More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3001 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3001  nucleotide sugar dehydrogenase  100 
 
 
438 aa  889    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0064  nucleotide sugar dehydrogenase  81.84 
 
 
442 aa  716    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0265709  normal  0.16241 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3526  nucleotide sugar dehydrogenase  80.96 
 
 
443 aa  740    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1513  nucleotide sugar dehydrogenase  69.91 
 
 
437 aa  631  1e-179  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3615  nucleotide sugar dehydrogenase  66.67 
 
 
437 aa  616  1e-175  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285308  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3925  nucleotide sugar dehydrogenase  66.67 
 
 
437 aa  616  1e-175  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.107099  normal  0.0149623 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1859  nucleotide sugar dehydrogenase  60.67 
 
 
466 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1430  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  56.66 
 
 
450 aa  518  1e-146  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000289789  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1116  nucleotide sugar dehydrogenase  55.32 
 
 
437 aa  520  1e-146  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1185  nucleotide sugar dehydrogenase  55.09 
 
 
437 aa  519  1e-146  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0119  nucleotide sugar dehydrogenase  56.32 
 
 
435 aa  516  1.0000000000000001e-145  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.0000000027408  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4447  UDP-glucose 6-dehydrogenase  56.45 
 
 
438 aa  512  1e-144  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2308  UDP-glucose 6-dehydrogenase  56.56 
 
 
450 aa  514  1e-144  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000179328  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1057  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.56 
 
 
437 aa  509  1e-143  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4305  UDP-glucose 6-dehydrogenase  56.35 
 
 
436 aa  510  1e-143  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.434047  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4441  nucleotide sugar dehydrogenase  56.58 
 
 
435 aa  510  1e-143  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4460  nucleotide sugar dehydrogenase  56.58 
 
 
436 aa  511  1e-143  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1816  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.28 
 
 
453 aa  507  9.999999999999999e-143  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1003  nucleotide sugar dehydrogenase  56.72 
 
 
445 aa  505  9.999999999999999e-143  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.783372 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0901  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.96 
 
 
440 aa  508  9.999999999999999e-143  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.665804  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3394  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.96 
 
 
440 aa  508  9.999999999999999e-143  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.852833  normal  0.0959511 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0289  UDP-glucose 6-dehydrogenase  54.63 
 
 
447 aa  506  9.999999999999999e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1408  nucleotide sugar dehydrogenase  56.26 
 
 
445 aa  506  9.999999999999999e-143  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0334536  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0500  nucleotide sugar dehydrogenase  55.58 
 
 
440 aa  502  1e-141  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.64439  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1710  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.35 
 
 
448 aa  503  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0481028  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1502  nucleotide sugar dehydrogenase  54.67 
 
 
445 aa  499  1e-140  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.239103  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2363  nucleotide sugar dehydrogenase  54.82 
 
 
448 aa  496  1e-139  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000065452  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2287  nucleotide sugar dehydrogenase  54.65 
 
 
450 aa  495  1e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.14983  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1142  nucleotide sugar dehydrogenase  54.3 
 
 
451 aa  497  1e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1936  nucleotide sugar dehydrogenase  54.65 
 
 
450 aa  496  1e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0956  UDP-glucose 6-dehydrogenase  54.67 
 
 
444 aa  492  9.999999999999999e-139  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0821  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  54.9 
 
 
445 aa  493  9.999999999999999e-139  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2487  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.17 
 
 
442 aa  489  1e-137  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0961  UDP-glucose dehydrogenase  54.21 
 
 
440 aa  490  1e-137  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.837953  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2178  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.39 
 
 
447 aa  489  1e-137  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1534  UDP-glucose 6-dehydrogenase  54.21 
 
 
445 aa  491  1e-137  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1280  nucleotide sugar dehydrogenase  54.67 
 
 
445 aa  488  1e-136  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000077614  normal  0.824571 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2616  nucleotide sugar dehydrogenase  53.93 
 
 
449 aa  485  1e-136  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  0.111464 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1843  nucleotide sugar dehydrogenase  54.88 
 
 
441 aa  484  1e-135  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.0000229884  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1022  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.39 
 
 
452 aa  482  1e-135  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000993362  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1121  nucleotide sugar dehydrogenase  51.47 
 
 
447 aa  479  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.396392  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29960  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase protein  52.95 
 
 
440 aa  479  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1858  nucleotide sugar dehydrogenase  52.15 
 
 
450 aa  479  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.840288  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1276  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.89 
 
 
450 aa  476  1e-133  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1806  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.05 
 
 
467 aa  477  1e-133  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1244  nucleotide sugar dehydrogenase  52.44 
 
 
450 aa  474  1e-132  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.170617  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1284  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  54.09 
 
 
439 aa  473  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.583067 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0578  nucleotide sugar dehydrogenase  51.55 
 
 
453 aa  473  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.851366  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2339  nucleotide sugar dehydrogenase  52.26 
 
 
443 aa  474  1e-132  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.247119  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1223  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.17 
 
 
445 aa  473  1e-132  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000260089  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2354  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.11 
 
 
453 aa  472  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.241791  hitchhiker  0.0025213 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0463  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  52.4 
 
 
440 aa  468  1.0000000000000001e-131  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2015  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.81 
 
 
463 aa  470  1.0000000000000001e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2817  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.47 
 
 
446 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0712  nucleotide sugar dehydrogenase  53.65 
 
 
438 aa  470  1.0000000000000001e-131  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0854  nucleotide sugar dehydrogenase  51.88 
 
 
454 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.74874 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1236  nucleotide sugar dehydrogenase  51.93 
 
 
448 aa  469  1.0000000000000001e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.038693  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0750  nucleotide sugar dehydrogenase  49.46 
 
 
470 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.259677  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1072  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.11 
 
 
457 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0783  nucleotide sugar dehydrogenase  51.66 
 
 
454 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.159514 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2997  nucleotide sugar dehydrogenase  49.46 
 
 
467 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.218843  hitchhiker  0.00250768 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3200  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.16 
 
 
446 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.421836  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0913  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.88 
 
 
457 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3736  nucleotide sugar dehydrogenase  53.36 
 
 
436 aa  467  9.999999999999999e-131  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.894229  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1305  nucleotide sugar dehydrogenase  50.99 
 
 
454 aa  465  9.999999999999999e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.80175  hitchhiker  0.0000457117 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1343  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.8 
 
 
440 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.243911  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1466  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.79 
 
 
445 aa  466  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.434969  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2042  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.15 
 
 
445 aa  465  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0986  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.46 
 
 
467 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1405  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.85 
 
 
440 aa  464  9.999999999999999e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1761  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.94 
 
 
446 aa  468  9.999999999999999e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385474  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0931  nucleotide sugar dehydrogenase  51.3 
 
 
466 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2236  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.47 
 
 
452 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.66393 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0927  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.65 
 
 
466 aa  462  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.749259  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2878  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.57 
 
 
466 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.104734  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2708  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.39 
 
 
447 aa  464  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0287014  decreased coverage  0.0000651143 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1257  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.46 
 
 
445 aa  462  1e-129  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3266  putative nucleotide sugar dehydrogenase  48.87 
 
 
453 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2253  nucleotide sugar dehydrogenase  50.22 
 
 
466 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2622  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.22 
 
 
473 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0917  UDP-glucose 6-dehydrogenase 2  50.22 
 
 
473 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.853858  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4070  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.94 
 
 
449 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.476098  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1693  nucleotide sugar dehydrogenase  51.02 
 
 
445 aa  458  9.999999999999999e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.110562  hitchhiker  0.00856066 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2484  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.22 
 
 
473 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0484  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  51.82 
 
 
446 aa  458  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.323264  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38360  putative nucleotide sugar dehydrogenase  49.1 
 
 
453 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0121251 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1968  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  51.25 
 
 
448 aa  455  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.250179  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2323  nucleotide sugar dehydrogenase  52.39 
 
 
440 aa  456  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4164  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.22 
 
 
466 aa  457  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3703  nucleotide sugar dehydrogenase  49.22 
 
 
470 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.757511  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3724  nucleotide sugar dehydrogenase  49.67 
 
 
470 aa  455  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114247  normal  0.168718 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4918  nucleotide sugar dehydrogenase  50.11 
 
 
470 aa  457  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103768  hitchhiker  0.000469095 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2077  nucleotide sugar dehydrogenase  51.25 
 
 
448 aa  455  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0572  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.43 
 
 
466 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4542  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.22 
 
 
470 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1145  nucleotide sugar dehydrogenase  51.58 
 
 
444 aa  456  1e-127  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.91161  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5547  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.89 
 
 
470 aa  455  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143587  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1051  UDP-glucose 6-dehydrogenase  50.43 
 
 
466 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3821  UDP-glucose 6-dehydrogenase  49.22 
 
 
470 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2330  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  51.25 
 
 
448 aa  455  1e-127  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0299492  normal  0.148756 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>