More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2898 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
849 aa  1734    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0474  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  37.96 
 
 
801 aa  520  1e-146  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3030  peptidoglycan lytic transglycosylase-related protein  34.93 
 
 
583 aa  267  5.999999999999999e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0565  hypothetical protein  33.18 
 
 
474 aa  249  2e-64  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0157  lytic murein transglycosylase  31.75 
 
 
312 aa  107  8e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.417814 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0033  Lytic transglycosylase catalytic  38.57 
 
 
365 aa  104  7e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  26.72 
 
 
415 aa  104  7e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  24.76 
 
 
465 aa  103  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  32.2 
 
 
447 aa  100  8e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  23.74 
 
 
587 aa  100  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1814  Lytic transglycosylase catalytic  34.72 
 
 
276 aa  98.6  5e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.322189 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1191  regulatory protein dnir  29.53 
 
 
404 aa  97.1  1e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  24.75 
 
 
475 aa  96.7  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  25.42 
 
 
464 aa  95.5  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0654  peptidoglycan-binding LysM:Lytic transglycosylase, catalytic (SLT family)  28.52 
 
 
383 aa  95.5  4e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0645436  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0673  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  26.74 
 
 
372 aa  94.4  8e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0077  Lytic transglycosylase catalytic  32.88 
 
 
322 aa  94.4  9e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1361  Lytic transglycosylase catalytic  29.26 
 
 
324 aa  94.4  9e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1082  lytic transglycosylase, catalytic  29.54 
 
 
379 aa  94  1e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  30.08 
 
 
281 aa  93.6  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  23.86 
 
 
459 aa  93.2  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1354  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  26.72 
 
 
372 aa  93.6  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.401236  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  33.62 
 
 
733 aa  93.2  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  26.39 
 
 
620 aa  92.8  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0748  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  26.45 
 
 
372 aa  92.4  3e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  23.86 
 
 
472 aa  92.4  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  30.16 
 
 
610 aa  92  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  23.86 
 
 
395 aa  91.7  6e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  34.03 
 
 
498 aa  90.9  8e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  30.6 
 
 
419 aa  90.5  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  28.99 
 
 
440 aa  89.4  2e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1334  Lytic transglycosylase catalytic  31.63 
 
 
451 aa  89.7  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12858  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  30.3 
 
 
311 aa  90.1  2e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0747324  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  30.88 
 
 
556 aa  89  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  27.49 
 
 
547 aa  88.2  6e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  23.56 
 
 
457 aa  87.8  7e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  25.86 
 
 
522 aa  87.8  7e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.38 
 
 
515 aa  87.8  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  24.42 
 
 
539 aa  87.4  9e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  21.95 
 
 
452 aa  87  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  21.95 
 
 
452 aa  87  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  21.95 
 
 
452 aa  87  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  21.95 
 
 
452 aa  87  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  21.95 
 
 
452 aa  87  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.38 
 
 
534 aa  87  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  22.2 
 
 
406 aa  86.7  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  22.2 
 
 
406 aa  86.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  24.44 
 
 
523 aa  85.9  0.000000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  24.15 
 
 
617 aa  85.9  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  21.7 
 
 
452 aa  85.5  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  22.95 
 
 
457 aa  85.1  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21721  LysM domain-containing protein  31.77 
 
 
499 aa  84.3  0.000000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0486774 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  21.65 
 
 
455 aa  83.6  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  30.99 
 
 
544 aa  83.6  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0032  Lytic transglycosylase catalytic  29.13 
 
 
413 aa  83.2  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.367331 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3005  peptidoglycan-binding LysM  31.09 
 
 
423 aa  82.8  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000564074  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  30.57 
 
 
492 aa  82  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  29.08 
 
 
539 aa  82  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00097  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.38 
 
 
576 aa  81.6  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  33.08 
 
 
473 aa  81.6  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0034  Lytic transglycosylase catalytic  29.59 
 
 
355 aa  81.3  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.312775  normal  0.0969684 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002256  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiB precursor  29.05 
 
 
571 aa  81.3  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000111797  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  24.77 
 
 
523 aa  81.3  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  32.47 
 
 
499 aa  80.9  0.00000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  27.41 
 
 
506 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  32.31 
 
 
476 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  28.45 
 
 
451 aa  80.1  0.0000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  25 
 
 
612 aa  80.5  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  24.54 
 
 
555 aa  80.5  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  25 
 
 
612 aa  80.5  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  32.47 
 
 
507 aa  80.1  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  33.08 
 
 
476 aa  80.1  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  32.31 
 
 
476 aa  80.1  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  35 
 
 
448 aa  80.1  0.0000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3070  Lytic transglycosylase catalytic  36.64 
 
 
259 aa  79.3  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.32809  normal  0.422558 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1378  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.18 
 
 
495 aa  79.3  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  24.81 
 
 
530 aa  79.3  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  24.55 
 
 
552 aa  79.3  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  24.55 
 
 
531 aa  79  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  24.55 
 
 
530 aa  79.3  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1189  SLT:MLTD_N  30.51 
 
 
507 aa  79  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  29.79 
 
 
405 aa  79  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  22.44 
 
 
543 aa  78.6  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2304  Lytic transglycosylase catalytic  35.95 
 
 
358 aa  79  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.85 
 
 
530 aa  78.2  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  33.85 
 
 
534 aa  78.6  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0499  Lytic transglycosylase catalytic  40.38 
 
 
279 aa  78.6  0.0000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.809571  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  38.32 
 
 
498 aa  78.6  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  24.55 
 
 
530 aa  78.2  0.0000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  24.55 
 
 
530 aa  78.2  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  24.55 
 
 
553 aa  78.2  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  24.55 
 
 
530 aa  78.2  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  32.41 
 
 
499 aa  78.2  0.0000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  29.61 
 
 
484 aa  77.8  0.0000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  29.61 
 
 
487 aa  77  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  28.87 
 
 
550 aa  77  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.46 
 
 
797 aa  77  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  38.05 
 
 
516 aa  77.4  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  37.5 
 
 
495 aa  77.4  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  33.1 
 
 
498 aa  77.4  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>