More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3886 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3886  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
365 aa  741    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127784  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  61.2 
 
 
368 aa  443  1e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  45.96 
 
 
373 aa  337  1.9999999999999998e-91  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  47.08 
 
 
367 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  43.45 
 
 
359 aa  327  2.0000000000000001e-88  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  45.13 
 
 
359 aa  324  1e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  45 
 
 
370 aa  315  7e-85  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  45.71 
 
 
377 aa  312  6.999999999999999e-84  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  42.65 
 
 
360 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  40.66 
 
 
364 aa  262  4.999999999999999e-69  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  34.93 
 
 
387 aa  217  2e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  35.28 
 
 
366 aa  198  1.0000000000000001e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  33.53 
 
 
372 aa  191  1e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  34.67 
 
 
369 aa  188  1e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.48 
 
 
363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.92 
 
 
360 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  32.08 
 
 
375 aa  184  3e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  32.08 
 
 
375 aa  184  3e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  32.08 
 
 
375 aa  184  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  32.08 
 
 
375 aa  184  3e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  32.08 
 
 
375 aa  184  3e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  31.7 
 
 
375 aa  183  5.0000000000000004e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  32.29 
 
 
374 aa  182  7e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.95 
 
 
373 aa  182  9.000000000000001e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  31.79 
 
 
375 aa  182  1e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  31.79 
 
 
375 aa  182  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  31.79 
 
 
375 aa  182  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  31.79 
 
 
375 aa  182  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  32.08 
 
 
373 aa  181  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  33.52 
 
 
369 aa  180  2.9999999999999997e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  34.78 
 
 
370 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  31.62 
 
 
375 aa  179  7e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.29 
 
 
370 aa  176  5e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  32.73 
 
 
359 aa  176  7e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  31.37 
 
 
368 aa  176  8e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.09 
 
 
365 aa  172  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  33.14 
 
 
371 aa  170  4e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  31.7 
 
 
374 aa  169  6e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  31.93 
 
 
370 aa  165  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  30.77 
 
 
370 aa  164  3e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  30.77 
 
 
370 aa  164  3e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  30.59 
 
 
371 aa  163  5.0000000000000005e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.54 
 
 
376 aa  160  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  28.4 
 
 
369 aa  160  4e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  30.84 
 
 
374 aa  159  5e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.18 
 
 
369 aa  159  7e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  31.88 
 
 
364 aa  158  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  29.91 
 
 
361 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  29.91 
 
 
361 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.17 
 
 
364 aa  156  6e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0003  RecF protein  29.44 
 
 
364 aa  154  2e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.056932  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.6 
 
 
363 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.02 
 
 
359 aa  153  4e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  27.75 
 
 
362 aa  153  4e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.17 
 
 
386 aa  153  5e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.46 
 
 
372 aa  152  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  30.66 
 
 
365 aa  150  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  30.47 
 
 
365 aa  149  6e-35  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  29.86 
 
 
365 aa  149  7e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.89 
 
 
365 aa  149  8e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.28 
 
 
380 aa  149  9e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  28.49 
 
 
371 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2450  DNA replication and repair protein RecF  31.93 
 
 
366 aa  148  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.14 
 
 
371 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.08 
 
 
378 aa  147  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.95 
 
 
377 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0940  DNA replication and repair protein RecF  31.32 
 
 
355 aa  146  7.0000000000000006e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  29.05 
 
 
392 aa  145  8.000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  29.89 
 
 
374 aa  145  8.000000000000001e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  28.03 
 
 
371 aa  145  8.000000000000001e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  27.17 
 
 
390 aa  144  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  29.33 
 
 
377 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.17 
 
 
382 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.49 
 
 
369 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.22 
 
 
353 aa  136  7.000000000000001e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000383314  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  33.23 
 
 
363 aa  135  9e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.19 
 
 
360 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.8 
 
 
372 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  29.02 
 
 
364 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.65 
 
 
358 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  26.44 
 
 
378 aa  134  3e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.88 
 
 
372 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  27.45 
 
 
371 aa  130  3e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.15 
 
 
420 aa  130  4.0000000000000003e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000011529  hitchhiker  0.000000444236 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.85 
 
 
372 aa  130  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  30.84 
 
 
387 aa  129  8.000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.75 
 
 
398 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  26.99 
 
 
414 aa  127  3e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.06 
 
 
362 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.25 
 
 
381 aa  127  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  30.11 
 
 
384 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.35 
 
 
374 aa  126  7e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  25.93 
 
 
402 aa  126  8.000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  29.31 
 
 
360 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  27.37 
 
 
386 aa  125  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16931  recombination protein F  31.37 
 
 
352 aa  124  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.919518  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  26.32 
 
 
401 aa  124  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.88 
 
 
397 aa  124  3e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  30.26 
 
 
380 aa  123  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  30.26 
 
 
380 aa  123  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.633638 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>