100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3236 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6271  cytochrome c class I  63.42 
 
 		 663 aa  827    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000987167  normal  0.709184 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3236  cytochrome c class I  100 
 
 		 647 aa  1339    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0631004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4773  cytochrome c class I  63.03 
 
 		 669 aa  864    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.358642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2205  cytochrome c class I  61.01 
 
 		 656 aa  826    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1880  blue (type 1) copper domain protein  50.65 
 
 		 722 aa  527  1e-148  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.459048 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1100  blue (type 1) copper domain protein  45.34 
 
 		 673 aa  494  9.999999999999999e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.303689  normal  0.203492 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6137  blue (type 1) copper domain protein  46.26 
 
 		 669 aa  493  9.999999999999999e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1580  large, multifunctional secreted protein  40.86 
 
 		 506 aa  369  1e-100  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.10938  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1439  hypothetical protein  34.09 
 
 		 509 aa  300  4e-80  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.421301  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1171  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  34.27 
 
 		 491 aa  300  4e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0336  hypothetical protein  36.48 
 
 		 502 aa  296  8e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5004  hypothetical protein  25.11 
 
 		 1010 aa  112  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5289  cytochrome c class I  24.76 
 
 		 920 aa  108  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.825886 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0718  cytochrome c class I  46.56 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0002252  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3134  cytochrome c, class I  58.75 
 
 		 129 aa  102  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3610  hypothetical protein  52.94 
 
 		 180 aa  97.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.853045 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3110  L-sorbosone dehydrogenase  26.87 
 
 		 430 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3613  L-sorbosone dehydrogenase  26.87 
 
 		 430 aa  61.2  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2188  cytochrome c class I  24.2 
 
 		 1151 aa  58.9  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4398  PKD domain containing protein  25.19 
 
 		 1142 aa  58.5  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0061097  normal  0.588694 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2726  cytochrome C transmembrane protein  41.77 
 
 		 106 aa  58.9  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1484  PKD domain containing protein  24.62 
 
 		 918 aa  57.8  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.287223 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2827  L-sorbosone dehydrogenase  25.76 
 
 		 430 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2468  cytochrome c, class I  42.55 
 
 		 115 aa  55.5  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.202233  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3648  cytochrome c class I  29.31 
 
 		 135 aa  54.7  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2528  cytochrome c class I  36.9 
 
 		 101 aa  53.9  0.000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2302  L-sorbosone dehydrogenase  25.51 
 
 		 430 aa  53.9  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.586035 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1693  cytochrome c class I  36.25 
 
 		 118 aa  53.1  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.504006 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2749  cytochrome c class I  43.04 
 
 		 102 aa  53.5  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.210292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1504  cytochrome c, class I  46.05 
 
 		 101 aa  53.1  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125489 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0430  hypothetical protein  34.57 
 
 		 122 aa  52.4  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  6.67584e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4892  sulfite:cytochrome c oxidoreductase subunit B  39.02 
 
 		 218 aa  52.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474093 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0747  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  26.67 
 
 		 377 aa  52.4  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2122  cytochrome c class I  38.46 
 
 		 131 aa  52  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3346  cytochrome c, class I  40.74 
 
 		 100 aa  52  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.817826  normal  0.315535 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3687  L-sorbosone dehydrogenase  25.34 
 
 		 430 aa  52  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1787  L-sorbosone dehydrogenase  25.34 
 
 		 430 aa  52  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.409847  hitchhiker  0.00688825 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.66 
 
 		 433 aa  51.6  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1069  cytochrome c, class I  41.57 
 
 		 101 aa  51.6  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0985  cytochrome c class I  41.57 
 
 		 101 aa  51.6  0.00005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2536  cytochrome c class I  39.47 
 
 		 131 aa  51.2  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  28.21 
 
 		 363 aa  50.8  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3082  sulfite dehydrogenase (cytochrome) subunit SorB  37.35 
 
 		 208 aa  50.4  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299915  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  28.21 
 
 		 371 aa  49.7  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0948  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.07 
 
 		 379 aa  50.1  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.168955  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2405  cytochrome c family protein  39.74 
 
 		 105 aa  50.4  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1972  heme-binding protein  32.41 
 
 		 1110 aa  49.3  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3440  PKD domain containing protein  38.55 
 
 		 1143 aa  49.3  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  27.37 
 
 		 384 aa  49.3  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3737  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  27.89 
 
 		 466 aa  48.9  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3728  cytochrome c class I  42.5 
 
 		 102 aa  48.9  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2792  cytochrome c, class I  31.68 
 
 		 249 aa  48.5  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.52873  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2197  cytochrome c, class I  34.62 
 
 		 106 aa  48.5  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.353162  hitchhiker  0.00157135 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0038  cytochrome c family protein  34.25 
 
 		 228 aa  48.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3257  cytochrome c, class I  35.06 
 
 		 344 aa  48.5  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225415  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2541  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  27.78 
 
 		 391 aa  48.1  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2050  cytochrome c, class I  39.08 
 
 		 105 aa  48.1  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0434258 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0944  glucose/sorbosone dehydrogenases-like protein  29.24 
 
 		 379 aa  48.1  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0421  glucose sorbosone dehydrogenase  30.23 
 
 		 363 aa  48.1  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000245782  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0422  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.56 
 
 		 423 aa  47.8  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4672  PKD domain containing protein  23.12 
 
 		 941 aa  47.8  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2630  cytochrome c, class I  35.71 
 
 		 404 aa  47  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.820751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5332  PKD domain containing protein  30.48 
 
 		 909 aa  47  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0649636  normal  0.493539 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2392  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.48 
 
 		 448 aa  47  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2235  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.91 
 
 		 379 aa  47  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2978  putative membrane-bound dehydrogenase  24.62 
 
 		 394 aa  46.6  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0356498 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1745  cytochrome c family protein  34.25 
 
 		 121 aa  45.8  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3816  cytochrome c family protein  34.25 
 
 		 121 aa  45.8  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.338903  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3179  cytochrome c family protein  34.25 
 
 		 121 aa  45.8  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0920  L-sorbosone dehydrogenase  26.74 
 
 		 316 aa  45.8  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4182  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  28.65 
 
 		 379 aa  46.2  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2546  glucose/sorbosone dehydrogenases  26.74 
 
 		 299 aa  46.2  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.454169  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0021  cytochrome c family protein  34.25 
 
 		 121 aa  45.8  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.042023  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3897  cytochrome c family protein  34.25 
 
 		 121 aa  45.8  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2813  cytochrome c, class I  31.03 
 
 		 117 aa  46.6  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.250545  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1027  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.48 
 
 		 379 aa  45.8  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0293  cytochrome c, class I  31.03 
 
 		 117 aa  46.6  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0274  cytochrome c class I  31.03 
 
 		 117 aa  46.6  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544484 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3171  cytochrome c, class I  37.04 
 
 		 101 aa  45.4  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2798  cytochrome c family protein  34.25 
 
 		 111 aa  45.4  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.023573  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3394  cytochrome c, class I  31.43 
 
 		 120 aa  45.8  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2879  cytochrome c, class I  39.08 
 
 		 106 aa  45.4  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.578668 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1726  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.15 
 
 		 362 aa  45.4  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.856742 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2860  L-sorbosone dehydrogenase  26.74 
 
 		 389 aa  45.8  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.597888  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2921  L-sorbosone dehydrogenase  26.74 
 
 		 372 aa  45.4  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0932  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  25.71 
 
 		 357 aa  45.4  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0678662 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3220  cytochrome c, class I  39.13 
 
 		 101 aa  45.1  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.294896  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0205  cytochrome c, class I  31.43 
 
 		 119 aa  44.7  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2969  hypothetical protein  26.74 
 
 		 355 aa  44.7  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4030  PKD domain containing protein  36.59 
 
 		 1182 aa  44.7  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.775047 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1373  membrane-bound dehydrogenase domain protein  27.82 
 
 		 1149 aa  44.7  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.376333 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1163  cytochrome c class I  31.73 
 
 		 197 aa  44.7  0.005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000127727  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0589  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  29.48 
 
 		 379 aa  44.3  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1068  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.48 
 
 		 379 aa  44.3  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310832  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5447  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  28.64 
 
 		 424 aa  44.7  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0219  cytochrome c class I  31.43 
 
 		 119 aa  44.3  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00518209 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1660  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.16 
 
 		 419 aa  43.9  0.009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1903  Carbohydrate binding family 6  34.15 
 
 		 918 aa  43.9  0.009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.602156  normal  0.263579 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0200  cytochrome c class I  31.43 
 
 		 123 aa  43.9  0.009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  unclonable  0.00000000000521394 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3145  cytochrome c family protein  32.88 
 
 		 111 aa  43.9  0.01  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>