More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2335 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2335  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 209 aa  426  1e-118  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.938318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2086  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.8 
 
 		 220 aa  187  9e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5301  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.65 
 
 		 212 aa  169  3e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0298564 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1284  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.81 
 
 		 209 aa  166  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.108206  normal  0.346883 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1286  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.16 
 
 		 215 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.13459  normal  0.233078 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4796  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.65 
 
 		 206 aa  160  9e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00878953 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4114  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.65 
 
 		 208 aa  151  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0576718  normal  0.109105 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1662  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.95 
 
 		 199 aa  135  5e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214082  normal  0.496902 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1285  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.85 
 
 		 209 aa  123  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0996283  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1909  response regulator receiver protein  37.62 
 
 		 220 aa  121  8e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.631594  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  34.5 
 
 		 229 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1276  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.34 
 
 		 209 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.161375  normal  0.335829 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  35.64 
 
 		 214 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  35.64 
 
 		 214 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  35.64 
 
 		 214 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  35.64 
 
 		 214 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3074  two component LuxR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 218 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2441  two component LuxR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 218 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3055  two component LuxR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 218 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.327843  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2237  two component LuxR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 211 aa  114  7.999999999999999e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  35.32 
 
 		 214 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  35.32 
 
 		 214 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3668  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.14 
 
 		 213 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  35.32 
 
 		 214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1565  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.14 
 
 		 214 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1639  response regulator  34.65 
 
 		 226 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00137195  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2966  two component LuxR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 218 aa  112  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.288922 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1436  response regulator  34.16 
 
 		 214 aa  113  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.794512  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  33.66 
 
 		 214 aa  112  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3100  two component LuxR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 218 aa  112  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.650822  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6403  two component LuxR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 271 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.285313 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  32.5 
 
 		 219 aa  112  5e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1607  response regulator  35.15 
 
 		 214 aa  112  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000106395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1953  response regulator  34.16 
 
 		 214 aa  112  5e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00404481  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0896  LuxR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 214 aa  111  7.000000000000001e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  33.66 
 
 		 214 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0998  response regulator  32.66 
 
 		 214 aa  111  7.000000000000001e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2699  transmission activator LetA  32.5 
 
 		 219 aa  111  8.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3494  two component LuxR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 226 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.514045  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1860  response regulator  34.65 
 
 		 214 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00490  hypothetical protein  33.33 
 
 		 210 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  33.33 
 
 		 210 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1460  two component LuxR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 210 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.39219  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0610  transcriptional regulator FimZ  33.33 
 
 		 210 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3078  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.84 
 
 		 210 aa  109  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0580  transcriptional regulator FimZ  32.84 
 
 		 210 aa  109  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2158  two component LuxR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 210 aa  109  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0301144 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  33.67 
 
 		 218 aa  109  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0636  transcriptional regulator FimZ  32.84 
 
 		 210 aa  109  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.931873  normal  0.250092 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0577  transcriptional regulator FimZ  32.84 
 
 		 210 aa  109  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3052  two component LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 218 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.317078  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.17 
 
 		 218 aa  108  5e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000321601  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2103  response regulator  32.66 
 
 		 218 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0532421  hitchhiker  0.00988724 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1296  response regulator  32.66 
 
 		 218 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0547167  hitchhiker  0.00000564902 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2162  response regulator  32.66 
 
 		 218 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.284818  hitchhiker  0.000000016111 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1173  response regulator  32.66 
 
 		 218 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  33.17 
 
 		 218 aa  108  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2150  response regulator  34.31 
 
 		 216 aa  108  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0590135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  33.17 
 
 		 218 aa  108  5e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  33.17 
 
 		 218 aa  108  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000040455  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1400  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 205 aa  108  6e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1429  two component LuxR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 211 aa  108  6e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.85494 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  33.17 
 
 		 218 aa  108  8.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000957663  normal  0.053055 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  33.17 
 
 		 218 aa  108  8.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124814  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0121  two component LuxR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 210 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.830531  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2110  response regulator  32.66 
 
 		 218 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.167551  hitchhiker  0.00000000000000238763 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0153  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.65 
 
 		 210 aa  107  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0292  response regulator transcription regulator protein  33.99 
 
 		 210 aa  106  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  33.5 
 
 		 218 aa  106  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  31.5 
 
 		 214 aa  106  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.18 
 
 		 210 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.520546 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4334  two component LuxR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 209 aa  106  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1850  two component LuxR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 216 aa  106  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 210 aa  105  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 216 aa  105  4e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.65 
 
 		 210 aa  105  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6866  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.1 
 
 		 202 aa  105  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140006  normal  0.169631 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  32.16 
 
 		 216 aa  105  5e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0231  LuxR family DNA-binding response regulator  34.67 
 
 		 218 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.214964  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3290  LuxR family DNA-binding response regulator  34.67 
 
 		 455 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0425  LuxR family DNA-binding response regulator  34.67 
 
 		 218 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0536791  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0243  LuxR family DNA-binding response regulator  34.67 
 
 		 218 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2133  LuxR family DNA-binding response regulator  34.67 
 
 		 218 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6314  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.54 
 
 		 216 aa  105  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3391  LuxR family DNA-binding response regulator  34.67 
 
 		 218 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  34 
 
 		 213 aa  105  6e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0145  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.16 
 
 		 210 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2955  LuxR family DNA-binding response regulator  34.67 
 
 		 218 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0901  two component LuxR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 235 aa  105  7e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2160  LuxR family DNA-binding response regulator  32.34 
 
 		 210 aa  104  8e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2269  two component LuxR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 210 aa  104  8e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 214 aa  104  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1526  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.66 
 
 		 215 aa  104  9e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.88337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  32 
 
 		 214 aa  104  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  33.83 
 
 		 214 aa  103  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2613  response regulator GacA  33.83 
 
 		 214 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1450  response regulator  31.84 
 
 		 218 aa  103  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30650  response regulator GacA  33.83 
 
 		 214 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00700013 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7764  two component LuxR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 210 aa  103  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.527093  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>