.23 
 
 
188 aa  66.2  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.583994  normal  0.972517 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0550  hypothetical protein  22.8 
 
 
177 aa  63.9  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.58 
 
 
174 aa  62.8  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.946686  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0635  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 
182 aa  59.7  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0731  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.29 
 
 
174 aa  57  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1586  hypothetical protein  40 
 
 
174 aa  55.1  0.0000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.345573  normal  0.0169562 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0551  hypothetical protein  33.33 
 
 
179 aa  50.1  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  54.29 
 
 
136 aa  47  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0491  hypothetical protein  28.95 
 
 
184 aa  45.4  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.46585  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.56 
 
 
141 aa  45.4  0.0006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  34.85 
 
 
135 aa  44.7  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.1 
 
 
133 aa  43.5  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.67 
 
 
140 aa  43.9  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
134 aa  43.5  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5124  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.63 
 
 
141 aa  43.9  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3099  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.81 
 
 
169 aa  43.1  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.422914  normal  0.197974 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  26.02 
 
 
139 aa  42.4  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
140 aa  41.6  0.008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.31 
 
 
178 aa  41.2  0.01  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00127684  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>