More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1005 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1005  signal transduction histidine kinase, LytS  100 
 
 		 390 aa  803    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000807756  normal  0.310499 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1861  signal transduction histidine kinase, LytS  40.07 
 
 		 389 aa  186  7e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.923195  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3912  signal transduction histidine kinase, LytS  30.14 
 
 		 382 aa  150  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.178055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2973  signal transduction histidine kinase, LytS  37.44 
 
 		 369 aa  150  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2330  signal transduction histidine kinase, LytS  37.7 
 
 		 362 aa  149  7e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0802688  hitchhiker  0.00786489 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2674  signal transduction histidine kinase, LytS  37.07 
 
 		 374 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.957681 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0419  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.39 
 
 		 394 aa  143  6e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.287755  normal  0.0120323 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3292  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.73 
 
 		 388 aa  142  9e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0228  histidine kinase internal region  37.9 
 
 		 381 aa  141  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0985365  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01917  sensor histidine kinase  36.75 
 
 		 357 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0375  signal transduction histidine kinase, LytS  39.04 
 
 		 346 aa  139  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4032  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.13 
 
 		 446 aa  138  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0162124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0931  signal transduction histidine kinase, LytS  40.59 
 
 		 390 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.738687  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0705  signal transduction histidine kinase, LytS  31.67 
 
 		 393 aa  135  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.967481  normal  0.432881 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0068  signal transduction histidine kinase, LytS  36.41 
 
 		 366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.361346  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3837  periplasmic senrsor signal transduction histidine kinase  27.81 
 
 		 384 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2386  signal transduction histidine kinase, LytS  37.44 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4496  signal transduction histidine kinase, LytS  37.63 
 
 		 586 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.124467 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1150  signal transduction histidine kinase, LytS  35.07 
 
 		 379 aa  127  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2398  signal transduction histidine kinase, LytS  35.75 
 
 		 568 aa  126  7e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4381  signal transduction histidine kinase, LytS  33.2 
 
 		 377 aa  125  9e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3543  signal transduction histidine kinase, LytS  34.98 
 
 		 403 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00838652  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2277  sensor histidine kinase  31.98 
 
 		 358 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  31.17 
 
 		 576 aa  124  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1965  histidine kinase internal region  35.38 
 
 		 576 aa  124  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0479  signal transduction ATPase  35.89 
 
 		 380 aa  124  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6581  signal transduction histidine kinase, LytS  37.13 
 
 		 541 aa  123  5e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000975  autolysin sensor kinase  32.19 
 
 		 342 aa  123  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.948194  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0189  histidine kinase internal region  32.33 
 
 		 642 aa  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1351  putative transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  30.16 
 
 		 414 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1820  sensor histidine kinase  28.17 
 
 		 361 aa  119  7.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3719  sensor histidine kinase  29.33 
 
 		 392 aa  119  7.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2185  signal transduction histidine kinase, LytS  33.66 
 
 		 831 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1289  histidine kinase  30.2 
 
 		 420 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.847717  normal  0.228137 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  32.59 
 
 		 607 aa  118  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0148  putative sensor with HAMP domain  29.69 
 
 		 594 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07025  histidine kinase  29.8 
 
 		 340 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5141  signal transduction histidine kinase, LytS  31.2 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5281  signal transduction histidine kinase, LytS  35.1 
 
 		 391 aa  117  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.119621  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4800  signal transduction histidine kinase, LytS  30.94 
 
 		 374 aa  117  5e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.670817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3593  signal transduction histidine kinase, LytS  32.06 
 
 		 491 aa  115  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0532594 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 		 422 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.789837  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0225  hypothetical protein  37 
 
 		 558 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3306  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 483 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3001  DEAD/DEAH box helicase-like  27.94 
 
 		 370 aa  114  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271978 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1567  signal transduction histidine kinase, LytS  32.51 
 
 		 1016 aa  114  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0336431  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2442  signal transduction histidine kinase, LytS  35.89 
 
 		 367 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1766  signal transduction histidine kinase, LytS  32.16 
 
 		 558 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.420125  hitchhiker  0.00747728 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0064  histidine kinase internal region  29.91 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1324  signal transduction histidine kinase, LytS  31.78 
 
 		 433 aa  112  1.0000000000000001e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0634382  hitchhiker  0.00226936 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2171  ATP-binding region, ATPase-like  32.23 
 
 		 455 aa  112  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346246  normal  0.0306612 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0126  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  30.37 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0037  histidine kinase internal region  32.04 
 
 		 340 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1380  histidine kinase internal region  32.24 
 
 		 390 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.837243 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1959  histidine kinase  28.72 
 
 		 414 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0230  two-component system sensor ATPase  34.87 
 
 		 358 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.779882 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0032  sensory transduction protein kinase AlgZ  32.55 
 
 		 364 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0223  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.69 
 
 		 502 aa  109  6e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2355  signal transduction histidine kinase, LytS  34.12 
 
 		 580 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4300  signal transduction histidine kinase, LytS  34.62 
 
 		 557 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0131803  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3488  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33 
 
 		 357 aa  109  9.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2134  signal transduction histidine kinase LytS  31.25 
 
 		 394 aa  108  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.775402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3173  signal transduction histidine kinase, LytS  32.39 
 
 		 411 aa  108  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0466454  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  34.13 
 
 		 557 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0848  histidine kinase internal region  37.78 
 
 		 326 aa  108  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.751522  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0058  signal transduction histidine kinase, LytS  33.82 
 
 		 557 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0056  signal transduction histidine kinase, LytS  34.13 
 
 		 557 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0698199  decreased coverage  0.000000126428 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  34.13 
 
 		 557 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0736236  hitchhiker  0.000664675 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69480  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  34.62 
 
 		 358 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.168313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0059  signal transduction histidine kinase, LytS  33.82 
 
 		 557 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.996795  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0526  histidine kinase internal region  30.58 
 
 		 594 aa  108  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000253378  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4385  signal transduction histidine kinase, LytS  36.16 
 
 		 482 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2761  signal transduction histidine kinase, LytS  29.44 
 
 		 394 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3090  histidine kinase internal region  34.07 
 
 		 349 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1400  signal transduction histidine kinase, LytS  30.85 
 
 		 1051 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3732  putative regulator of cell autolysis-like  28.57 
 
 		 726 aa  107  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.55783  normal  0.877346 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004413  autolysin sensor kinase  37.93 
 
 		 556 aa  107  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00985  hypothetical protein  36.78 
 
 		 556 aa  107  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0852  putative sensor with HAMP domain  27.85 
 
 		 610 aa  107  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0278  sensory transduction protein kinase AlgZ  30.96 
 
 		 360 aa  107  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0899  signal transduction histidine kinase, LytS  33 
 
 		 572 aa  107  5e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.144133  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0103  signal transduction histidine kinase, LytS  30.39 
 
 		 495 aa  107  5e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1762  signal transduction histidine kinase, LytS  34.52 
 
 		 465 aa  106  7e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.513767  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6008  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  34.62 
 
 		 358 aa  106  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10410  signal transduction histidine kinase, LytS  29.95 
 
 		 578 aa  106  7e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014237  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0386  hypothetical protein  35.16 
 
 		 359 aa  106  7e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1394  signal transduction histidine kinase, LytS  31.34 
 
 		 393 aa  106  9e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000264266 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0160  ATP-binding region, ATPase-like  35.07 
 
 		 567 aa  106  9e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2907  signal transduction histidine kinase, LytS  30.29 
 
 		 362 aa  106  9e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1137  putative sensor with HAMP domain  32.27 
 
 		 597 aa  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0616  signal transduction histidine kinase, LytS  32.77 
 
 		 349 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.650329  normal  0.363889 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2358  signal transduction histidine kinase, LytS  32.82 
 
 		 566 aa  105  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.551334  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1843  signal transduction histidine kinase, LytS  32.26 
 
 		 418 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.81791 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6326  signal transduction histidine kinase, LytS  30.33 
 
 		 398 aa  104  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.521722 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01910  Autolysin sensor kinase  35.71 
 
 		 729 aa  105  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.665726  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2452  signal transduction histidine kinase, LytS  29.95 
 
 		 408 aa  105  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00298598  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2283  signal transduction histidine kinase, LytS  29.2 
 
 		 363 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4493  histidine kinase internal region  31.6 
 
 		 408 aa  105  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.555212  normal  0.320157 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01150  putative regulator of cell autolysis  29.38 
 
 		 440 aa  104  2e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1247  signal transduction histidine kinase, LytS  31.05 
 
 		 357 aa  104  3e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>