89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3380 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3380  transcriptional repressor, CopY family  100 
 
 		 124 aa  254  3e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6189  transcriptional repressor, CopY family  71.31 
 
 		 123 aa  193  8.000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0782  transcriptional repressor, CopY family  61.48 
 
 		 124 aa  170  5e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.130795  normal  0.268772 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0214  Penicillinase repressor  59.84 
 
 		 125 aa  165  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.156446 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6520  transcriptional repressor, CopY family  47.54 
 
 		 126 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.818398  normal  0.183506 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2772  CopY family transcriptional regulator  50.43 
 
 		 122 aa  125  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00766879  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3753  transcriptional repressor, CopY family  47.79 
 
 		 122 aa  123  7e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.188052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2770  CopY family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 122 aa  123  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.23877  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07976  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  44.17 
 
 		 121 aa  122  2e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3211  CopY family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 120 aa  120  4e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5968  transcriptional repressor, CopY family  47.79 
 
 		 119 aa  115  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.930871 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07470  transcriptional regulator  47.32 
 
 		 117 aa  113  7.999999999999999e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.717379  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1362  CopY family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 124 aa  106  8.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07786  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  39.83 
 
 		 155 aa  100  5e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3429  transcriptional repressor, CopY family  37.72 
 
 		 123 aa  94  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.819538  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2186  transcriptional regulator, putative  39.62 
 
 		 111 aa  91.7  3e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5136  transcriptional repressor, CopY family  37.61 
 
 		 118 aa  88.6  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110862  normal  0.0983115 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1835  transcriptional repressor, CopY family  36.44 
 
 		 118 aa  87.4  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1287  transcriptional repressor, CopY family  36.13 
 
 		 119 aa  84.3  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.58486  normal  0.221741 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3296  CopY family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 125 aa  75.5  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0075  hypothetical protein  31.62 
 
 		 140 aa  74.3  0.0000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0391705  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3208  CopY family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 125 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.448139  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3133  putative transcriptional regulator  34.45 
 
 		 135 aa  72.8  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0957082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2422  CopY family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 149 aa  71.6  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0381488  normal  0.701742 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3788  transcriptional repressor, CopY family  33.88 
 
 		 124 aa  70.5  0.000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00024943  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0578  penicillinase repressor  30.25 
 
 		 126 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1811  CopY family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 124 aa  68.6  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1403  hypothetical protein  27.73 
 
 		 146 aa  67.4  0.00000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3737  CopY family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 123 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.185846  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1590  hypothetical protein  28.21 
 
 		 146 aa  65.5  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00935  transcriptional regulator, BlaI family protein  30.97 
 
 		 130 aa  65.1  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3341  CopY family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 131 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2994  CopY family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 124 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3667  transcriptional repressor, CopY family  28.45 
 
 		 130 aa  64.3  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1078  penicillinase repressor  29.51 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1006  penicillinase repressor  29.51 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3352  transcriptional repressor, CopY family  28.93 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1882  CopY family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 140 aa  61.2  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128581  normal  0.417671 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3882  CopY family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 122 aa  61.2  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0821415  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1017  Penicillinase repressor  32.46 
 
 		 123 aa  60.8  0.000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.131861  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0993  beta-lactamase (penicillinase) repressor  27.87 
 
 		 132 aa  60.1  0.000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2407  penicillinase repressor  28.35 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1110  penicillinase repressor  28.81 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2033  transcriptional repressor, CopY family  30.25 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1175  penicillinase repressor  28.81 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2616  CopY family transcriptional regulator  28 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.940233  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2641  transcriptional regulator, TrmB  30.91 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0464026  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2616  transcriptional repressor, CopY family  27.05 
 
 		 124 aa  57.4  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2928  CopY family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 122 aa  57  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.315918  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2588  transcriptional repressor, CopY family  29.82 
 
 		 169 aa  55.1  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5186  transcriptional repressor, CopY family  26.55 
 
 		 121 aa  55.1  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1141  Penicillinase repressor  25.64 
 
 		 127 aa  54.7  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1459  penicillinase repressor  28.07 
 
 		 126 aa  53.1  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00000472068  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0210  CopY family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 129 aa  53.1  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.505174 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4231  Penicillinase repressor  30.68 
 
 		 126 aa  52.4  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2606  Penicillinase repressor  30.68 
 
 		 126 aa  52.4  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2564  CopY family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 140 aa  51.2  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2619  Penicillinase repressor  31.33 
 
 		 123 aa  51.2  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4716  transcriptional repressor, CopY family  26.83 
 
 		 153 aa  51.2  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0722064  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3767  CopY family transcriptional repressor  27.52 
 
 		 139 aa  50.4  0.000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.164667  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2877  transcriptional repressor, CopY family  22.76 
 
 		 125 aa  50.4  0.000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3721  transcriptional repressor, CopY family  24.37 
 
 		 124 aa  50.4  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.229138 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3585  transcriptional repressor, CopY family protein  29.76 
 
 		 124 aa  50.4  0.000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2027  transcriptional repressor, CopY family  24.17 
 
 		 125 aa  50.1  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.129536  normal  0.867039 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2519  methicillin-resistance regulatory protein MecI  28.7 
 
 		 123 aa  48.5  0.00003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0200801  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0031  penicillinase repressor  28.7 
 
 		 123 aa  48.5  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0031  CopY family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 123 aa  48.5  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1605  transcriptional repressor, CopY family  29.51 
 
 		 139 aa  48.1  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.809154  normal  0.110502 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4282  transcriptional repressor, CopY family  26.09 
 
 		 142 aa  47.4  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6204  transcriptional repressor, CopY family  23.53 
 
 		 130 aa  47  0.00009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.783598  normal  0.478416 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0889  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 151 aa  47  0.00009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000992665  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2747  CopY family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 126 aa  46.2  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.513766  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4745  transcriptional repressor, CopY family  27.93 
 
 		 118 aa  46.6  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.603775  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2824  penicillinase repressor  27.19 
 
 		 126 aa  46.2  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.167752  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0498  CopY family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 139 aa  46.2  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.584865 
 
 
-
 
NC_006663  SEA0005  penicillinase repressor  27.93 
 
 		 117 aa  45.4  0.0002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.014635  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0317  CopY family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 122 aa  46.2  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00119486  hitchhiker  0.0079489 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0730  transcriptional repressor, CopY family  32.14 
 
 		 120 aa  45.4  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0376  CopY family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 117 aa  44.7  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4382  putative transcriptional regulator  25.22 
 
 		 126 aa  43.9  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1873  transcriptional regulator  26.09 
 
 		 155 aa  43.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171303  hitchhiker  0.00000000171103 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0532  CopY family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 139 aa  42  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465688 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0948  CopY family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 142 aa  42.7  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000394556  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0560  transcriptional repressor, CopY family  24.37 
 
 		 149 aa  42  0.003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000680415  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0628  copper transport repressor, CopY/TcrY family  23.93 
 
 		 161 aa  41.6  0.004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.922307 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0165  transcriptional repressor, CopY family  32.73 
 
 		 119 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.272376  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1354  transcriptional repressor, CopY family  29.7 
 
 		 126 aa  40.8  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1285  CopY family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 139 aa  40.4  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.237344 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1589  transcriptional regulator  30.23 
 
 		 120 aa  40  0.01  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>