129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3213 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3213  DNA polymerase beta domain protein region  100 
 
 		 96 aa  189  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  41.24 
 
 		 97 aa  79.7  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  44.57 
 
 		 132 aa  79.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  41.18 
 
 		 96 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2017  DNA polymerase beta domain protein region  40.62 
 
 		 103 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.538218  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1948  DNA polymerase beta domain protein region  39.58 
 
 		 96 aa  74.3  0.0000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.506279 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1959  DNA polymerase beta domain protein region  39.58 
 
 		 96 aa  74.3  0.0000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.332639 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  41.76 
 
 		 97 aa  73.6  0.0000000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  40.82 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2495  DNA polymerase beta domain protein region  38.38 
 
 		 113 aa  71.2  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0949  DNA polymerase beta subunit  37.11 
 
 		 102 aa  69.7  0.00000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.878884  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  38.64 
 
 		 93 aa  67.8  0.00000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0296  DNA polymerase beta domain protein region  32.99 
 
 		 97 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.499305 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0369  DNA polymerase beta subunit  32.29 
 
 		 105 aa  66.2  0.0000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.832865  normal  0.194305 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1188  DNA polymerase beta domain protein region  31.58 
 
 		 113 aa  63.5  0.0000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0409  DNA polymerase beta subunit  37.63 
 
 		 96 aa  63.5  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1694  DNA polymerase beta subunit  34.02 
 
 		 97 aa  62.4  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.366424  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2532  DNA polymerase beta subunit  36.26 
 
 		 104 aa  61.6  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0127103 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  32.22 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2529  DNA polymerase beta subunit  36.26 
 
 		 104 aa  60.5  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0400211 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  40.43 
 
 		 96 aa  60.5  0.000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  34.04 
 
 		 94 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2493  DNA polymerase beta domain-containing protein region  41.33 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  38.3 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  30.77 
 
 		 99 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  37.78 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  32.61 
 
 		 97 aa  58.5  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  37.5 
 
 		 115 aa  58.5  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3039  DNA polymerase beta domain protein region  36.17 
 
 		 99 aa  58.5  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0929  DNA polymerase beta domain protein region  35.87 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.887181  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0587  DNA polymerase, beta-like region  41.82 
 
 		 76 aa  57.8  0.00000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.204552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  34.74 
 
 		 109 aa  57.4  0.00000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  33 
 
 		 100 aa  57  0.00000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  32.97 
 
 		 106 aa  56.6  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  39.39 
 
 		 116 aa  56.6  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2615  hypothetical protein  38.27 
 
 		 109 aa  55.5  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.111377 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  32.98 
 
 		 99 aa  55.8  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2462  DNA polymerase beta subunit  34.88 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0332  DNA polymerase beta domain protein region  35.56 
 
 		 94 aa  55.8  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1762  nucleotidyltransferase family protein  33.68 
 
 		 97 aa  54.7  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.324196 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1292  DNA polymerase beta domain protein region  39.13 
 
 		 177 aa  54.7  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.114397  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0548  DNA polymerase beta domain protein region  33.68 
 
 		 102 aa  54.3  0.0000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1475  DNA polymerase beta domain protein region  34.62 
 
 		 129 aa  53.9  0.0000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125283  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0479  DNA polymerase, beta-like region  32.1 
 
 		 105 aa  53.1  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0862  DNA polymerase beta domain protein region  35.71 
 
 		 101 aa  53.1  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000634599  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3447  DNA polymerase beta subunit  32.58 
 
 		 98 aa  52.8  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.665517  normal  0.0889414 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1733  DNA polymerase beta domain protein region  36.84 
 
 		 98 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.3433 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  32.58 
 
 		 101 aa  52  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4165  DNA polymerase beta subunit  32.61 
 
 		 109 aa  52  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  31.91 
 
 		 96 aa  51.6  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  32.89 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3539  DNA polymerase, beta-like region  32.29 
 
 		 104 aa  51.2  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.418484  normal  0.469828 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  31.96 
 
 		 96 aa  51.6  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0374  DNA polymerase beta subunit  33.73 
 
 		 108 aa  51.2  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.509035  normal  0.373075 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 131 aa  51.6  0.000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  36.23 
 
 		 112 aa  51.2  0.000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 98 aa  51.2  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 96 aa  50.8  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 96 aa  50.8  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3907  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 109 aa  51.2  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0998  DNA polymerase beta domain protein region  31.17 
 
 		 102 aa  50.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.050559 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  33.77 
 
 		 96 aa  50.4  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1241  DNA polymerase beta domain-containing protein region  33.33 
 
 		 101 aa  49.7  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.282265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0142  nucleotidyltransferase  39.73 
 
 		 86 aa  49.7  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0686  DNA polymerase beta subunit  31.96 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1295  DNA polymerase beta domain protein region  32.63 
 
 		 99 aa  49.7  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.599396  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  33.73 
 
 		 99 aa  49.3  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0627  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 101 aa  48.9  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0943  DNA polymerase beta subunit  30.61 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.744259 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0052  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 101 aa  48.9  0.00002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0550488  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2453  DNA polymerase beta domain protein region  31.88 
 
 		 109 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.17145 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  29.47 
 
 		 96 aa  48.9  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1806  DNA polymerase beta domain protein region  28.99 
 
 		 104 aa  48.9  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.943156  normal  0.843762 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1934  DNA polymerase beta domain protein region  35.29 
 
 		 104 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.739683  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2757  nucleotidyltransferase family protein  32.56 
 
 		 102 aa  48.5  0.00003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0033  hypothetical protein  38.57 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1162  DNA polymerase beta subunit  36.84 
 
 		 100 aa  48.5  0.00003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  29.59 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  28.42 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2704  DNA polymerase beta domain-containing protein region  31.11 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.272306 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0337  DNA polymerase beta domain protein region  34.92 
 
 		 86 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.707738 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2422  DNA polymerase, beta-like region  31.25 
 
 		 109 aa  47.8  0.00005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  33.7 
 
 		 110 aa  47.8  0.00005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1207  DNA polymerase beta domain protein region  32.97 
 
 		 96 aa  47.8  0.00005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0898  DNA polymerase, beta-like region  32.88 
 
 		 103 aa  47.4  0.00006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  36.62 
 
 		 129 aa  47.8  0.00006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3557  DNA polymerase beta subunit  26.8 
 
 		 254 aa  47  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1518  DNA polymerase beta domain protein region  30.77 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.361827  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  34.07 
 
 		 103 aa  46.2  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2416  DNA polymerase beta subunit  30.95 
 
 		 103 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.606985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3960  DNA polymerase beta subunit  33.78 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.886641  normal  0.332553 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  31.71 
 
 		 109 aa  46.6  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0015  hypothetical protein  31.43 
 
 		 95 aa  45.4  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3203  DNA polymerase beta subunit  29.67 
 
 		 98 aa  46.2  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1879  DNA polymerase beta domain protein region  34.78 
 
 		 113 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0829  DNA polymerase beta subunit  31.65 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141069  normal  0.412533 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1853  DNA polymerase beta domain protein region  34.78 
 
 		 113 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 169 aa  44.7  0.0005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3135  DNA polymerase beta domain protein region  53.33 
 
 		 108 aa  44.3  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.434644 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2974  DNA polymerase beta domain protein region  53.33 
 
 		 108 aa  44.3  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>