More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3272 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3272  DNA polymerase III gamma/tau subunit  100 
 
 
372 aa  773    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6089  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  56.3 
 
 
371 aa  445  1.0000000000000001e-124  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0491  DNA polymerase III gamma/tau subunit  44.8 
 
 
375 aa  343  2e-93  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0634  hypothetical protein  38.77 
 
 
381 aa  270  2.9999999999999997e-71  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0075  DNA polymerase III gamma/tau subunit  36.78 
 
 
382 aa  265  1e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0875  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  35.73 
 
 
379 aa  256  3e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0932  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  36.71 
 
 
416 aa  251  1e-65  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.1978 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03320  putative DNA polymerase III, delta subunit  36.29 
 
 
390 aa  246  4e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0985  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  34.03 
 
 
382 aa  232  7.000000000000001e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1239  DNA polymerase III subunit delta'  34.13 
 
 
373 aa  225  9e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.37 
 
 
391 aa  157  3e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.7 
 
 
327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.41 
 
 
320 aa  127  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  27.37 
 
 
321 aa  125  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.66 
 
 
331 aa  123  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.72 
 
 
326 aa  120  4.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.5 
 
 
358 aa  119  7e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  23.72 
 
 
335 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.3 
 
 
335 aa  113  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1602  DNA-directed DNA polymerase  29.55 
 
 
388 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.772153 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.51 
 
 
363 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.98 
 
 
318 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.86 
 
 
370 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1870  DNA-directed DNA polymerase  29.43 
 
 
390 aa  107  2e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000004805  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.26 
 
 
363 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  28.46 
 
 
337 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0715  DNA-directed DNA polymerase  27.34 
 
 
389 aa  105  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.402884  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  28.23 
 
 
390 aa  105  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.86 
 
 
323 aa  103  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.8 
 
 
324 aa  103  5e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.21 
 
 
320 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.07 
 
 
589 aa  101  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  28.11 
 
 
336 aa  101  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.21 
 
 
320 aa  101  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.19 
 
 
330 aa  100  6e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.6 
 
 
321 aa  99.8  7e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  27.65 
 
 
336 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0512  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.76 
 
 
565 aa  98.6  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0499  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.76 
 
 
565 aa  98.6  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0810383  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  26.55 
 
 
389 aa  97.1  5e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0587  DNA-directed DNA polymerase  26.72 
 
 
388 aa  97.1  5e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  27 
 
 
568 aa  96.7  6e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  28.38 
 
 
298 aa  96.7  6e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.52 
 
 
368 aa  96.3  9e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.94 
 
 
312 aa  95.9  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  28.15 
 
 
335 aa  95.5  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.27 
 
 
559 aa  94.7  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  22.49 
 
 
329 aa  94.7  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2506  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.79 
 
 
553 aa  94.7  3e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.1 
 
 
322 aa  93.6  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  25.07 
 
 
320 aa  93.6  5e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  28.78 
 
 
342 aa  93.6  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.04 
 
 
344 aa  93.6  5e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  24.62 
 
 
561 aa  93.6  5e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000159056  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  28.1 
 
 
342 aa  93.2  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7084  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.32 
 
 
634 aa  93.2  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  25 
 
 
320 aa  92.8  9e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  28.57 
 
 
340 aa  92.8  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2647  DNA-directed DNA polymerase  28.34 
 
 
304 aa  92.4  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.11798 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1778  DNA polymerase III, delta subunit, putative  27.41 
 
 
391 aa  92.4  1e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  28.57 
 
 
340 aa  92.8  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  23.9 
 
 
326 aa  91.7  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  26.73 
 
 
336 aa  91.3  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  23.81 
 
 
337 aa  92  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  28.63 
 
 
365 aa  91.3  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4930  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.85 
 
 
621 aa  91.7  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.522711  normal  0.575314 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  30.85 
 
 
342 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  25.33 
 
 
335 aa  90.5  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0050  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  25.4 
 
 
554 aa  90.5  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000022733  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0031  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.19 
 
 
447 aa  89.7  8e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  29.76 
 
 
342 aa  89.7  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.19 
 
 
589 aa  89.4  9e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  23.04 
 
 
332 aa  89  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  31.22 
 
 
344 aa  89.4  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.58 
 
 
334 aa  89  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  31.52 
 
 
342 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  31.52 
 
 
342 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  31.52 
 
 
342 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  24.54 
 
 
562 aa  87.8  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0092  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  23.76 
 
 
527 aa  88.2  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000833689 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  26.03 
 
 
361 aa  88.6  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  23.93 
 
 
562 aa  88.6  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.29 
 
 
347 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.632704  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  23.08 
 
 
520 aa  88.2  2e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0257  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  25.4 
 
 
518 aa  88.2  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  23.93 
 
 
562 aa  87.8  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  24.23 
 
 
562 aa  87.8  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  23.93 
 
 
562 aa  87.8  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  27.75 
 
 
284 aa  87.4  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0884  DNA-directed DNA polymerase  25.79 
 
 
373 aa  87.8  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.772568  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.19 
 
 
562 aa  87  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.27 
 
 
588 aa  87  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.59 
 
 
354 aa  87  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.59 
 
 
562 aa  87  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  24.37 
 
 
339 aa  87  5e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  28.92 
 
 
377 aa  87  5e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26 
 
 
562 aa  86.7  6e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.4 
 
 
485 aa  86.7  7e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0368  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  25 
 
 
602 aa  86.7  7e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.614636  hitchhiker  0.000122178 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  24.54 
 
 
501 aa  86.3  8e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>