More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2996 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
329 aa  685    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  77.51 
 
 
329 aa  562  1.0000000000000001e-159  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  69.94 
 
 
335 aa  497  1e-139  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  68.29 
 
 
354 aa  494  1e-139  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  67.99 
 
 
329 aa  492  9.999999999999999e-139  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  68.31 
 
 
332 aa  478  1e-134  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  67.81 
 
 
327 aa  470  1.0000000000000001e-131  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  67.08 
 
 
327 aa  458  9.999999999999999e-129  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  63.69 
 
 
345 aa  452  1.0000000000000001e-126  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  61.66 
 
 
330 aa  445  1.0000000000000001e-124  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.84 
 
 
358 aa  350  3e-95  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  50.47 
 
 
333 aa  348  8e-95  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.31 
 
 
354 aa  321  9.000000000000001e-87  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.05 
 
 
347 aa  319  3.9999999999999996e-86  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.68 
 
 
352 aa  318  6e-86  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50 
 
 
348 aa  317  2e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  49.37 
 
 
347 aa  309  4e-83  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.95 
 
 
346 aa  301  1e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.04 
 
 
328 aa  273  2.0000000000000002e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.48 
 
 
347 aa  270  2.9999999999999997e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  43.65 
 
 
347 aa  265  5.999999999999999e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.82 
 
 
333 aa  252  6e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  41.19 
 
 
332 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.25 
 
 
332 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.8 
 
 
320 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  41.61 
 
 
333 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  40.57 
 
 
332 aa  243  3e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.25 
 
 
332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.25 
 
 
332 aa  242  6e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  40.25 
 
 
332 aa  242  7e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  40.25 
 
 
332 aa  242  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.25 
 
 
332 aa  242  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.25 
 
 
332 aa  241  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  39.61 
 
 
336 aa  241  1e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.8 
 
 
322 aa  239  5e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  40 
 
 
326 aa  238  1e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  40 
 
 
326 aa  238  1e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  38.36 
 
 
333 aa  237  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  38.03 
 
 
318 aa  237  3e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  39.69 
 
 
324 aa  235  8e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  37.81 
 
 
319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  39.06 
 
 
322 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.85 
 
 
334 aa  233  3e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  38.77 
 
 
333 aa  233  3e-60  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  39.54 
 
 
324 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  39.54 
 
 
324 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  38.68 
 
 
332 aa  230  3e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.05 
 
 
321 aa  230  3e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.78 
 
 
351 aa  229  4e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  39.32 
 
 
335 aa  228  1e-58  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.58 
 
 
343 aa  226  3e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.46 
 
 
381 aa  226  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.3 
 
 
332 aa  226  5.0000000000000005e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.67 
 
 
337 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  37.96 
 
 
325 aa  225  8e-58  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.86 
 
 
346 aa  225  9e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.03 
 
 
321 aa  223  3e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.11 
 
 
321 aa  223  3e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  37.75 
 
 
322 aa  222  7e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.34 
 
 
337 aa  222  8e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.42 
 
 
325 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  37.91 
 
 
308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  38.04 
 
 
350 aa  219  6e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.35 
 
 
334 aa  219  7e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  38.51 
 
 
337 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  34.98 
 
 
320 aa  218  1e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  37.06 
 
 
354 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.23 
 
 
356 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  38.2 
 
 
337 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 
355 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  39.38 
 
 
327 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.38 
 
 
355 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 
355 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.48 
 
 
332 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 
355 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 
355 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.38 
 
 
355 aa  216  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  38.2 
 
 
337 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.45 
 
 
326 aa  216  5e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.15 
 
 
317 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  38.23 
 
 
356 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.57 
 
 
355 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.49 
 
 
317 aa  215  9.999999999999999e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.18 
 
 
332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  37.7 
 
 
325 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  36.88 
 
 
332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  38.2 
 
 
337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.57 
 
 
355 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  35.67 
 
 
331 aa  213  2.9999999999999995e-54  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  36.16 
 
 
334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  37.5 
 
 
355 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  37.17 
 
 
332 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  37.42 
 
 
333 aa  212  5.999999999999999e-54  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  37.17 
 
 
332 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38 
 
 
324 aa  211  9e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  36.39 
 
 
342 aa  211  1e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.71 
 
 
331 aa  211  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  39.38 
 
 
353 aa  211  2e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.62 
 
 
338 aa  210  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  37.16 
 
 
338 aa  211  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>