More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1307 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_1307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
275 aa  557  1e-158  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.274606 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.54 
 
 
272 aa  392  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.24 
 
 
272 aa  362  4e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.3 
 
 
272 aa  329  2e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.743458 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0756  short chain dehydrogenase  57.93 
 
 
274 aa  312  3.9999999999999997e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.624051 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0762  short chain dehydrogenase  57.93 
 
 
274 aa  311  6.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0776  short chain dehydrogenase  57.93 
 
 
274 aa  311  6.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.78 
 
 
268 aa  311  9e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.392753  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  54.58 
 
 
274 aa  300  2e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0982  short chain dehydrogenase  55.72 
 
 
285 aa  299  3e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.21 
 
 
274 aa  293  2e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal  0.0715195 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.09 
 
 
273 aa  286  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.180623  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0037  short chain dehydrogenase  52.92 
 
 
283 aa  286  2e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  52.38 
 
 
303 aa  281  9e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.92 
 
 
273 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0135056  normal  0.0706675 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  48.16 
 
 
282 aa  258  9e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0057  short chain dehydrogenase  44.78 
 
 
287 aa  235  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.551816 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6368  short chain dehydrogenase  45.62 
 
 
279 aa  218  7.999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.16 
 
 
292 aa  213  3.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0526  short chain dehydrogenase  46.49 
 
 
279 aa  211  9e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.928222  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.89 
 
 
293 aa  208  6e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0885  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
305 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
281 aa  203  3e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  46.28 
 
 
280 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 
278 aa  201  7e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.314719  normal  0.674601 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.54 
 
 
276 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 
279 aa  200  1.9999999999999998e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.205485  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1825  short chain dehydrogenase  42.39 
 
 
278 aa  199  3e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.356255  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  45.2 
 
 
280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.33 
 
 
289 aa  198  7e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.312268  normal  0.0519409 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  42.21 
 
 
286 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.12 
 
 
281 aa  196  3e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243534  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  43.98 
 
 
280 aa  196  3e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6770  short chain dehydrogenase  42.96 
 
 
276 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
282 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
295 aa  193  2e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.579466 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12080  short-chain alcohol dehydrogenase  43.67 
 
 
266 aa  192  4e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.77 
 
 
282 aa  192  4e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3237  short chain dehydrogenase  40.74 
 
 
274 aa  192  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.996911 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.01 
 
 
290 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2331  short chain dehydrogenase  45.05 
 
 
285 aa  190  2e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000899921 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.26 
 
 
287 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
282 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.749773 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.48 
 
 
291 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.321588  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.48 
 
 
291 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.48 
 
 
291 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403602  normal  0.010149 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.41 
 
 
277 aa  188  8e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.875416  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.37 
 
 
293 aa  188  9e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.935944  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
279 aa  188  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.016311  normal  0.275605 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
293 aa  186  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.426918 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  39.34 
 
 
280 aa  186  5e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
280 aa  186  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0244  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.864634 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 
290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
282 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1176  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
286 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0918561 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.95 
 
 
279 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851419  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.19 
 
 
279 aa  180  2.9999999999999997e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  40.24 
 
 
284 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1177  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
288 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 
290 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 
290 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.507857  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.95 
 
 
282 aa  176  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.599912  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
274 aa  176  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.12295  normal  0.414584 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
283 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
279 aa  175  6e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000868521 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.13 
 
 
280 aa  175  7e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 
281 aa  175  8e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00884029  normal  0.105583 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 
296 aa  174  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 
286 aa  173  1.9999999999999998e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
285 aa  173  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.103253 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  39.43 
 
 
284 aa  172  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
285 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.95 
 
 
276 aa  171  1e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
275 aa  171  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.286455  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.37 
 
 
283 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.35 
 
 
276 aa  170  2e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000215509 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
282 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.889604  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0703  Short-chain alcohol dehydrogenase  36.36 
 
 
284 aa  171  2e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.465762  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1178  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
286 aa  169  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 
284 aa  169  4e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.329601  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1744  short chain dehydrogenase  39.93 
 
 
275 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324234  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3278  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.71 
 
 
276 aa  168  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
280 aa  168  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.140446  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 
280 aa  168  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0984  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
283 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
279 aa  167  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46420  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 
277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000350021  hitchhiker  0.000971378 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
279 aa  166  4e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141613  normal  0.0207226 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0971  Short-chain alcohol dehydrogenase  37.82 
 
 
287 aa  166  4e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  35.42 
 
 
276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4299  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0757  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  33.94 
 
 
282 aa  163  2.0000000000000002e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0227485  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1687  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 
279 aa  163  3e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.41 
 
 
281 aa  162  4.0000000000000004e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.966352 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
276 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
279 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 
299 aa  162  7e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
276 aa  162  7e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56422  normal  0.0351935 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.71 
 
 
273 aa  162  7e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.01823 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>