More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3928 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3928  integrase family protein  100 
 
 		 290 aa  596  1e-169  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0098  integrase family protein  54.14 
 
 		 298 aa  324  1e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3398  integrase  51.54 
 
 		 293 aa  322  6e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.292469  normal  0.438437 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0142  integrase family protein  50.34 
 
 		 292 aa  299  4e-80  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  49.31 
 
 		 294 aa  282  5.000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1698  integrase family protein  45.03 
 
 		 314 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  41.58 
 
 		 297 aa  228  8e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0564  tyrosine recombinase XerC subunit  39.02 
 
 		 328 aa  223  3e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0517  integrase family protein  37.58 
 
 		 335 aa  214  9.999999999999999e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00070  putative site-specific recombinase  36.77 
 
 		 295 aa  212  4.9999999999999996e-54  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  38.93 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0688  integrase family protein  38.17 
 
 		 336 aa  210  3e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1624  phage/XerD family site-specific recombinase  36.19 
 
 		 341 aa  209  3e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.389199 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0582  integrase family protein  34.94 
 
 		 330 aa  207  1e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.132855 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0611  integrase family protein  36.25 
 
 		 337 aa  203  3e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  38.11 
 
 		 293 aa  199  6e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  37.76 
 
 		 293 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  38.91 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  36.71 
 
 		 338 aa  194  1e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  37.07 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2194  integrase family protein  35.71 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0386  phage integrase family site specific recombinase  36.77 
 
 		 400 aa  192  4e-48  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  37.46 
 
 		 290 aa  192  8e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  36.99 
 
 		 295 aa  191  8e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0989  integrase family protein  36.82 
 
 		 292 aa  191  2e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0618431 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  38.36 
 
 		 294 aa  191  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  36.55 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  35.79 
 
 		 295 aa  189  5e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  36.73 
 
 		 313 aa  189  5e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  35.79 
 
 		 295 aa  189  5e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  34.54 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  36.91 
 
 		 342 aa  188  7e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  37.24 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  40.14 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  40.14 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  35.71 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  37.67 
 
 		 343 aa  186  4e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  37.33 
 
 		 343 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  36.68 
 
 		 294 aa  185  6e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  36.9 
 
 		 307 aa  185  9e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  35.14 
 
 		 295 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  35.52 
 
 		 291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  37.29 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  33.67 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  34.01 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  36.81 
 
 		 296 aa  183  4.0000000000000006e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  34.13 
 
 		 294 aa  182  6e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  36.18 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  35.67 
 
 		 317 aa  181  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23640  tyrosine recombinase XerC subunit  34.68 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.154193  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  35.86 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.58 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.25 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  34.59 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09860  tyrosine recombinase XerC subunit  32.39 
 
 		 329 aa  180  2.9999999999999997e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4135  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.15 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  34.59 
 
 		 309 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2210  integrase family protein  35.15 
 
 		 295 aa  179  4.999999999999999e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000241024 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  34.01 
 
 		 324 aa  179  5.999999999999999e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1990  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.2 
 
 		 300 aa  178  7e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2036  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.2 
 
 		 300 aa  178  7e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0541579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  35.76 
 
 		 305 aa  178  7e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  31.53 
 
 		 296 aa  177  1e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  35.93 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  32.89 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.92 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1970  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.67 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.81 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.45 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.03 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.18 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.03 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.03 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.03 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  33.76 
 
 		 317 aa  176  4e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.03 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  35.05 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  35.71 
 
 		 300 aa  176  6e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  35.22 
 
 		 297 aa  176  6e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.24 
 
 		 303 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  35.57 
 
 		 292 aa  175  7e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  36.27 
 
 		 292 aa  175  8e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1383  integrase family protein  34.01 
 
 		 299 aa  175  8e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00162011  normal  0.640047 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  37.54 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.03 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  35.03 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  35.03 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.03 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.03 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.03 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  32.54 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.03 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  34.01 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  34.88 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  34.48 
 
 		 310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.03 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.81 
 
 		 298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  36.05 
 
 		 303 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.58 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.58 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>