More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3337 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3337  transport system permease protein  100 
 
 
340 aa  661    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1298  transport system permease protein  60.75 
 
 
362 aa  408  1e-113  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1004  transport system permease protein  61.37 
 
 
364 aa  389  1e-107  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00447808  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0162  transport system permease protein  52.38 
 
 
359 aa  320  1.9999999999999998e-86  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0082  transport system permease protein  49.85 
 
 
322 aa  311  9e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.85435  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12518  iron(III) ABC transporter, permease protein, putative  46.95 
 
 
340 aa  301  1e-80  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0278  transport system permease protein  49.84 
 
 
360 aa  300  2e-80  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0561654  normal  0.124671 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3088  transport system permease protein  51.64 
 
 
371 aa  283  4.0000000000000003e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.259249 
 
 
-
 
NC_002950  PG0671  iron compound ABC transporter, permease protein  47.31 
 
 
356 aa  279  4e-74  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.170455 
 
 
-
 
NC_002950  PG0647  iron compound ABC transporter, permease protein  46.2 
 
 
344 aa  271  9e-72  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.499721 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3542  transport system permease protein  48.12 
 
 
364 aa  262  8e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5231  transport system permease protein  46.73 
 
 
346 aa  260  2e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2111  transport system permease protein  43.5 
 
 
391 aa  260  2e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.453774  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0343  transport system permease protein  45.37 
 
 
355 aa  256  4e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2250  transport system permease protein  50.74 
 
 
374 aa  255  9e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0288275 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1257  transport system permease protein  39.44 
 
 
348 aa  209  4e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3497  transport system permease protein  43.98 
 
 
355 aa  198  9e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.141787  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0747  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  35.93 
 
 
343 aa  196  6e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1871  iron(III) dicitrate transport system permease protein  37.74 
 
 
356 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.71238  normal  0.187048 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24450  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  35.21 
 
 
350 aa  182  7e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  34.95 
 
 
354 aa  172  9e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0114  transport system permease protein  34.97 
 
 
349 aa  171  2e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  37.38 
 
 
357 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  32.92 
 
 
350 aa  168  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  32.48 
 
 
357 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0130  transport system permease protein  34.97 
 
 
348 aa  162  6e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.17857  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0247  transport system permease protein  34.7 
 
 
359 aa  162  8.000000000000001e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0151644  normal  0.610007 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0274  transport system permease protein  35.31 
 
 
358 aa  161  1e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00246015  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2148  transport system permease protein  39.81 
 
 
356 aa  160  2e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.176717 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2330  transport system permease protein  33.53 
 
 
370 aa  159  4e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.970298  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  36.7 
 
 
370 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1731  vtamin B12-transporter permease  35.42 
 
 
351 aa  159  5e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.334132 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1623  iron(III) dicitrate transport system permease protein  36.56 
 
 
356 aa  158  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0877318  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  33.91 
 
 
348 aa  158  1e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1089  hypothetical protein  32.99 
 
 
355 aa  158  1e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  33.44 
 
 
344 aa  157  3e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3530  transport system permease protein  34.06 
 
 
365 aa  156  6e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  32.5 
 
 
334 aa  155  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  33.94 
 
 
340 aa  155  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  32.5 
 
 
334 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  32.5 
 
 
334 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  31.45 
 
 
344 aa  155  1e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0220  transport system permease protein  36 
 
 
356 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  34.86 
 
 
345 aa  154  2.9999999999999998e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1353  transport system permease protein  34.53 
 
 
363 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0026  transport system permease protein  31.61 
 
 
331 aa  153  4e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  32.72 
 
 
358 aa  152  8e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1435  vtamin B12-transporter permease  36.46 
 
 
326 aa  152  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0354813 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2005  vtamin B12-transporter permease  36.46 
 
 
326 aa  152  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.509358 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1451  vtamin B12-transporter permease  36.46 
 
 
326 aa  152  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1468  vtamin B12-transporter permease  36.46 
 
 
326 aa  152  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  34.38 
 
 
330 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1833  vtamin B12-transporter permease  36.46 
 
 
326 aa  152  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.342268  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  35.91 
 
 
348 aa  152  8.999999999999999e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  35.91 
 
 
348 aa  152  1e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0113  transport system permease protein  35.47 
 
 
359 aa  151  2e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  33.78 
 
 
330 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  34.38 
 
 
318 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  31.44 
 
 
367 aa  150  3e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  30.84 
 
 
373 aa  150  3e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  35.23 
 
 
348 aa  150  3e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0278  transport system permease protein  35.26 
 
 
334 aa  150  4e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.364579  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  32.7 
 
 
338 aa  150  4e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  31.38 
 
 
355 aa  150  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  29.75 
 
 
347 aa  149  5e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  32.89 
 
 
328 aa  149  6e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  30.84 
 
 
360 aa  149  6e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  34.07 
 
 
366 aa  149  7e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1652  transport system permease protein  35.31 
 
 
357 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2061  transport system permease protein  34.71 
 
 
337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0286946  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01680  vtamin B12-transporter permease  36.81 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0444036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1931  transport system permease protein  36.81 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00205827  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  33.56 
 
 
354 aa  148  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1920  vtamin B12-transporter permease  36.81 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.482495 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01669  hypothetical protein  36.81 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.028051  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2151  vtamin B12-transporter permease  34.21 
 
 
335 aa  148  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1479  vtamin B12-transporter permease  36.81 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.950653 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1791  vtamin B12-transporter permease  36.81 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.979653  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2740  transport system permease protein  33.12 
 
 
333 aa  148  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1915  vtamin B12-transporter permease  36.81 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1930  vtamin B12-transporter permease  36.46 
 
 
326 aa  147  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00226641  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  31.3 
 
 
371 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1048  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  32.87 
 
 
336 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.522195  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  34.72 
 
 
315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2429  vtamin B12-transporter permease  36.46 
 
 
326 aa  146  6e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  30.86 
 
 
337 aa  146  6e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0129  transport system permease protein  35.25 
 
 
351 aa  145  8.000000000000001e-34  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0463591  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  30.97 
 
 
452 aa  145  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  35.52 
 
 
349 aa  144  2e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3058  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  32.59 
 
 
346 aa  144  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1625  vtamin B12-transporter permease  36.12 
 
 
333 aa  144  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2065  transport system permease protein  32.83 
 
 
332 aa  144  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2425  transport system permease protein  31.23 
 
 
356 aa  143  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1761  hemin transport system permease protein HmuU  32.59 
 
 
326 aa  143  4e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1186  transport system permease protein  32.31 
 
 
369 aa  143  5e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  34.93 
 
 
350 aa  142  7e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1703  heme/hemin ABC transporter, permease protein  30.91 
 
 
352 aa  142  8e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  30.24 
 
 
347 aa  142  8e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0181  transport system permease protein  31.47 
 
 
351 aa  142  9e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816049  normal  0.0731846 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1389  iron (III) ABC transporter, permease  31.11 
 
 
332 aa  142  9e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.953687  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>