More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2905 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2905  recombination protein RecR  100 
 
 
204 aa  413  1e-114  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1600  recombination protein RecR  74.02 
 
 
203 aa  323  1e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.351131 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1045  recombination protein RecR  60.78 
 
 
205 aa  273  2.0000000000000002e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.414763  normal  0.641702 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3028  recombination protein RecR  60.59 
 
 
205 aa  261  6e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00303727 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0362  recombination protein RecR  60.29 
 
 
206 aa  253  2.0000000000000002e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07580  recombination protein RecR  55.88 
 
 
205 aa  248  3e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0625  recombination protein RecR  57.14 
 
 
200 aa  246  1e-64  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2171  recombination protein RecR  55.88 
 
 
206 aa  241  3.9999999999999997e-63  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0894  recombination protein RecR  54.41 
 
 
205 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1255  recombination protein RecR  57.71 
 
 
207 aa  232  3e-60  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2610  recombination protein RecR  49.53 
 
 
215 aa  218  7e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0029  DNA replication and repair protein RecR  51.5 
 
 
199 aa  208  4e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.157728  hitchhiker  0.00000915246 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0035  recombination protein RecR  48.5 
 
 
199 aa  207  6e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000323966  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4182  recombination protein RecR  48.53 
 
 
205 aa  206  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.406178  normal  0.562882 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1180  recombination protein RecR  49.5 
 
 
197 aa  205  3e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02350  DNA replication and repair protein RecR  49.22 
 
 
198 aa  205  3e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000224797  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1180  recombination protein RecR  49.5 
 
 
204 aa  205  4e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000222469  normal  0.0115718 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1207  recombination protein RecR  49.5 
 
 
197 aa  205  4e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.262054  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2142  recombination protein RecR  48.5 
 
 
199 aa  204  5e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000288624  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20770  recombination protein RecR  47.5 
 
 
198 aa  204  7e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  2.21986e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0297  recombination protein RecR  51.3 
 
 
199 aa  204  8e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0883  recombination protein RecR  48.04 
 
 
204 aa  203  1e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000254341  normal  0.0456333 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0244  recombination protein RecR  48.5 
 
 
199 aa  203  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000716421  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0465  recombination protein RecR  45.45 
 
 
199 aa  201  5e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.286719  normal  0.22081 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0593  recombination protein RecR  47.5 
 
 
199 aa  201  7e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1172  recombination protein RecR  47.06 
 
 
205 aa  201  7e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000000693632  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0044  recombination protein RecR  47.21 
 
 
199 aa  201  8e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.118922  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1284  recombination protein RecR  48.04 
 
 
204 aa  201  8e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.722454  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4814  recombination protein RecR  47.67 
 
 
199 aa  200  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25940  DNA replication and repair protein RecR  49.74 
 
 
204 aa  200  9.999999999999999e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0605  recombination protein RecR  47.98 
 
 
198 aa  200  9.999999999999999e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.813504 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0319  recombination protein RecR  46.46 
 
 
199 aa  200  9.999999999999999e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.697787  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1189  recombination protein RecR  47.03 
 
 
204 aa  199  1.9999999999999998e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00843682  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0693  recombination protein RecR  46.11 
 
 
199 aa  199  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2015  recombination protein RecR  45.96 
 
 
199 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.38119  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04720  DNA replication and repair protein RecR  47.15 
 
 
199 aa  199  3e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.41163  normal  0.431257 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2253  recombination protein RecR  48.42 
 
 
185 aa  198  5e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00314078  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0018  recombination protein RecR  46.5 
 
 
198 aa  198  5e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1399  recombination protein RecR  48.5 
 
 
192 aa  198  5e-50  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.612922  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02640  DNA replication and repair protein RecR  45.6 
 
 
199 aa  198  5e-50  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.437188  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0554  recombination protein RecR  44.56 
 
 
199 aa  198  5e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.407032  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0876  recombination protein RecR  46.08 
 
 
205 aa  197  6e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.236208  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0021  recombination protein RecR  46.5 
 
 
198 aa  197  7e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000073919  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3680  recombination protein RecR  46.11 
 
 
189 aa  197  9e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1175  recombination protein RecR  47.03 
 
 
204 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000261474  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10891  RecR protein  51.37 
 
 
182 aa  196  1.0000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.683026  normal  0.323303 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0020  recombination protein RecR  46 
 
 
198 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.153698  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4871  recombination protein RecR  47.47 
 
 
199 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0022  recombination protein RecR  46 
 
 
198 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0021  recombination protein RecR  46 
 
 
198 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0021  recombination protein RecR  46 
 
 
198 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00242068  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0268  recombination protein RecR  46.39 
 
 
199 aa  196  2.0000000000000003e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0025  recombination protein RecR  46 
 
 
198 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0026  recombination protein RecR  46 
 
 
198 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000213644  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5292  recombination protein RecR  46 
 
 
198 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000931615  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0028  recombination protein RecR  46 
 
 
198 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000212912  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0020  recombination protein RecR  46 
 
 
198 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00591739  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3124  recombination protein RecR  48.19 
 
 
199 aa  195  3e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0192329  hitchhiker  0.0000115295 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0117  recombination protein RecR  47.18 
 
 
203 aa  196  3e-49  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000471102  normal  0.0497522 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09731  recombination protein RecR  48.17 
 
 
189 aa  196  3e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01600  DNA replication and repair protein RecR  47.47 
 
 
198 aa  195  3e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000053602 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3530  recombination protein RecR  47.47 
 
 
199 aa  195  4.0000000000000005e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.188089  normal  0.594809 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0108  recombination protein RecR  45.27 
 
 
199 aa  195  4.0000000000000005e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3201  recombination protein RecR  51.53 
 
 
205 aa  195  5.000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000136854  normal  0.489368 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0017  DNA replication and repair protein RecR  48.24 
 
 
199 aa  194  5.000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0033  recombination protein RecR  50 
 
 
198 aa  194  6e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00162242  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14831  RecR protein  49.2 
 
 
182 aa  194  6e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.409588 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0116  recombination protein RecR  44.5 
 
 
198 aa  194  7e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0514  recombination protein RecR  45 
 
 
198 aa  194  8.000000000000001e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0501  recombination protein RecR  45 
 
 
198 aa  194  8.000000000000001e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00457535  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9027  recombination protein RecR  42.93 
 
 
199 aa  194  8.000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3924  recombination protein RecR  45.6 
 
 
204 aa  193  1e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00096202  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0651  DNA replication and repair protein RecR  49.73 
 
 
182 aa  193  1e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.121722  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6566  recombination protein RecR  45.36 
 
 
199 aa  194  1e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00960042  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1416  recombination protein RecR  46.99 
 
 
182 aa  193  1e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.48434  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0023  recombination protein RecR  45.5 
 
 
198 aa  193  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1288  recombination protein RecR  45.6 
 
 
200 aa  192  2e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0021  recombination protein RecR  45.5 
 
 
198 aa  193  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.134692  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0272  recombination protein RecR  46.11 
 
 
202 aa  192  2e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0048  recombination protein RecR  46.27 
 
 
198 aa  192  3e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9313  recombination protein RecR  45.45 
 
 
199 aa  192  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.430471  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0052  recombination protein RecR  46 
 
 
198 aa  192  3e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011836  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1639  DNA replication and repair protein RecR  48.98 
 
 
219 aa  191  4e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1369  recombination protein RecR  48.47 
 
 
211 aa  192  4e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1144  recombination protein RecR  44 
 
 
201 aa  192  4e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0987935  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1549  recombination protein RecR  48.47 
 
 
195 aa  191  5e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00118167  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0415  recombination protein RecR  43.52 
 
 
199 aa  191  7e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.594093  normal  0.973959 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0549  recombination protein RecR  44.56 
 
 
199 aa  191  9e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.650198 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0254  recombination protein RecR  45.6 
 
 
197 aa  190  1e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.136191  hitchhiker  0.0016505 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2291  recombination protein RecR  48.21 
 
 
205 aa  189  2e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.967474  normal  0.0406195 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1513  recombination protein RecR  47.5 
 
 
222 aa  189  2e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0279848  normal  0.919824 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0215  recombination protein RecR  45.6 
 
 
197 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0054  recombination protein RecR  45.5 
 
 
198 aa  188  4e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0057  recombination protein RecR  45.5 
 
 
198 aa  188  4e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0094  recombination protein RecR  46.94 
 
 
199 aa  188  5e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.427132  hitchhiker  0.00000395528 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2128  recombination protein RecR  48.28 
 
 
198 aa  187  8e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.505322  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0127  recombination protein RecR  45.13 
 
 
202 aa  187  8e-47  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0673  recombination protein RecR  45.96 
 
 
202 aa  187  8e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2791  recombination protein RecR  45.54 
 
 
201 aa  187  8e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0094882  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3693  recombination protein RecR  46.11 
 
 
198 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>