More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2188 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2208  PKD domain containing protein  42.18 
 
 		 908 aa  679    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0778173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1484  PKD domain containing protein  49.34 
 
 		 918 aa  838    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.287223 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2188  cytochrome c class I  100 
 
 		 1151 aa  2385    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5332  PKD domain containing protein  42.5 
 
 		 909 aa  677    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0649636  normal  0.493539 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4030  PKD domain containing protein  43.89 
 
 		 1182 aa  919    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.775047 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3440  PKD domain containing protein  50.76 
 
 		 1143 aa  1103    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4398  PKD domain containing protein  62.05 
 
 		 1142 aa  1472    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0061097  normal  0.588694 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11080  glucose/sorbosone dehydrogenase  45.47 
 
 		 1505 aa  692    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.120578  normal  0.319442 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4672  PKD domain containing protein  53.41 
 
 		 941 aa  957    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612479  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7275  PKD domain containing protein  46.26 
 
 		 1138 aa  989    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000186518  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2322  protein of unknown function DUF1080  43.9 
 
 		 1444 aa  651    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.205839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5054  PKD domain containing protein  50.18 
 
 		 1135 aa  1083    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1903  Carbohydrate binding family 6  43.23 
 
 		 918 aa  680    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.602156  normal  0.263579 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0335  PKD domain containing protein  48.79 
 
 		 984 aa  837    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.16291  normal  0.953666 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12340  glucose/sorbosone dehydrogenase  40.45 
 
 		 1200 aa  608  9.999999999999999e-173  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.217847 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0722  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 800 aa  576  1.0000000000000001e-163  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3787  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  34.95 
 
 		 945 aa  408  1.0000000000000001e-112  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.339008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21190  protein of Unknown Function (DUF1080)  32.83 
 
 		 1194 aa  387  1e-106  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.900923  normal  0.894931 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7912  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  40.76 
 
 		 953 aa  385  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.241269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0731  Crp/FNR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 245 aa  274  9e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7276  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.1 
 
 		 272 aa  266  2e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.127431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1732  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 232 aa  229  3e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.901856  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7911  hypothetical protein  48.21 
 
 		 392 aa  219  2e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1220  sigma-70 factor  41.6 
 
 		 260 aa  207  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0178676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4674  hypothetical protein  45.45 
 
 		 279 aa  199  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.929518  normal  0.751673 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1372  sigma-70 factor  39.68 
 
 		 247 aa  191  5e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10102  normal  0.203538 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1804  hypothetical protein  42.99 
 
 		 276 aa  186  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.261769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4526  sigma-70 factor  42.86 
 
 		 255 aa  182  2.9999999999999997e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0837  FG-GAP repeat protein  41.01 
 
 		 895 aa  169  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2016  hypothetical protein  35.6 
 
 		 275 aa  167  9e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2320  hypothetical protein  36.64 
 
 		 375 aa  158  6e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2965  PKD domain-containing protein  27.32 
 
 		 1029 aa  147  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.651624  normal  0.0385802 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0069  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 277 aa  146  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4304  protein of unknown function DUF1037  33.09 
 
 		 285 aa  136  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.456922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1221  glucose/sorbosone dehydrogenase-related  25.61 
 
 		 1657 aa  135  6e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.141757  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02570  glycosyl-hydrolase, putative  31.54 
 
 		 346 aa  124  9.999999999999999e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0521  PA14 domain protein  26.5 
 
 		 841 aa  113  2.0000000000000002e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.387199  hitchhiker  0.000185661 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1715  hypothetical protein  32.62 
 
 		 394 aa  108  5e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.296099  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0474  glucose/sorbosone dehydrogenase  32.62 
 
 		 369 aa  108  9e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4878  PKD domain containing protein  25.66 
 
 		 1081 aa  107  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.846856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1803  hypothetical protein  30.63 
 
 		 292 aa  107  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.156563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0959  hypothetical protein  32.28 
 
 		 419 aa  106  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5339  glucose sorbosone dehydrogenase  28.23 
 
 		 413 aa  107  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.384177  normal  0.194322 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1382  glycosyl hydrolase  30.94 
 
 		 296 aa  105  5e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.213541  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4812  glucose sorbosone dehydrogenase  28.93 
 
 		 387 aa  103  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2375  glucose/sorbosone dehydrogenases-like  30.96 
 
 		 2172 aa  102  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.842796  normal  0.181989 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36860  glucose/sorbosone dehydrogenase  24.61 
 
 		 892 aa  101  9e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.095894  normal  0.0512972 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2315  glucose/sorbosone dehydrogenase  27.01 
 
 		 412 aa  100  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.702038 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0363  glucose sorbosone dehydrogenase  29.96 
 
 		 422 aa  99  4e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.510495  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3844  glucose sorbosone dehydrogenase  30.37 
 
 		 407 aa  99.4  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0391  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  26.56 
 
 		 455 aa  99.4  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.101157 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1830  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.62 
 
 		 442 aa  98.6  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.922433  normal  0.747295 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1160  glucose sorbosone dehydrogenase  29.41 
 
 		 377 aa  98.2  8e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0552  glucose sorbosone dehydrogenase  29.17 
 
 		 360 aa  98.2  8e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.0000617979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1440  glucose sorbosone dehydrogenase  25.34 
 
 		 530 aa  98.2  9e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453751 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2887  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  30.04 
 
 		 396 aa  97.8  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0670261 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0775  PKD domain-containing protein  24.16 
 
 		 999 aa  97.4  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.482876  normal  0.807579 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1791  hypothetical protein  28.52 
 
 		 411 aa  96.7  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00386684 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0779  PKD domain-containing protein  23.99 
 
 		 999 aa  96.7  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0794  PKD domain-containing protein  23.99 
 
 		 999 aa  96.7  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.135837  normal  0.0870072 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1511  glucose sorbosone dehydrogenase  30.26 
 
 		 374 aa  96.3  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1315  glucose sorbosone dehydrogenase  30.26 
 
 		 374 aa  95.9  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4458  glucose sorbosone dehydrogenase  29.2 
 
 		 430 aa  95.5  5e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0140  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.87 
 
 		 451 aa  95.5  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.5933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0158  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.77 
 
 		 450 aa  95.5  5e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1678  glucose sorbosone dehydrogenase  24.19 
 
 		 388 aa  95.1  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0214207  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1693  cytochrome c class I  51.81 
 
 		 118 aa  94.4  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.504006 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1249  PKD domain-containing protein  24.58 
 
 		 712 aa  94.7  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.8229  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4181  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.86 
 
 		 570 aa  93.6  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.100139  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6303  glucose sorbosone dehydrogenase  27.15 
 
 		 377 aa  93.6  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2870  hypothetical protein  31.2 
 
 		 408 aa  92.8  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1240  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.22 
 
 		 809 aa  92.4  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167459 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5117  Carbohydrate binding family 6  23.88 
 
 		 1132 aa  92.4  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.17685 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7278  cytochrome c class I  54.55 
 
 		 138 aa  92  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2489  hypothetical protein  31.05 
 
 		 371 aa  92.4  5e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.234547 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2646  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.58 
 
 		 367 aa  92  6e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0744943  normal  0.337363 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1945  glucose sorbosone dehydrogenase  27.31 
 
 		 388 aa  91.7  8e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.404392  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1142  glucose sorbosone dehydrogenase  30.07 
 
 		 382 aa  91.3  9e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.320436  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1100  glucose sorbosone dehydrogenase  30.04 
 
 		 383 aa  91.3  9e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0825  glucose sorbosone dehydrogenase  23.54 
 
 		 405 aa  90.9  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2908  putative secreted glycosyl hydrolase  28.05 
 
 		 266 aa  91.3  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2740  glucose sorbosone dehydrogenase  26.96 
 
 		 399 aa  89.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0485  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.5 
 
 		 387 aa  89  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.335617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1294  glucose sorbosone dehydrogenase  27.01 
 
 		 391 aa  89  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.298447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4807  glucose sorbosone dehydrogenase  27.11 
 
 		 392 aa  89  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.916412  normal  0.104055 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2694  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  30.73 
 
 		 520 aa  88.2  9e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.439378  normal  0.199707 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5245  glucose/sorbosone dehydrogenases-like protein  27.9 
 
 		 585 aa  88.2  9e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3307  glucose sorbosone dehydrogenase  27.7 
 
 		 408 aa  87.8  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3648  cytochrome c class I  46.24 
 
 		 135 aa  86.3  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1788  glucose sorbosone dehydrogenase  28.18 
 
 		 391 aa  85.5  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0330731 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2262  glucose dehydrogenase  27.67 
 
 		 384 aa  85.5  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2820  hypothetical protein  26.12 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133052  hitchhiker  0.00217899 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3256  hypothetical protein  27.12 
 
 		 351 aa  84.7  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.304982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1796  glucose sorbosone dehydrogenase  25.84 
 
 		 392 aa  84.7  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.10437  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3593  glucose sorbosone dehydrogenase  25.3 
 
 		 395 aa  84.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2521  glucose sorbosone dehydrogenase  25.3 
 
 		 395 aa  84.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.21854  normal  0.577738 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3928  glucose sorbosone dehydrogenase  27.78 
 
 		 387 aa  84  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2907  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.89 
 
 		 601 aa  84.3  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1010  PKD domain-containing protein  26.47 
 
 		 342 aa  84  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.740866  normal  0.234047 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2369  hypothetical protein  25.65 
 
 		 384 aa  83.6  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.265208  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>