More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3788 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  48.22 
 
 
765 aa  689    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  73.26 
 
 
764 aa  1163    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  57.85 
 
 
757 aa  888    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  56.81 
 
 
769 aa  866    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  49.87 
 
 
789 aa  734    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  50.83 
 
 
778 aa  751    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  100 
 
 
755 aa  1554    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  62.82 
 
 
749 aa  965    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  52.79 
 
 
783 aa  778    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  51.54 
 
 
773 aa  764    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  46.07 
 
 
768 aa  631  1e-179  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0547  UvrD/REP helicase  41.22 
 
 
741 aa  557  1e-157  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.58 
 
 
751 aa  556  1e-157  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.98 
 
 
751 aa  558  1e-157  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  41.17 
 
 
735 aa  555  1e-156  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0674  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.97 
 
 
734 aa  551  1e-155  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.38 
 
 
785 aa  548  1e-154  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0453  DNA helicase II  41.11 
 
 
735 aa  548  1e-154  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.723252  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1682  UvrD/REP helicase  41.18 
 
 
743 aa  543  1e-153  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41 
 
 
755 aa  543  1e-153  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.31 
 
 
729 aa  539  9.999999999999999e-153  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.2 
 
 
786 aa  539  9.999999999999999e-153  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  41.37 
 
 
736 aa  537  1e-151  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1415  DNA helicase II  41.01 
 
 
743 aa  538  1e-151  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  41.5 
 
 
757 aa  536  1e-151  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.38 
 
 
747 aa  534  1e-150  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2219  UvrD/REP helicase  41.16 
 
 
739 aa  535  1e-150  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.06 
 
 
737 aa  535  1e-150  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.33 
 
 
751 aa  531  1e-149  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.33 
 
 
751 aa  532  1e-149  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  41.39 
 
 
753 aa  531  1e-149  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  41.39 
 
 
751 aa  530  1e-149  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.41 
 
 
732 aa  530  1e-149  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.33 
 
 
747 aa  532  1e-149  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.07 
 
 
753 aa  528  1e-148  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.26 
 
 
751 aa  528  1e-148  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  40.26 
 
 
744 aa  526  1e-148  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.59 
 
 
741 aa  528  1e-148  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04890  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.68 
 
 
817 aa  526  1e-148  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.53 
 
 
729 aa  523  1e-147  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.6 
 
 
742 aa  525  1e-147  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.85 
 
 
753 aa  524  1e-147  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.17 
 
 
730 aa  525  1e-147  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  41.03 
 
 
772 aa  522  1e-147  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  40.24 
 
 
739 aa  521  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.57 
 
 
831 aa  520  1e-146  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.29 
 
 
730 aa  520  1e-146  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.41 
 
 
851 aa  520  1e-146  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.29 
 
 
730 aa  520  1e-146  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.09 
 
 
747 aa  518  1.0000000000000001e-145  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.14 
 
 
833 aa  513  1e-144  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  45.47 
 
 
715 aa  514  1e-144  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  40.57 
 
 
807 aa  515  1e-144  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  40.37 
 
 
707 aa  514  1e-144  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  38.5 
 
 
762 aa  512  1e-144  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.31 
 
 
718 aa  510  1e-143  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7996  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.86 
 
 
806 aa  511  1e-143  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.52 
 
 
858 aa  506  9.999999999999999e-143  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.62 
 
 
829 aa  506  9.999999999999999e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.12 
 
 
762 aa  506  9.999999999999999e-143  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.75 
 
 
837 aa  508  9.999999999999999e-143  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40 
 
 
773 aa  507  9.999999999999999e-143  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.18 
 
 
781 aa  503  1e-141  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.94 
 
 
765 aa  505  1e-141  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.36 
 
 
725 aa  504  1e-141  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  38.82 
 
 
738 aa  503  1e-141  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.86 
 
 
756 aa  504  1e-141  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  38.12 
 
 
738 aa  504  1e-141  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0537  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.37 
 
 
711 aa  504  1e-141  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.01 
 
 
741 aa  504  1e-141  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.64 
 
 
858 aa  505  1e-141  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.13 
 
 
748 aa  503  1e-141  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.02 
 
 
763 aa  503  1e-141  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.16 
 
 
738 aa  501  1e-140  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.8 
 
 
857 aa  502  1e-140  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.6 
 
 
757 aa  501  1e-140  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.43 
 
 
694 aa  499  1e-140  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  38.99 
 
 
728 aa  501  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  38.87 
 
 
728 aa  500  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.56 
 
 
830 aa  499  1e-140  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  40.21 
 
 
762 aa  502  1e-140  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.53 
 
 
754 aa  496  1e-139  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.24 
 
 
795 aa  494  9.999999999999999e-139  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  40.74 
 
 
746 aa  493  9.999999999999999e-139  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  38.82 
 
 
742 aa  494  9.999999999999999e-139  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0368  superfamily I DNA/RNA helicase  39.76 
 
 
696 aa  492  9.999999999999999e-139  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  40.08 
 
 
706 aa  493  9.999999999999999e-139  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  38.51 
 
 
721 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  39.71 
 
 
731 aa  493  9.999999999999999e-139  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.63 
 
 
759 aa  489  1e-137  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  39.35 
 
 
737 aa  491  1e-137  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4600  UvrD/REP helicase  39.2 
 
 
758 aa  492  1e-137  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000134986  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.62 
 
 
838 aa  489  1e-137  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  38.47 
 
 
728 aa  491  1e-137  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4079  DNA helicase II  38.11 
 
 
724 aa  491  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.91 
 
 
768 aa  489  1e-137  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.31 
 
 
766 aa  490  1e-137  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  39.15 
 
 
739 aa  488  1e-136  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  37.78 
 
 
721 aa  489  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0723  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.38 
 
 
896 aa  486  1e-136  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.363449  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>