More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1235 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  100 
 
 		 248 aa  509  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  68.75 
 
 		 298 aa  347  7e-95  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  68.75 
 
 		 298 aa  346  2e-94  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  68.07 
 
 		 314 aa  344  8.999999999999999e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  68.78 
 
 		 340 aa  339  2e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  67.92 
 
 		 385 aa  334  7e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  67.08 
 
 		 384 aa  333  2e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  67.23 
 
 		 317 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0236  pseudouridine synthase  66.39 
 
 		 272 aa  325  4.0000000000000003e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  64.85 
 
 		 314 aa  321  6e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  64.29 
 
 		 318 aa  312  3.9999999999999997e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  64.44 
 
 		 248 aa  311  4.999999999999999e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  61.97 
 
 		 348 aa  304  7e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.24 
 
 		 309 aa  299  3e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  60.42 
 
 		 244 aa  295  4e-79  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  60.09 
 
 		 293 aa  295  5e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.83 
 
 		 355 aa  295  6e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  58.4 
 
 		 290 aa  292  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  58.4 
 
 		 290 aa  292  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  60.08 
 
 		 240 aa  291  6e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  61.7 
 
 		 389 aa  291  6e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  61.88 
 
 		 332 aa  291  8e-78  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  58.23 
 
 		 328 aa  290  2e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  60.5 
 
 		 324 aa  289  3e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.83 
 
 		 332 aa  288  5.0000000000000004e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  61.67 
 
 		 238 aa  286  2e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  61.67 
 
 		 238 aa  286  2e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  61.67 
 
 		 238 aa  286  2e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  61.4 
 
 		 235 aa  286  2e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  61.67 
 
 		 238 aa  286  2e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  61.4 
 
 		 235 aa  286  2e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  61.4 
 
 		 235 aa  286  2e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  62.05 
 
 		 235 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  60.61 
 
 		 238 aa  285  5e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0601  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  60.59 
 
 		 240 aa  283  2.0000000000000002e-75  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.624758  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14081  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  60.59 
 
 		 240 aa  283  2.0000000000000002e-75  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.484902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.61 
 
 		 235 aa  282  3.0000000000000004e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.83 
 
 		 289 aa  281  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  60.09 
 
 		 289 aa  280  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  60.09 
 
 		 289 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  60.09 
 
 		 289 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  60.09 
 
 		 289 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  60.26 
 
 		 290 aa  278  4e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  60.26 
 
 		 290 aa  278  4e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  60.26 
 
 		 290 aa  278  4e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.83 
 
 		 290 aa  276  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.83 
 
 		 290 aa  276  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.83 
 
 		 290 aa  276  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.83 
 
 		 290 aa  276  2e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.83 
 
 		 290 aa  276  2e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  59.83 
 
 		 290 aa  276  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  58.47 
 
 		 289 aa  275  3e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  58.8 
 
 		 286 aa  275  4e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12541  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  59.24 
 
 		 240 aa  273  2.0000000000000002e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.558344  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12611  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  59.24 
 
 		 240 aa  270  2e-71  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.594453  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  57.83 
 
 		 477 aa  266  2.9999999999999995e-70  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  60.65 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3586  pseudouridine synthase  52.32 
 
 		 266 aa  263  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280598  normal  0.134237 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  57.85 
 
 		 229 aa  259  3e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  57.4 
 
 		 229 aa  256  3e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  57.4 
 
 		 229 aa  256  3e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  56.5 
 
 		 229 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  56.95 
 
 		 229 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  56.5 
 
 		 229 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  54.82 
 
 		 240 aa  251  6e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  56.95 
 
 		 229 aa  251  8.000000000000001e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  55.26 
 
 		 240 aa  250  1e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  56.76 
 
 		 229 aa  251  1e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  56.05 
 
 		 229 aa  249  4e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  55.61 
 
 		 229 aa  248  6e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  51.8 
 
 		 228 aa  248  7e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  50.9 
 
 		 228 aa  244  6.999999999999999e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  55.9 
 
 		 229 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0944  pseudouridine synthase, Rsu  44.09 
 
 		 261 aa  203  2e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000200951  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3461  pseudouridine synthase  40.42 
 
 		 242 aa  185  6e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0685  pseudouridine synthase, Rsu  41.99 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.301358  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0902  pseudouridine synthase  40.6 
 
 		 236 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3385  pseudouridine synthase  38.75 
 
 		 242 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1834  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  42.53 
 
 		 281 aa  177  1e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.954651  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3582  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 236 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.299626 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0952  pseudouridine synthase, Rsu  39.57 
 
 		 236 aa  175  5e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.823269  normal  0.19606 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0916  pseudouridine synthase, Rsu  39.32 
 
 		 236 aa  172  5e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.659376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3180  pseudouridine synthase  39.5 
 
 		 238 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  40.99 
 
 		 241 aa  171  7.999999999999999e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0922  pseudouridine synthase  37.92 
 
 		 242 aa  168  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  39.21 
 
 		 228 aa  167  2e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0675  pseudouridine synthase  36.55 
 
 		 238 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0917  pseudouridine synthase, Rsu  38.33 
 
 		 241 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0572  pseudouridine synthase, Rsu  36.71 
 
 		 238 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3936  pseudouridine synthase  36.48 
 
 		 261 aa  157  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.348402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3873  pseudouridine synthase  35.44 
 
 		 245 aa  156  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341682 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  37.33 
 
 		 228 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  40.42 
 
 		 274 aa  152  4e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2937  pseudouridine synthase, Rsu  35.04 
 
 		 254 aa  149  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0746934 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  38.11 
 
 		 271 aa  149  5e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  35.34 
 
 		 556 aa  147  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  35.98 
 
 		 567 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  39.38 
 
 		 227 aa  146  3e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.97 
 
 		 247 aa  145  5e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>