More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3497 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3497  ribosomal protein L13  100 
 
 
150 aa  312  1e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  1.46493e-06  normal  0.686311 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4741  ribosomal protein L13  75.51 
 
 
147 aa  249  7e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  8.31745e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0110  ribosomal protein L13  72.79 
 
 
147 aa  240  5e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00100259  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3039  50S ribosomal protein L13  66.67 
 
 
147 aa  223  5e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0862388  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0721  ribosomal protein L13  69.39 
 
 
151 aa  217  4e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0052  50S ribosomal protein L13  66.67 
 
 
149 aa  217  4e-56  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0375  50S ribosomal protein L13  63.95 
 
 
151 aa  211  4e-54  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.958432 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1612  50S ribosomal protein L13  67.35 
 
 
151 aa  207  3e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0318086  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04085  50S ribosomal protein L13  61.9 
 
 
151 aa  196  8e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0880  ribosomal protein L13  57.82 
 
 
147 aa  192  9e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0346  ribosomal protein L13  58.87 
 
 
144 aa  182  1e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  1.57006e-06  normal  0.759016 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1812  50S ribosomal protein L13  58.22 
 
 
149 aa  181  3e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.181539  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0429  ribosomal protein L13  58.16 
 
 
154 aa  181  4e-45  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.669525  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0005  ribosomal protein L13  58.5 
 
 
147 aa  180  5e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.903919  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3191  50S ribosomal protein L13  57.45 
 
 
142 aa  178  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  5.0014e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0140  50S ribosomal protein L13  57.14 
 
 
145 aa  177  3e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2937  50S ribosomal protein L13  57.75 
 
 
187 aa  177  5e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000493547 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0422  50S ribosomal protein L13  53.79 
 
 
149 aa  176  8e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00538272  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2762  50S ribosomal protein L13  56.74 
 
 
144 aa  176  9e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0243  50S ribosomal protein L13  55.86 
 
 
159 aa  176  9e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.396614 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2635  50S ribosomal protein L13  56.74 
 
 
144 aa  176  1e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2207  50S ribosomal protein L13  56.74 
 
 
142 aa  176  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146726  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0144  50S ribosomal protein L13  55.71 
 
 
145 aa  176  1e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  5.14694e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1340  50S ribosomal protein L13  58.87 
 
 
149 aa  176  1e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  1.00491e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2355  50S ribosomal protein L13  55.17 
 
 
149 aa  176  1e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.310176  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1346  50S ribosomal protein L13  58.87 
 
 
149 aa  176  1e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000278561  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1103  50S ribosomal protein L13  55.32 
 
 
150 aa  175  2e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.698543  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1900  50S ribosomal protein L13  56.43 
 
 
142 aa  174  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.03474e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0246  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 
144 aa  175  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0124742  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2015  50S ribosomal protein L13  57.24 
 
 
150 aa  175  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.624053  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2206  50S ribosomal protein L13  56.74 
 
 
151 aa  175  2e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19781  50S ribosomal protein L13  55.32 
 
 
150 aa  175  2e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2836  50S ribosomal protein L13  57.45 
 
 
142 aa  174  4e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01710  LSU ribosomal protein L13P  53.85 
 
 
148 aa  174  4e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  9.65518e-09  hitchhiker  9.92925e-11 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0922  50S ribosomal protein L13  56.74 
 
 
142 aa  174  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4534  50S ribosomal protein L13  56.03 
 
 
142 aa  173  6e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1315  50S ribosomal protein L13  56.03 
 
 
142 aa  173  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.161959  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1014  50S ribosomal protein L13  58.16 
 
 
142 aa  173  6e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00728449  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4409  50S ribosomal protein L13  56.03 
 
 
142 aa  173  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.867094  normal  0.414733 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4120  50S ribosomal protein L13  56.03 
 
 
142 aa  172  9e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.954115  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02460  50S ribosomal protein L13  55.71 
 
 
142 aa  173  9e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.18525e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01510  50S ribosomal protein L13  55.71 
 
 
142 aa  173  9e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.25739e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23291  50S ribosomal protein L13  53.9 
 
 
150 aa  172  1e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0211  50S ribosomal protein L13  55.32 
 
 
142 aa  172  1e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  1.31451e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21990  LSU ribosomal protein L13P  56.03 
 
 
145 aa  172  1e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  2.37961e-05  hitchhiker  0.00551635 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0222  50S ribosomal protein L13  56.12 
 
 
151 aa  172  1e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0145687  normal  0.0118859 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4694  50S ribosomal protein L13  55.32 
 
 
142 aa  172  1e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00889549  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1881  ribosomal protein L13  56.74 
 
 
144 aa  172  1e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.366723  normal  0.0642672 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0225  50S ribosomal protein L13  56.12 
 
 
151 aa  172  1e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4426  ribosomal protein L13  56.03 
 
 
142 aa  171  2e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145375  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1651  50S ribosomal protein L13  59.12 
 
 
154 aa  172  2e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0720  50S ribosomal protein L13  54.01 
 
 
147 aa  171  2e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5158  ribosomal protein L13  59.56 
 
 
149 aa  171  2e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.282835 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2077  50S ribosomal protein L13  57.45 
 
 
142 aa  172  2e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2245  50S ribosomal protein L13  55.32 
 
 
145 aa  172  2e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  1.76479e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2472  50S ribosomal protein L13  57.45 
 
 
142 aa  172  2e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00672084  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16521  50S ribosomal protein L13  53.9 
 
 
170 aa  172  2e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0797487  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0320  ribosomal protein L13  56.93 
 
 
148 aa  172  2e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  1.40761e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1669  50S ribosomal protein L13  58.16 
 
 
142 aa  171  2e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  8.43127e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0022  50S ribosomal protein L13  59.12 
 
 
154 aa  172  2e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.550014  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2286  50S ribosomal protein L13  55.32 
 
 
145 aa  172  2e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000101681  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0138  50S ribosomal protein L13  57.14 
 
 
145 aa  171  3e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  6.68177e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0341  50S ribosomal protein L13  55.32 
 
 
147 aa  171  3e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0522563  hitchhiker  0.00384234 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3026  50S ribosomal protein L13  59.15 
 
 
157 aa  171  3e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.775043 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13040  50S ribosomal protein L13  55.32 
 
 
142 aa  171  3e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3106  ribosomal protein L13  54.61 
 
 
147 aa  171  3e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0137  50S ribosomal protein L13  57.14 
 
 
145 aa  171  3e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  7.51399e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0745  ribosomal protein L13  56.03 
 
 
146 aa  171  3e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4349  50S ribosomal protein L13  56.03 
 
 
142 aa  171  3e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  1.22799e-07  hitchhiker  0.00298092 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20530  LSU ribosomal protein L13P  60.16 
 
 
149 aa  170  5e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.780175  normal  0.443705 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4612  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 
153 aa  170  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0118736 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1178  50S ribosomal protein L13  58.45 
 
 
153 aa  170  6e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.130484  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0599  50S ribosomal protein L13  56.74 
 
 
147 aa  170  6e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.413798  normal  0.447745 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57590  50S ribosomal protein L13  53.9 
 
 
142 aa  170  6e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000544643  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2681  50S ribosomal protein L13  57.45 
 
 
142 aa  170  7e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3730  50S ribosomal protein L13  56.03 
 
 
151 aa  170  7e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3075  50S ribosomal protein L13  57.45 
 
 
142 aa  170  7e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0148  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 
153 aa  170  7e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0604  50S ribosomal protein L13  57.86 
 
 
142 aa  169  8e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0625  50S ribosomal protein L13  57.86 
 
 
142 aa  169  8e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5005  50S ribosomal protein L13  53.9 
 
 
142 aa  169  8e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00170298  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2789  50S ribosomal protein L13  56.03 
 
 
142 aa  169  8e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  1.37696e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4284  ribosomal protein L13  57.35 
 
 
147 aa  170  8e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0541  ribosomal protein L13  54.29 
 
 
142 aa  169  9e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0111293  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2012  50S ribosomal protein L13  51.72 
 
 
149 aa  169  9e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00853801  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4053  50S ribosomal protein L13  57.86 
 
 
142 aa  169  9e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.536973 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2176  50S ribosomal protein L13  57.66 
 
 
154 aa  169  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25669  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0401  50S ribosomal protein L13  52.41 
 
 
149 aa  169  1e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.195211  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0617  ribosomal protein L13  54.61 
 
 
147 aa  169  1e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3711  50S ribosomal protein L13  55.71 
 
 
142 aa  169  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.145139  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2613  ribosomal protein L13  57.45 
 
 
147 aa  169  1e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.888861  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0067  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 
152 aa  169  1e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1650  50S ribosomal protein L13  51.33 
 
 
151 aa  169  1e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0175  50S ribosomal protein L13  57.14 
 
 
145 aa  169  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  5.80183e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4678  50S ribosomal protein L13  56.74 
 
 
143 aa  168  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.44664  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2400  50S ribosomal protein L13  56.03 
 
 
142 aa  168  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.767077  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0143  50S ribosomal protein L13  57.14 
 
 
145 aa  169  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  1.63354e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2242  50S ribosomal protein L13  58.16 
 
 
142 aa  168  2e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0143  50S ribosomal protein L13  57.14 
 
 
145 aa  169  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  1.45264e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0156  50S ribosomal protein L13  57.14 
 
 
145 aa  169  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.54845e-34 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>