More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3359 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3359  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 		 377 aa  790    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.142206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4079  queuine tRNA-ribosyltransferase  76.39 
 
 		 376 aa  610  1e-173  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.137728 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1430  queuine tRNA-ribosyltransferase  73.74 
 
 		 376 aa  590  1e-167  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.143529  normal  0.876583 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1197  queuine tRNA-ribosyltransferase (tRNA-guanine transglycosylase)  69.76 
 
 		 376 aa  569  1e-161  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.196997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0045  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.03 
 
 		 376 aa  562  1.0000000000000001e-159  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.642849  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1985  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.7 
 
 		 376 aa  556  1e-157  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00865  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.5 
 
 		 376 aa  553  1e-156  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6918  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.7 
 
 		 376 aa  543  1e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.625358  normal  0.464203 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0026  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.52 
 
 		 374 aa  514  1e-144  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0500  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.13 
 
 		 376 aa  499  1e-140  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.260336 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0710  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.01 
 
 		 376 aa  497  1e-139  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0964  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.74 
 
 		 377 aa  428  1e-119  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1756  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.67 
 
 		 377 aa  417  9.999999999999999e-116  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.185271  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1512  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.21 
 
 		 379 aa  416  9.999999999999999e-116  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1759  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.8 
 
 		 377 aa  414  1e-114  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1404  queuine tRNA-ribosyltransferase  52 
 
 		 376 aa  409  1e-113  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.2387 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0712  queuine tRNA-ribosyltransferase  52 
 
 		 377 aa  408  1e-113  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1591  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.27 
 
 		 379 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00100827  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0530  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.31 
 
 		 373 aa  395  1e-109  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00176978  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0521  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.41 
 
 		 371 aa  397  1e-109  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.34 
 
 		 375 aa  397  1e-109  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0382  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.62 
 
 		 357 aa  391  1e-107  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1259  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.7 
 
 		 379 aa  389  1e-107  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.527316  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0931  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.63 
 
 		 394 aa  390  1e-107  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.03 
 
 		 373 aa  385  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.57 
 
 		 372 aa  386  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0632  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.44 
 
 		 392 aa  386  1e-106  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.09 
 
 		 370 aa  386  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.46 
 
 		 372 aa  388  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.88 
 
 		 371 aa  383  1e-105  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0958  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.27 
 
 		 374 aa  379  1e-104  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0452051  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1927  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.94 
 
 		 383 aa  374  1e-102  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000713351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3622  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.38 
 
 		 372 aa  373  1e-102  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00110996  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12290  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.2 
 
 		 373 aa  374  1e-102  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000356741  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0276  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.04 
 
 		 377 aa  372  1e-102  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000356589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1800  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.62 
 
 		 374 aa  374  1e-102  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1666  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.55 
 
 		 370 aa  374  1e-102  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.098612  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.33 
 
 		 381 aa  370  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1524  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.41 
 
 		 383 aa  368  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000558338  normal  0.0203734 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3810  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.33 
 
 		 395 aa  371  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.79 
 
 		 369 aa  370  1e-101  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0231453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1194  queuine tRNA-ribosyltransferase  50 
 
 		 367 aa  370  1e-101  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0579  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.14 
 
 		 370 aa  369  1e-101  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.350695  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3361  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.33 
 
 		 472 aa  368  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0872044  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1703  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.68 
 
 		 383 aa  370  1e-101  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.108277  normal  0.62465 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2011  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.59 
 
 		 380 aa  369  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.638578  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0612  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.06 
 
 		 395 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0303  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.33 
 
 		 397 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0464  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.54 
 
 		 375 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.992026  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2387  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.33 
 
 		 397 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0445  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.27 
 
 		 375 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1791  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.79 
 
 		 370 aa  365  1e-100  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000378979  hitchhiker  0.00274251 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3371  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.33 
 
 		 397 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0875  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.23 
 
 		 375 aa  365  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.68635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0218  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.8 
 
 		 376 aa  368  1e-100  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.989201  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2844  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.86 
 
 		 377 aa  367  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3328  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.06 
 
 		 397 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.162119  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1278  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.06 
 
 		 394 aa  366  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.54 
 
 		 375 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0637  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.53 
 
 		 395 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.54 
 
 		 375 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.33 
 
 		 387 aa  365  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0144  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.14 
 
 		 384 aa  367  1e-100  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0518824  decreased coverage  0.000581764 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1165  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.33 
 
 		 397 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.179436  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0451  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.54 
 
 		 375 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0945287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1428  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.14 
 
 		 369 aa  367  1e-100  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00175971  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2573  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.33 
 
 		 397 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3291  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.81 
 
 		 381 aa  365  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2664  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.27 
 
 		 399 aa  364  1e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.241217 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1729  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.3 
 
 		 379 aa  364  1e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.37523  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1696  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.3 
 
 		 379 aa  364  1e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1894  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.83 
 
 		 355 aa  364  1e-99  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.3829100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0690  queuine tRNA-ribosyltransferase  50 
 
 		 395 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.265074  normal  0.561084 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0722  queuine tRNA-ribosyltransferase  50 
 
 		 395 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0238  queuine tRNA-ribosyltransferase  50 
 
 		 447 aa  363  2e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00354  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.41 
 
 		 375 aa  363  3e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520405  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.41 
 
 		 375 aa  363  3e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0325  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.41 
 
 		 375 aa  363  3e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3227  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.41 
 
 		 375 aa  363  3e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000187089 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00358  hypothetical protein  50.41 
 
 		 375 aa  363  3e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.575633  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0476  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.41 
 
 		 375 aa  363  3e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0436  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.41 
 
 		 375 aa  363  3e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0486  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.41 
 
 		 375 aa  363  3e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0438  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.41 
 
 		 375 aa  363  3e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.14 
 
 		 374 aa  362  6e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2757  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.77 
 
 		 386 aa  362  6e-99  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.717518 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2026  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.27 
 
 		 407 aa  362  6e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.59 
 
 		 374 aa  361  9e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.59 
 
 		 374 aa  361  9e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.59 
 
 		 374 aa  361  9e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2906  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.8 
 
 		 387 aa  361  1e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.905549  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3384  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.86 
 
 		 374 aa  361  1e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000344335  normal  0.488605 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3264  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.86 
 
 		 374 aa  361  1e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000400897  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3123  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.86 
 
 		 374 aa  361  1e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00561158  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2243  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.41 
 
 		 375 aa  361  1e-98  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.982522 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.86 
 
 		 377 aa  360  2e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2187  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.66 
 
 		 375 aa  360  2e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0565  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.59 
 
 		 373 aa  360  2e-98  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.005662  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.55 
 
 		 374 aa  360  2e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3143  queuine tRNA-ribosyltransferase  49.22 
 
 		 390 aa  360  3e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>