More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2318 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  100 
 
 		 1298 aa  2687    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  33.63 
 
 		 1311 aa  662    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  32.49 
 
 		 1344 aa  693    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  34.76 
 
 		 1343 aa  729    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  28.24 
 
 		 1370 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  28.42 
 
 		 1400 aa  506  1e-141  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  27.87 
 
 		 1342 aa  500  1e-140  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  27.43 
 
 		 1306 aa  499  1e-139  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  28.43 
 
 		 1378 aa  499  1e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  28.25 
 
 		 1374 aa  491  1e-137  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  27.73 
 
 		 1397 aa  493  1e-137  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  29.1 
 
 		 1378 aa  490  1e-137  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  29.52 
 
 		 1355 aa  489  1e-136  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  27.42 
 
 		 1335 aa  489  1e-136  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  32.46 
 
 		 1384 aa  485  1e-135  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  28.22 
 
 		 1355 aa  476  1e-132  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  27.72 
 
 		 1347 aa  470  1.0000000000000001e-131  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  28.06 
 
 		 1418 aa  468  9.999999999999999e-131  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  26.92 
 
 		 1313 aa  467  9.999999999999999e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  27.38 
 
 		 1373 aa  468  9.999999999999999e-131  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  27.77 
 
 		 1316 aa  460  9.999999999999999e-129  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  27.7 
 
 		 1340 aa  458  1e-127  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  27.94 
 
 		 1334 aa  459  1e-127  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  33.29 
 
 		 1374 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  28.01 
 
 		 1363 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  32.35 
 
 		 1373 aa  454  1.0000000000000001e-126  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  32.84 
 
 		 1366 aa  445  1e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  27.28 
 
 		 1404 aa  437  1e-121  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  29.24 
 
 		 1388 aa  436  1e-120  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  27.62 
 
 		 1327 aa  433  1e-120  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  28.9 
 
 		 1278 aa  431  1e-119  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  27.2 
 
 		 1344 aa  430  1e-119  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  26.77 
 
 		 1396 aa  422  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  26.9 
 
 		 1324 aa  408  1.0000000000000001e-112  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  25.71 
 
 		 1349 aa  397  1e-109  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  35.16 
 
 		 1366 aa  392  1e-107  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  26.01 
 
 		 1526 aa  389  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  25.14 
 
 		 1347 aa  382  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  40.04 
 
 		 677 aa  377  1e-103  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  24.64 
 
 		 1376 aa  376  1e-102  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4604  histidine kinase  39.37 
 
 		 663 aa  360  9.999999999999999e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  24.29 
 
 		 1374 aa  350  8e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  25.88 
 
 		 1407 aa  344  7e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1905  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  40.11 
 
 		 668 aa  337  7e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0295515  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  25.7 
 
 		 1414 aa  310  8e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  31.64 
 
 		 934 aa  291  7e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 1341 aa  290  2e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  33.51 
 
 		 940 aa  288  5.999999999999999e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 904 aa  280  2e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  24.62 
 
 		 1296 aa  278  4e-73  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  26.29 
 
 		 1086 aa  277  1.0000000000000001e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  25.48 
 
 		 1093 aa  276  2.0000000000000002e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  24.51 
 
 		 1105 aa  275  6e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  31.64 
 
 		 993 aa  274  8.000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  24.5 
 
 		 1070 aa  261  9e-68  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  23.28 
 
 		 1070 aa  255  3e-66  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  25.45 
 
 		 1346 aa  254  5.000000000000001e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  23.55 
 
 		 1351 aa  253  1e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  32.89 
 
 		 961 aa  244  7e-63  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  23.38 
 
 		 1175 aa  243  2e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 		 1498 aa  239  3e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  22.6 
 
 		 1063 aa  238  6e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1086  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.89 
 
 		 1431 aa  235  4.0000000000000004e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  23.95 
 
 		 1118 aa  229  2e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  24.47 
 
 		 1278 aa  230  2e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2399  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.64 
 
 		 1131 aa  229  3e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4611  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.02 
 
 		 1002 aa  224  7e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.367657 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.94 
 
 		 978 aa  223  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149383  normal  0.186346 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01690  histidine kinase-response regulator hybrid protein  22.86 
 
 		 1191 aa  223  3e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  33.96 
 
 		 1427 aa  222  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  23.91 
 
 		 1024 aa  221  5e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4608  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 		 1645 aa  222  5e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.284957  normal  0.407853 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.81 
 
 		 1711 aa  221  5e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  35.49 
 
 		 1051 aa  220  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 		 1153 aa  220  1e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359014  hitchhiker  0.0000017622 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3745  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 		 1010 aa  219  2.9999999999999998e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.412805  hitchhiker  0.00597184 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2687  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 		 1013 aa  218  5.9999999999999996e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.70216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2904  histidine kinase  34.27 
 
 		 876 aa  218  7e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0209815 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.61 
 
 		 1631 aa  218  9e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 		 1415 aa  216  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4352  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.57 
 
 		 1287 aa  216  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.06083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  34.42 
 
 		 1202 aa  216  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.49 
 
 		 1514 aa  216  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.28 
 
 		 1426 aa  215  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0148  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 		 1048 aa  214  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.872071 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.64 
 
 		 1514 aa  213  2e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3042  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.02 
 
 		 1181 aa  213  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.227036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.02 
 
 		 1390 aa  212  3e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.02 
 
 		 1390 aa  212  3e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.32 
 
 		 1385 aa  212  5e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.04 
 
 		 1140 aa  211  7e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4539  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  30.96 
 
 		 1152 aa  211  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329946  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.42 
 
 		 1383 aa  211  1e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.79 
 
 		 1390 aa  209  2e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 		 1651 aa  209  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0688  histidine kinase/response regulator hybrid protein  29.45 
 
 		 1179 aa  209  3e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.09 
 
 		 1361 aa  209  4e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0578  histidine kinase  31.87 
 
 		 732 aa  208  6e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2239  adenylate/guanylate cyclase  32.79 
 
 		 1156 aa  207  7e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3155  adenylate/guanylate cyclase  32.49 
 
 		 1172 aa  207  8e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.386213  hitchhiker  0.00095291 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>