More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2578 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 343 aa  713    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  64.43 
 
 		 348 aa  479  1e-134  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.45 
 
 		 348 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  60.3 
 
 		 342 aa  427  1e-118  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  57.88 
 
 		 341 aa  420  1e-116  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  56.63 
 
 		 347 aa  397  1e-109  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  55.49 
 
 		 352 aa  391  1e-108  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  50.28 
 
 		 356 aa  365  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.35 
 
 		 356 aa  357  9.999999999999999e-98  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.87 
 
 		 350 aa  300  2e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  47.06 
 
 		 346 aa  299  5e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  44.51 
 
 		 347 aa  295  8e-79  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  45.09 
 
 		 354 aa  293  3e-78  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  47.77 
 
 		 354 aa  290  3e-77  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  45.13 
 
 		 349 aa  275  7e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  46.52 
 
 		 363 aa  275  8e-73  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  49.19 
 
 		 306 aa  271  1e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  48.21 
 
 		 306 aa  267  2e-70  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  44.01 
 
 		 355 aa  261  8e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  43.12 
 
 		 320 aa  257  3e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.6 
 
 		 303 aa  252  6e-66  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.63 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  42.95 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.63 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  42.63 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.63 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.63 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.63 
 
 		 302 aa  249  4e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  46.23 
 
 		 334 aa  248  9e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  42.64 
 
 		 306 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  42.32 
 
 		 302 aa  248  1e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  45.07 
 
 		 304 aa  248  1e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.22 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  43.89 
 
 		 302 aa  247  3e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  41.85 
 
 		 313 aa  246  3e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  44.73 
 
 		 305 aa  247  3e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  44.73 
 
 		 305 aa  247  3e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  41.69 
 
 		 302 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.3 
 
 		 326 aa  245  6.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.45 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.3 
 
 		 326 aa  243  3.9999999999999997e-63  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  42.21 
 
 		 305 aa  242  6e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  44.08 
 
 		 304 aa  242  7e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  40.84 
 
 		 334 aa  242  7.999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  43.18 
 
 		 309 aa  241  9e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  42.24 
 
 		 303 aa  241  9e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  41.72 
 
 		 304 aa  241  1e-62  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.3 
 
 		 347 aa  240  2e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.3 
 
 		 334 aa  241  2e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.52 
 
 		 343 aa  240  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  42.9 
 
 		 305 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  44.48 
 
 		 319 aa  239  4e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.51 
 
 		 303 aa  239  5e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  39.61 
 
 		 315 aa  239  5.999999999999999e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  44.63 
 
 		 319 aa  239  6.999999999999999e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.09 
 
 		 343 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.3 
 
 		 301 aa  238  8e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  40.97 
 
 		 345 aa  237  2e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  42.01 
 
 		 342 aa  236  3e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.8 
 
 		 403 aa  236  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.44 
 
 		 296 aa  235  6e-61  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  42.53 
 
 		 400 aa  235  7e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.03 
 
 		 321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.46 
 
 		 438 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.29 
 
 		 335 aa  234  2.0000000000000002e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  38.86 
 
 		 336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  39.88 
 
 		 328 aa  233  5e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  43 
 
 		 407 aa  232  6e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  43 
 
 		 405 aa  232  6e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  41.72 
 
 		 331 aa  231  1e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  44.27 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  41.81 
 
 		 377 aa  230  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  41.35 
 
 		 314 aa  230  2e-59  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  38.97 
 
 		 310 aa  231  2e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.44 
 
 		 310 aa  230  3e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.21 
 
 		 304 aa  230  3e-59  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.72 
 
 		 391 aa  229  4e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  40.94 
 
 		 323 aa  229  5e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  40.88 
 
 		 341 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  41.69 
 
 		 402 aa  229  5e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  41.69 
 
 		 402 aa  229  5e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  40.57 
 
 		 341 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.69 
 
 		 402 aa  229  6e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  38.99 
 
 		 305 aa  229  6e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  39.02 
 
 		 305 aa  229  7e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  42.16 
 
 		 431 aa  229  7e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  41.69 
 
 		 360 aa  228  8e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.26 
 
 		 296 aa  228  1e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  42.95 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  42.14 
 
 		 343 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  39.49 
 
 		 370 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  49.19 
 
 		 376 aa  226  3e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  39.49 
 
 		 370 aa  226  4e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.79 
 
 		 319 aa  226  4e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  39.21 
 
 		 345 aa  226  4e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.78 
 
 		 333 aa  226  6e-58  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.21 
 
 		 322 aa  225  9e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  39.69 
 
 		 343 aa  225  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  42.01 
 
 		 346 aa  224  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.79 
 
 		 319 aa  224  2e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>