More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2104 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 298 aa  622  1e-177  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  39.93 
 
 		 301 aa  245  8e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000994716  hitchhiker  0.0000611237 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.76 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  37.33 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  37.33 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  30.07 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  31.23 
 
 		 297 aa  149  8e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  30.8 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 293 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  32.58 
 
 		 303 aa  145  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1573  transcriptional regulator MmsR  31.47 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18110  transcriptional regulator MmsR  31.12 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  30.3 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0347  AraC family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 288 aa  92.4  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0415  AraC family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 288 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.547266  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1312  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 309 aa  91.3  2e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 278 aa  90.5  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23290  transcriptional regulator, AraC family  26.12 
 
 		 276 aa  89.4  7e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 282 aa  89.4  7e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  25.71 
 
 		 273 aa  87.4  2e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  40.62 
 
 		 537 aa  87.4  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 538 aa  86.7  5e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  26.59 
 
 		 314 aa  85.9  7e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 533 aa  86.3  7e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 279 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7100  transcriptional regulator, AraC family  28.51 
 
 		 292 aa  84.7  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.723966  normal  0.268951 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  40.4 
 
 		 257 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  23.89 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.79 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  24.79 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  44.66 
 
 		 546 aa  82.4  0.000000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0936  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.352467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  40.91 
 
 		 386 aa  81.3  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  26.29 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  26.29 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.19 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 519 aa  80.5  0.00000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.81 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2248  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.9 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000211757 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 292 aa  79  0.00000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 304 aa  79  0.00000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  27.95 
 
 		 529 aa  79  0.00000000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.75 
 
 		 325 aa  78.6  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  36.28 
 
 		 532 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  41.35 
 
 		 347 aa  78.6  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 198 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 286 aa  78.2  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  25.71 
 
 		 331 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  26.02 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3751  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  38.14 
 
 		 198 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000128468 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 277 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  39.6 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3788  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  39.18 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2264  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.9 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2677  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 274 aa  77  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3249  two component transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 		 531 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  35.24 
 
 		 345 aa  76.6  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3772  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  37.25 
 
 		 198 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  37.62 
 
 		 360 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6978  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain-like protein  39.29 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 250 aa  75.9  0.0000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  34.34 
 
 		 530 aa  75.9  0.0000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.38 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3585  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  37.11 
 
 		 198 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3485  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 198 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.781082  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3428  transcriptional regulator, AraC family  24.49 
 
 		 265 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  34.91 
 
 		 160 aa  75.5  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3869  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  37.11 
 
 		 198 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3436  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 279 aa  75.1  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.462825 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 329 aa  75.1  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  34 
 
 		 293 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 316 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1459  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  36.08 
 
 		 198 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000164097 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 118 aa  74.7  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 532 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3508  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 196 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0210792  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 513 aa  74.7  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 517 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 330 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 330 aa  74.7  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 285 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  27.4 
 
 		 529 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 330 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3405  two component AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 253 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.100445  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3840  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  36.08 
 
 		 198 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1993  transcriptional regulator, AraC family  38.54 
 
 		 508 aa  73.9  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.04683  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 		 292 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 330 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 360 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 327 aa  73.9  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2141  two component AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 260 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  24.61 
 
 		 288 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3095  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 313 aa  73.2  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.570459 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>